日法協定擅自確定各自在華“勢力範圍”。本年3月，日本獲得法國五厘借款三萬萬法郎，日法同盟遂有水到渠成之勢。本日，日法協定及附屬宣言在巴黎簽訂，聲明“尊重中國獨立與完整”，維持日法在東亞領土之安全。另有關於中國之換文“確定”，廣東、廣西、雲南為法國在中國之“勢力範圍”，日本在華“勢力範圍”則為福建及滿蒙。8月17日，清外務部以日法協定有礙中國主權，照會日法兩國提出抗議。
兩廣總督岑春煊奏請規劃全國鐵路。統籌全局，以京師為軌樞，分東西南北四大幹線，並派員勘明緩急，次第興修。
軍機大臣、法部、大理院會同奏請增改大理院官製。擬改推官為推事，改總司直為總檢察廳丞，改司直為檢察官，三等主機為主簿，又擬分刑事為四庭，民事仍為兩庭，各庭設推事五人，並增設看守所。
6月上旬。廣東南雄縣白順司地方“三點會”千餘人暴動。
6月11日。革命黨人劉思複謀刺廣東水師提督李準未成。劉思複1904年赴日本留學。次年秋，在東京加入中國同盟會。1906年夏秋間，同盟會決議在廣東舉行起義，他回國從事革命運動。起初，在香港主持東方報筆政。本年春，汪精衛由日本至香港，與馮自由、李紀堂等在香港普慶坊設立機關，劉思複也移居其內。當時，廣東水師提督李準大肆捕拿革命黨人，劉思複與張穀山等便密謀刺殺李準，遂移居風翔書院（廣州城內舊倉巷）設立長樂留學公所，作為運動學生與軍隊的樞紐。劉思複探悉李準予每月朔望清晨赴總督衙門，決定在途中炸死他。乃由香港機關部預為策劃，劉思複所用炸藥及鐵彈，均在香港製成，分別攜至廣州。本日晨，劉思複起草遺書給駐香港的馮自由、胡漢民、汪兆銘、李紀堂等。寫完後，取出彈藥，配置藥粉，先裝成一枚，及配置第二枚時，藥粉散落鐵殼上，因受摩擦，彈忽自爆，傷手足及麵部，鮮血狼藉。張穀山聞聲而至，急赴鄰近圖強醫院，求醫生伍漢持速來診視。伍漢持見劉思複傷狀，初以為被人槍傷，並未疑及炸彈爆裂。圖強醫學校學生陳逸川等察看傷勢時，見藤籃內有鐵彈兩枚，知為革命黨人所為；又見席下露出書信數件，陳逸川即收入袋內。此時警察已至，發現鐵彈，漸起疑竇，張穀山知事嚴重，遂托詞往警局帶人來驗查，密懷革命文件逃去，到好賢街朱執信宅報訊。次日，張穀山、朱執信到香港《中國日報》社告變，馮自由、胡漢民、李紀堂共商挽救之策。時劉思複已由巡警道龔心湛令移至醫院治療，以備傷愈後究辦。伍漢持也被牽連逮捕。李準初欲大興黨獄，後由法政學校員工聯名稟保，劉思複始獲開釋，不久解回香山原籍監禁。1909年，因同誌陳景華營救獲釋。
俄國幹涉中國黑龍江航行權。《樸次茅斯和約》簽訂後，遼河、渤海等處航行權和旅大港為日本所占，沙俄轉而致力於壟斷黑龍江、鬆花江水係的水上運輸。結果，凡吉、黑兩省可通行輪船之地，無不為路局輪船所到之處。俄國的東省鐵路公司竊取了鬆花江水路管理權，並以保護航運為名，向中國的通航船隻斂收通過稅。中國東北地方當局為挽回主權，減少損失，於1907年創設鬆花江官輪總局，購置小輪，開辟航線。5月29日，黑龍江副都統照會俄國，擬將齊齊哈爾前購小火輪船運至黑龍江行駛，俄廓米薩爾來照刁難稱：黑龍江行駛火船之事，“須得彼此妥議後方許可”。本日，俄方指責中國齊齊哈爾號輪航行說：“該管帶不諳駛行該江之章程，恐不免有失事之虞”，要求該輪“參照俄國所駛各章”航行，並望轉告中國地方官計議擬定暫行航行章程。6月27日，又向清外務部提出無理要求：在航行章程製定以前，“中國船由鬆花江赴黑龍江應領船牌，並由俄國駐滿洲裏領事官自行發給執照，或中國地方發給執照，由俄領事簽字蓋印”，“以便俄員查驗放行”。7月19日，黑龍江巡撫程德全就俄使來函幹預華輪行駛黑龍江事谘複東三省總督徐世昌稱：“黑龍江本中俄兩國公共之江，彼此皆互有航權。從前俄輪行駛黑龍江等處，均未由華官發給牌照，亦並未由俄領事發照請華官簽字蓋印。現在華船行駛，自應比照辦理，以昭平允。”現行駛黑龍江之輪僅有齊齊哈爾商船一支，“無難查核，不至別生枝節”，應俟中俄黑龍江航行章程議妥後兩國輪船一律照辦。1908年夏，東三省總督派員就鬆花江水路管理權問題與東省鐵路公司交涉，指出事關中國主權，不容他國插手。但俄國船隻不僅照常在鬆花江任意航行，而且東省鐵路公司於次年七月公然派船闖入嫩江，直至墨爾根。1909年6月，清廷決定容許各國汽船在鬆花江航行和貿易，以打破沙俄獨占鬆花江航行權的局麵，沙俄公使竟然指責清廷蔑視璦琿條約，是“違法”舉動。雙方隨即進行交涉，結果於1910年8月8日在北京簽訂了《鬆花江行船章程》，確認東省鐵路公司輪船和其他俄國船隻可以行駛鬆花江。從此，俄國輪船鱗集，暢行無阻，鬆花江儼然與東省鐵路公司的領水無異，而清廷關於向各國“開放”鬆花江的決定終未實行。