盡管向災區輸送食物已成為救災的第一任務，但當規模較大，涉及地域廣闊的自然災害發生時，局部的食物短缺仍然難以完全避免。加之基本生活條件的破壞，人們被迫在惡劣條件下儲存食品，很容易造成食品的黴變和腐爛，從而造成食物中毒以及食源性腸道傳染病流行。
水災常伴隨陰雨天氣，這時的糧食極易黴變。最近發生的中國南方數省的一次大規模水災過程中，就曾發生多起黴變中毒事件。當災害發生在天氣炎熱的季節時，食物極易發生腐爛變質。由於醃製食品較易保存，在大規模災害期間副食品供應中斷時，醃製食品往往成為居民僅有的副食，而這易引起嗜鹽菌中毒。
食物短缺還會造成人們的身體素質普遍下降，從而使各種疾病易於發生和流行。
燃料短缺
在大規模的自然災害中，燃料短缺也是常見的現象，在被洪水圍困的災民中更是如此。燃料短缺首先使災民不得不喝生水，進食生冷食物，從而導致腸道傳染病的發生與蔓延。
在嚴重的自然災害後，短期內難以恢複燃料供應可能造成居民個人衛生水平的下降。特別是進入冬季，人群仍然處於居住擁擠狀態，可能導致體表寄生蟲的孳生和蔓延，從而導致一些本來已處於控製狀態的傳染病（如流行性斑疹、傷寒等）重新流行。
水體汙染
洪水往往造成水體的汙染，造成一些經水傳播的傳染病大規模流行，如血吸蟲病、鉤端螺旋體病等。但洪水對於水體汙染的作用是兩方麵的。在大規模的洪水災害中，特別是在進行期間，由於洪水的稀釋作用，這類疾病的發病並無明顯上升的跡象，但是，當洪水開始回落，在內澇區域留下許多小的水體，如果這些小的水體遭到汙染，則極易造成這類疾病的爆發和流行。
居住條件被破壞
水災、地震、火山噴發和海嘯等，都會對人們的居住條件造成大規模的破壞。在開始階段，人們被迫露宿，然後可能在簡陋的棚屋中居住相當長的時間，造成人口集中和居住擁擠。唐山地震時，在唐山、天津等大城市中，簡易棚屋綿延數十裏，最長時間的居住到一年以上。即使遷回原居之後，由於大量的房屋被破壞，部分居住擁擠狀態仍將持續很長時間。
露宿使人們易於受到吸血節肢動物的襲擊。在這一階段，蟲媒傳染病的發病率可能會增加，如瘧疾、乙型腦炎和流行性出血熱等；人口居住的擁擠狀態，有利於一些通過人與人之間密切接觸傳播的疾病流行，如肝炎、紅眼病等。如果這種狀態持續到冬季，則呼吸道傳染病將成為嚴重問題，如流行性感冒、流行性腦脊髓膜炎等。
人口遷徙
自然災害往往造成大規模的人口遷徙。唐山地震時，傷員運送直達位於我國西南腹地的成都和重慶。在城市重建期間，以投親靠友的形式疏散出來的人口，幾乎遍布整個中國。而今現在的經濟條件下，災區居民外出並從事勞務活動，幾乎成了生產自救活動中最重要的形式。
鼠疫人口的大規模遷徙，首先給一些地方病的蔓延造成了條件，並使一些疾病大流行。如中世紀的黑死病，中國雲南曆史上最近一次鼠疫大流行，就是從人口流動開始的。
人口流動造成了兩個方麵的問題。其一，當災區的人口外流時，可能將災區的地方性疾病傳播到未受災的地區。更重要的是，當災區開始重建，人口陸續還鄉時，又會將各地的地方性傳染病帶回災區。如果受災地區具備疾病流行的條件，就有可能造成新的地方病區。
人口流動帶來的第二個重大問題是它幹擾了一些主要依靠免疫來控製疾病的人群的免疫狀態，造成局部無免疫人群，從而為這些疾病的流行創造了條件。