6月12日。灤州煤礦有限公司成立。官督商辦，資本300萬兩。11月，改名北洋灤州煤礦公司。
6月13日。俄國與日本簽訂《俄日滿洲鐵路條約》。使得俄國人修建的中東鐵路與日本人修建的南滿鐵路連接起來，方便了兩國對中國東三省的瓜分和掠奪。
6月14日。山東濟寧州官吏收糧苛索銅元折價，農民萬餘人起而反抗。
綏芬站交涉分局報告“胡匪”、“俄匪”搶劫殺人情形 。五月初一日（農曆）夜12時，突有“胡匪”、“俄匪”四五十名，持槍闖進洋街，圍攻俄巴厘司，搶去華犯孫德、吳克喬二人，砍傷俄巴厘司總管依萬諾夫，旋即殞命，並打死打傷守獄俄兵三人。
6月15日。清政府派使團參加在海牙召開的第二次保和會。第二次保和會共有45個國家參加，亞洲有中國、日本、土耳其、波斯等；歐洲有德國、法國、俄國、英國等；美洲有美國、巴西、古巴等國。會議由美國發起，俄國主持。各國代表紛紛發言，力求國際和平，不用武力解決國際爭端。在改良和撤銷舊約、改良陸戰舊約、增訂海戰新約、增修日來弗條約等四方麵達成一致意見，但在封鎖港口、戰時禁運、保護戰爭國海上私產等方麵未達成共識。
6月16日。滇黔苗民起義。雲南、貴州交界處苗民數萬人起事，廣西慶遠、柳州漢、僮等族農民予以支援。
6月17日。端方電瑞嚴防革命黨購運軍械。告以孫中山在外洋私購軍械，擬欲偷運回國，意圖五六月起事，要求嚴密搜查到滬各輪，發現形跡可疑者，立即捕獲，從嚴懲辦。並密電公共租界會審公堂讞員至寧，會商查拿革命黨。
6月19日。清廷實授吏部尚書鹿傳霖為軍機大臣，以陸潤庠為吏部尚書；慶親王奕請開去軍機大臣要差，著毋庸議。
6月中旬。河南陝州“大刀會”數百人搶劫運往新疆伊犁之軍裝、槍彈等軍用物資200餘車。
6月21日。民政部奏準修訂民律。清廷批準民政部奏，擬由修律大臣斟酌中土人情，參照各國法政，厘定民律，頒布施行。由於“中國律例，民刑不分，而民法之稱，見於尚書，曆代律文，戶婚諸務，實近民法，然皆缺焉不完”，故需要重新修改民律。
廣東《農工商報》創刊。廣東農工商總局創辦了《商工旬報》，一個月以後，從第四期開始改稱《農工商報》。由江猷等主編，以“勸導實業，開通民智”為宗旨，內容設論說、新聞、新法、學理、政治等欄目，提倡發展農工商業，主張組織農會、工會、商會，傳播農業商業新知新法。當時，廣東農工商總局曾曉諭所屬商民人等一體購閱。共發行54期，於1908年12月改名為《廣東勸業報》。
6月22日。清廷命商約大臣盛宣懷在滬與各國續議商約。
奉天遼陽農民抗捐暴動。該州苛征捐稅，農民運動會眾2000人起而反抗，入城拆毀衙署，商店罷市。
吳敬恒等在巴黎創辦《新世紀》。吳敬恒、張人傑、李煜瀛主辦的《新世紀》在巴黎創刊。留法學生李煜瀛（石曾）、張人傑（靜江）與留英學生吳敬恒（稚暉），為合作鼓吹革命，共同籌備《新世紀》周報。本日，《新世紀》創刊號在巴黎正式發行，以新世紀七年為其紀年，即1907年之意，意指20世紀為新世紀，七年即新世紀之第七年，並采用陽曆月日，表示不再承認清王朝。每星期六發行一次，由吳敬恒負責編排，發行所在巴黎侶仆街4號，附有華文印刷所。出版品有《世界大事》、《世界六十名人》、《鳴不平》、《夜不央》、《新世紀叢書》諸種，均屬開發民智提倡人道之作。《新世紀》發刊宗旨是“本報議論，皆憑公理與良心發揮。冀為一種刻刻進化，日日更新之革命報”。吳敬恒與李煜瀛兩人在《新世紀》上所作的文章很多，尤以吳敬恒為最。他們用50多種筆名發表言論。蔡元培（子民）、褚民誼等也為該報撰文。《新世紀》發行到1910年5月21日，因虧損過多停刊，共計121號。該報提倡無政府主義，宣傳排滿思想，反對帝國主義，介紹世界各國革命風潮，主張革命與提供政治主張。該報還主張擴充軍備，用以誅除人類之敵；反對軍國主義，主張以工人罷工對抗資本家；提倡大同主義，發動互助，崇尚人道博愛與自由平等；提倡科學真理；提倡男女平等，主張改革家庭製度，反對迷信祖宗。
6月23日。學部奏準考驗遊學畢業生。上兩年考試遊學畢業生，閱卷無專才，考試又不嚴謹，將學業考試與入官考驗混為一事，對考試及第的均給予進士、舉人出身並加任用。當時，日本專門以上學校，常為中國學生特設班次，其程度很淺，有些參加考試的是濫竽充數。於是，學部奏請考試對象應是在外國大學或高等專門畢業者為限。本日，清廷從之。
6月25日。農工商部谘文各省，嚴禁奸商招華工往智利國。
6月26日。學部派張謇、王先謙等為江蘇、湖南等省學務公所議長。