自然災害破壞了人與其生活環境間的生態平衡，形成了傳染病易於流行的條件，因而，控製傳染病便成為抗災工作的一個重要組成部分。
自然災害後，隨著舊的生態平衡的破壞和新的平衡的建立，災害條件所引起的傳染病流行條件的改變還將存在一個時期，這種災害的“後效應”是災害條件下的傳染病控製與其他的抗災工作不同的一個重要特征。當自然災害的直接後果被基本消除之後，消除其“後效應”將成為工作的重點，而且這種工作實際上將成為災害條件下傳染病控製的主要工作。
對於不同類型的自然災害，傳染病控製工作也具有不同的特征。在這個意義上，可將災害劃分為突發性災害，包括水災、地震、火山噴發、海嘯、台風等在短時期內造成重大損害的自然災害；漸進性災害，包括旱災和現在已罕見的蟲災引起的饑荒等。
由於自然災害對傳染病發病機製的影響，在自然災害之後，傳染病的發病可能呈現一種階段性的特點。
在突發性自然災害發生時，首當其衝的是飲用水和食品的來源遭到破壞，因此，腸道傳染病將是災後早期的主要威脅。特別是水源汙染和食物中毒，往往影響到大量的人口，應是災後早期疾病控製的重點。
房屋的破壞使大量人口露天居住，容易受到吸血節肢動物的侵襲。但由於節肢動物的數量和傳染源數量需要有一個積累過程，因此，傳染病的發生通常略晚，並可能是一個漸進的過程。
人口的過度集中，使通過密切接觸的傳染病發病率上升。如果災害的規模較大，災區人口需要在檢疫條件下生活較長的時間，當寒冷季節來臨時，呼吸道傳染病的發病率也將隨之上升。
人口遷徙可能造成兩個發病高峰。第一個高峰由人口外流引起的，但由於病人散布在廣泛的非受災地區，這個發病高峰往往難以察覺，不能得到相應的重視。當災區重建開始，外流的災區人口重返故鄉時，將出現第二個發病高峰，並往往以兒童的發病率為特征。
最後，災後實際上是一個生態平衡重建的過程，這一時期可能要持續兩三年甚至更長一些時間。在此期間，人與動物共患的傳染病，通過生物媒介傳播的傳染病，都可能呈現出與正常時間不同的發病特征，並可能具有較高的發病率。
飲用水供應係統被破壞
絕大多數的自然災害都可能造成飲用水供應係統的破壞，這將是災害發生後首當其衝的問題，常在災害後早期引起大規模的腸道傳染病的爆發和流行。
在水災發生時，原來安全的飲用水源被淹沒、破壞或淤塞，人們被迫利用地表水為飲用水源。這些水往往被上遊的人畜排泄物、人畜屍體以及被破壞的建築中的汙物所汙染。特別是在低窪內澇地區，災民被洪水較長時間地圍困，容易引起水源性疾病的暴發流行。孟加拉國水災時曾造成大量的人死亡。
在地震時，建築物的破壞也會涉及供水係統，使居民的正常供水中斷，這對於城市居民的影響較為嚴重，而且由於管道的破壞，殘存的水源極易遭到汙染。海嘯與風災也可能造成這種情況。
災害時，由於許多飲用水源枯竭，造成飲用水源集中。在一些易於受災的缺水地區，居民往往需要到很遠的地方去取飲用水。一旦這些水源受到汙染，將會造成疾病的暴發流行。如四川巴塘曾因旱災而發生過極為嚴重的細菌性痢疾流行。
在一些低窪鹽堿地區，水旱災害還會造成地下水位的改變，從而影響飲用水中的含鹽量和pH值。當水中的pH值與含鹽量升高時，有利於霍亂弧菌的增殖，因而在一些霍亂疫區，常會因水旱災害而造成霍亂的再發，並且能延長較長時間。
食物短缺