（3）經營規模小，企業競爭力不強
與其他產業相比，農業企業發展起步比較晚，經營規模小、經濟實力較弱、勞動生產率較低。農業企業使用的勞動力很多，但其人均產出一般都比工業企業低。特別是在我國，由於農業資源、生產技術條件不好，這一特征表現得更為明顯。另外，農業企業大多數處於廣大農村，而且比較分散，它的地域特點決定了農業企業在生產組織、勞動管理和供銷管理等經濟活動相對工業企業而言處於劣勢，很難產生工業企業的產業群聚集效應。
盡管在農業企業中出現了伊利股份、草原興發、雙彙等大型上市公司，但絕大多數農業企業還是我國企業群體中的“小字輩”，直接影響到我國農業企業競爭力的塑造。
（4）經濟效益不確定性大
由於農業企業的生產、經營受到自然資源多樣性、土地資源稀缺性、生產的周期性、地域性和季節性等自然力製約影響較大，農業生產過程周期長，受客觀因素和自然條件的影響很大，不可控因素較多，致使農業企業的經營風險較大，投入產出規律及其結果難以預測，經濟效益起伏較大。比如一個種植業企業，某年因氣候條件不好，導致企業減產減收，經濟效益下滑，同樣的投入可能得不到上一年收益。同時農產品在市場中會受到市場價格波動、技術壁壘等市場因素的影響的市場風險。自然風險和市場風險的同時存在，導致農業企業的經營成本比較高，利潤相對比較低，而且有很大的不確定性。
（5）產品雷同，標準化程度低
農業企業的大多數產品雷同或接近，這是由農業的產業特性所決定的。因為農業屬於基礎性行業，勞動產品與其他部門相比花色品種較少，而數量卻很多，這就加大了企業經營決策調節手段和市場競爭的難度。盡管農業企業產品類別表現雷同，但產品的標準化程度卻不高。由於農業企業對土地、日照、水等自然環境的依賴，使得農業企業生產環境較為複雜，客觀自然力難以控製，有別於一般工業企業的工廠化作業環境，進而對生產、加工、銷售過程的產品質量控製也較為複雜，質量標準的製定和實施也較為困難。
（6）員工素質較低
我國大多數農業企業都是從農村發展起來的，農民工占了很大的一部分，再加上農業企業產品本身的技術含量較低，企業一直以來對員工的再教育和培訓不重視，導致農業企業的員工素質普遍不高。然而農業企業要想提高產品的科技含量，應用科技成果都離不開高素質人才。要想進入一個高速發展的階段，農業企業就需要一定數量的高素質人才，而由於我國農業基礎薄弱，農業企業的資金嚴重短缺，地域遠離城市，工作條件艱苦，在吸引人才方麵處於劣勢，造成農業企業人才匱乏，員工素質有待提高。
（7）資金短缺
我國目前農業投融資體係造成財政、信貸等多方麵對農業投資不足，不能滿足農業企業經營深入發展對資金的需求。首先，國家財政對農業企業的支持不足，國家支持的農業產業化龍頭企業很少，絕大多數農業企業不能享受國家的政策扶持。其次，農業信貸資金投入長期不足，農村金融對農業企業經營的信貸支持力度極為有限。加之農業企業融資渠道有限、麵臨著發展資金短缺的約束，不利於形成規模經濟以降低產品生產成本。由於政策法規所限，農業企業進行的一些融資行為引起了各界廣泛的關注，如“孫大午事件”等，這從側麵反映了農業企業融資困難的現狀。另外，農業行業作為低利長期回報產業，其自身資本積累速度較為緩慢，加劇了資金短缺的局麵。
（8）管理不規範，營銷意識較差
農業企業成長於弱勢產業，普遍存在管理理念落後、基礎管理薄弱、內部規章製度不健全等問題，大多數農業企業仍處在經驗管理階段。
在產品營銷方麵，我國農業企業的產品普遍科技含量低，附加值低，且不注重品牌戰略，不注重市場營銷，商標意識比較淡泊，對品牌在生產經營中的作用認識不足，對品牌缺乏長期發展規劃，對優質名牌產品的重點扶持力度不夠。