處理好東中西部的關係。總的來說，東部地區經濟發展水平較高，適宜發展資金、技術密集型的現代農業；中西部地區勞動力豐富、資源優勢明顯，適宜發展勞動密集型、資源密集型的產業。
處理好現代農業與現代農民的關係。發展現代農業，一方麵要靠國家政策提高農民發展農業的積極性，另一方麵需要通過培訓提升農民的發展能力。當前發展現代農業的重要任務是培訓"有文化、懂技術、會經營"的新型農民。
處理好發展現代農業與農民增收的關係。農民增收與農業發展，並不一定是同步的。有的地方農民增收了，農業卻萎縮了。非農收入比重越來越大。隻有發展現代農業，才能使農民通過農業產業本身增加收入，穩定農業生產，促進農業發展，才能對國民經濟高速發展起到支撐作用。
處理好外部支持和挖掘農村內部潛力的關係。在基礎設施投入和公共服務建設上，國家是投入的主體。在這方麵，必須貫徹"工業反哺農業，城市支持農村"的方針，主要依靠國家和地方財政扶持，以及社會力量的廣泛參與。在產業發展上，政府應對資源配置、建設規劃、製定政策等起著主導作用。建設現代農業的主體是農民，任何外部的力量，歸根到底都是通過農業自身的吸收能力和轉化能力，使輸血變成造血，形成發展農村經濟的資本。即通過挖掘農村內部潛力，調動廣大農民積極性，把政府財政援助和補貼集中用在發展農業生產力上，把重點放在發展本地的支柱產業與特色產品上。