福州將軍崇善因病解職，以鑲黃旗蒙古都統特圖慎為福州將軍。
兩江總督端方奏準由寧蘇皖贛四省合辦贛州府長排嶺銅礦。
外務部電飭出使美國大臣梁誠與美政府商議華工禁約。若美政府延宕不決，萬一再有抵製美貨事，中國政府不負責任。15日，清外務部再次電飭出使美國大臣梁誠，速與美商議華工條約。
7月12日。東三省總督徐世昌、黑龍江巡撫程德全奏報收捐情況。全省共收進國民捐銀9.0138萬兩，中錢1.3015萬吊，銀元496元，俄幣568盧布。
7月14日。清廷準設哈爾濱關道。由薩蔭圖調補。該道分隸吉、江兩省，轄呼蘭、依蘭等處地方，所有鐵路交涉各事均歸該道辦理。
7月15日。度支部奏陳預備裁製外債，請旨飭下各省督撫。嗣後興辦一切，應就地籌撥，不得輕易息借外債，以防危害而維大局。
秋瑾遇害。秋瑾，原名閨瑾，後易名瑾，字卿，號競雄，自稱鑒湖女俠，浙江山陰（今紹興）人，1875年生。紹興大通學堂督辦秋瑾（光複會會員兼為同盟會會員），主持浙江光複軍起義的計劃，為清吏偵知，在大通學堂被捕，15日秋瑾死難。秋瑾幼年隨父至湖南湘潭任所，1902年同丈夫王廷鈞入北京。秋瑾賦性豪俠，篤倡新學，與王廷鈞意見不合。1904年春，秋瑾與其夫析產分居，自謀生計。不久，即變賣家產，集資東渡，留學日本。在日期間，她積極參加革命活動，參與發起實行共愛會，創辦《白話》月刊，鼓吹推翻清朝統治，提倡男女平等，參加馮自由等組織的“洪門天地會”，受封為軍師。1905年春，經徐錫麟介紹加入光複會。7月，複赴日本，入青山實踐女學校，旋即由馮自由介紹加入同盟會，任評議部評議員兼浙江省主盟人。黃興在橫濱設立製造炸彈機關，秋瑾加入練習，又與劉道一等九人結成十人會，又名十人團。因反對日本文部省頒布《取締清國留日學生規則》，1906年初回國，在上海參與創辦中國公學，安置留日回國學生。3月，赴浙江湖州潯溪女校任教。暑假返滬，與陳伯平、張兆卿一起設立一秘密機關，試製炸彈，掛“蠡城學社”的牌子。在與陳伯平試製炸彈時，因操作不慎，引起爆炸，機關被破壞，遂遷他址。後在虹口設立“銳進學校”。次年1月，創辦《中國女報》。旋至諸暨、義烏、金華等地聯絡會黨，圖響應萍瀏醴起義，未果。又與徐錫麟約定皖、浙同時舉事。被推為大通學堂督辦，聯絡軍隊、會黨，訓練會黨骨幹，組織光複軍，推徐錫麟為首領，自任協領。預定7月6日先由金華起義，處州響應，誘清軍離杭州後，義軍乘虛攻省城，如不克，則返回紹興，由金華、處州入江西，攻安慶，與徐錫麟相呼應。6月，紹興等地會黨暴露。7月6日，徐錫麟倉促起義，失敗。清軍於7月13日下午4時包圍秋瑾所在大通學堂，秋瑾旋即被捕。秋瑾被捕後，三次受審，僅書“秋風秋雨愁煞人”以對。15日淩晨，秋瑾於紹興軒亭口壯烈就義。1908年2月25日，秋瑾葬禮於西泠橋畔舉行。秋瑾生前的好友吳芝瑛、徐寄塵、陳去病等人，根據秋瑾生前“願埋骨西泠”的遺願，將秋瑾安葬於杭州西湖西泠橋釁的嶽墳附近，為秋瑾舉行葬禮，吳芝瑛親自撰寫墓表。葬儀之後又在風林寺召開悼念秋瑾的追悼會。會上，徐寄塵報告了修墓及安葬秋瑾的經過，貴翰香等人發表演說。會後，到秋瑾墓前設奠致祭，並誦讀祭文，決定設立“秋社”，每逢暑假來此祭掃。
7月16日。京師大學堂附設博物品實習科 。並訂具規則課程谘部照準。
7月17日。日人大鬧齊齊哈爾交涉局 。日人在河神廟演戲場擺設拋球、擲骰各賭場，顛倒勝負，人心不平，發生爭執。8月10日，日人18名藉故訛詐、毆打、捆綁華人，大鬧交涉局。
清廷命兩江總督端方會同沿江督撫及水師提督，妥議巡緝長江章程。
留日學生紹興同鄉會浙江同鄉會致電江督、浙撫，抗議殺害徐錫麟、秋瑾。
7月19日。廣西永安縣黃金養部農民起義軍在瑤山地區被鎮壓。
7月20日 。外務部照會法國駐華公使巴思德，請協助緝拿逃亡越境的遊擊梁秀春、都司李世桂。8月8日，清外務部照會法駐華署使潘蓀納，緝拿潛逃越南的已被革職的梁秀春等人，經越督拿獲，請電飭依約移解。
7月21日。清廷設立軍谘處。作為讚助皇帝通籌全國陸海各軍事宜的最高軍政機構，隸屬於陸軍部，設正、副軍谘使，分別由馮國璋和哈漢章擔任，負責管理全處事務。1909年，軍谘處脫離陸軍部獨立，改設管理大臣，由王公大臣中簡派，通籌全國陸海軍各項事宜，下設總務廳等辦事機構。1910年設軍事會議處，次年改稱軍谘府。
浙江海寧州長安鎮農民舉行暴動。安鎮聚眾萬餘人，反對路局征購土地，搗毀鐵路工程，並殃及學堂、教堂。
7月22日。清廷諭軍機大臣等，東三省興辦一切要政，務須詳慎妥籌，息借洋款須有把握，且應陸續議借，隨時奏明辦理。