許多傳染病並不隻是在人群間傳播，一些疾病必須通過生物媒介進行傳播。自然災害破壞了人類、宿主動物、生物媒介以及疾病的病原體之間舊有的生態平衡，在新的基礎上建立新的生態平衡，因此，災害對這些疾病的影響將更加久遠。
蠅類
蠅類是腸道傳染病的重要傳播媒介，它的孳生與增殖，主要由人類生活環境的衛生狀況來決定。大的自然災害總是會對人類生活環境的衛生條件造成重大破壞，蠅類的孳生幾乎是不可避免的。
地震過後，房倒屋塌，死亡的人和動物的屍體被掩埋在廢墟下，還有大量的實物及其他有機物質，在溫度的氣候條件下，這些有機成分會很快腐爛，為蠅類提供了易孳生的條件。因而，像唐山地震那樣大的地震破壞，常會在極短的時間內出現數量驚人的成蠅，對災區居民構成嚴重威脅。
洪水退後，溺死的動物屍體以及各種有機廢物將大量地在村莊舊址上沉積下來，如不能及時消除，也會造成大量的蠅類孳生。
即使在旱災情況下，由於水的缺乏，也會存在一些不衛生的條件，而有利於蠅類的孳生。因此，在災後重建的最初階段，消滅蠅類將是傳染病控製工作中的重要任務。
蚊類
在傳播疾病的吸血節肢動物中，蚊類是最主要的，與災害的關係也最為密切。在我國常見的災害條件下，瘧疾和乙型腦炎對災區居民的威脅最為嚴重。
蚊的孳生需要小型靜止的水體。因而，在大的洪災中，行洪期間蚊子密度的增長往往並不明顯。但在水退後，在內澇地區的低窪處往往留有大量的小片積水地區，雜草叢生，成為蚊類最佳繁殖場所。此時如有傳染源存在，就會使該地區的發病率迅速升高。
旱災可使一些河水斷流，湖沼幹涸，而這些河流與湖泊中殘留的小水窪，也會成為蚊類的良好孳生場所。
在造成建築物被大量破壞的災害如地震與風災中，可能同時造成貯水建築和管道的破壞。自來水的漫溢，特別是生活汙水在地麵上的滯留，也會成為蚊類大量孳生的環境。
災害不僅會造成蚊類密度升高，還會造成蚊類侵襲人類的機會增加。被洪水圍困或由於房屋破壞而被迫露宿的居民，往往缺乏抵禦蚊類侵襲的有效手段，這也是造成由蚊類傳播的疾病發病率上升的重要原因。
其他吸血類節肢動物
在災害條件下，吸血節肢動物侵襲人類的機會增加，蚊類有時會機械地傳播一些少見的傳染病如炭疽等。人類在野草較多、腐殖質豐富的地方露宿時，容易遭到恙蟎、革蟎等的侵襲，在存在恙蟲病和流行性出血熱的地區，這種對人類的威脅就大量增加。發生在森林地區的災害，如森林火災迫使人類在靠近灌木叢的地區居住時，會增加蜱類叮咬的機會，並可能導致一係列的疾病如森林腦炎、萊姆病和斑點熱等的流行。