1349年建立的帕摩竹王朝，對西藏地區的各方麵都有重大的影響。藏醫學在這一階段出現了不同的學派，其中以北派和南派為主要代表。北派由著名藏醫強巴·南傑紮桑創立。他的知識廣博，除了對《四部醫典》進行詮釋的《所需所得》以外，還有一些其他著作。北派由於地域等自然條件的關係，善於應用溫熱藥物，所用方劑藥味較多，治療風濕症有豐富經驗，擅長放血及艾灸技術。北派的倫汀·都孜吉美是一位繪製藏式掛圖的醫生，他的關於藥物等方麵的掛圖，為後世繪製成套的《四部醫典》係列掛圖打下了基礎。藏醫南派的出現，較北派略晚一些，其代表人物是舒卡·年姆尼多吉。這個學派擅長應用清熱解毒藥，對溫熱性病症具有豐富的治療經驗，所用方劑的藥味較少。較有名的著作是《千萬舍利》和《草藥性味》。南派最著名的人物是舒卡·洛珠給布，他的重要著作是對《四部醫典》主要內容進行詮釋的《祖先口述》，此著作至今仍為醫家學習和研究《四部醫典》的重要參考書。
南北兩學派還有一個重要的分歧，就是對《四部醫典》性質的爭論。以舒卡為主的南派認為，《四部醫典》是西藏醫學家的著作，而以強巴為主的北派則認為這是一部佛祖授予的教誨。這個問題牽涉到西藏醫學的起源，尤其是《四部醫典》的來源，也是後世醫史學家爭論的焦點之一。藏醫不同學派的爭鳴，對於促進學術發展，提高學術水平，起到了積極的推動作用。
四、繁榮時期
15世紀末至16世紀上半葉，西藏地區出現一段不穩定局麵。由於宗教信仰的不同，導致權力鬥爭，青海和碩特蒙古部信奉黃教，進兵西藏“衛教”，消滅信奉白教的嘎瑪王朝，建立甘丹頗章王朝。這個王朝中比較有成就的是五世達賴。他重視發展科學，他的攝政王德西·桑吉嘉措在執政時期采取了一係列鼓勵發展醫學的政策和措施，使藏醫學得到較大的發展。
五世達賴先後設立培養藏醫接班人的機構數處。如在拉薩北郊的哲蚌寺設立“醫學利眾寺”，招收優秀青年喇嘛學習《四部醫典》；還在日喀則恢複了業已停辦的“神醫雲集寺”，培養《四部醫典》的優秀學者。不久，德西·桑吉嘉措在拉薩設“藥王山醫學利眾寺”，位於布達拉宮對麵的鐵山上，至今遺跡猶存。他命令各地，各個寺廟都要選送至少一名優秀的青年喇嘛來學習，就此培養出一大批藏醫人才，其中有不少著名的藏醫學者。
德西·桑吉嘉措的另一項重大成就，是對《四部醫典》的研究和注釋。他憑借其政治地位，廣泛研究曆代各注家的著作，並根據親身經驗，對這部醫典進行了深入細致的研究，特別對那些有爭議的、比較難懂的問題進行了通俗的注解和詮釋，於1686年完成巨著《四部醫典藍琉璃》，篇幅比原著增加一倍以上，內容通俗易懂，成為後世學習《四部醫典》的重要入門參考書，也是一種標準的注釋本，流傳至今。
此外，桑吉嘉措還主持繪製了一整套說明《四部醫典》內容的彩色掛圖，用形象的圖畫把該書的內容通俗地表達出來，便於教學推廣。這套掛圖共60幅。他還根據《月王藥診》中尿診、火灸等內容以及藥物的新鮮標本，補充繪製19幅掛圖。總共79幅掛圖是古代各傳統醫學中少有的，具有珍貴的曆史和科學價值。
這個時期的另一重要著作是蒂瑪·丹增彭措編著的《晶珠本草》約著成於18世紀，19世紀才得以刻版問世。它是集藏藥學大成的著作，在藏醫藥發展史上有深遠的影響。