6月2日至12日。惠州七女湖起義。孫中山派許雪秋赴潮汕運動會黨起事之時，計劃惠州潮州兩地並舉，使清軍不能兼顧，除潮州先行準備外，又派遣黃耀廷、餘紹卿、鄧子瑜三人從南洋返回辦理惠州、陽江、陽春等處軍事。三人均於3月抵港。餘紹卿原為兩陽大盜（陽江、陽春），後亡命逃南洋，孫中山派他回國，委之以兩陽及惠屬方麵軍事。餘抵港後，向馮自由領公費1500元，後便遝無消息；黃耀廷曾在庚子三洲田一役中任革命軍先鋒，以善戰聞名，與惠州會黨素有關係，抵港後由機關部領取公費1200元，發現香港警察已注意到他，即倉促逃回新加坡，惠州起義事遂由鄧子瑜全責。鄧子瑜，廣東博羅人，行俠好義，曾在香港、新加坡一帶經營旅館業。及黃岡起義爆發，他派陳純、林旺、孫穩等集合會黨，準備與黃岡同時發難。原計劃在歸善（今惠陽）、博羅、龍門等處分三路起事，後因博羅、龍門兩處會黨不易集合，便號召一百數十人集中於七女湖，因此僅七女湖一處發動。七女湖距惠州府城20裏，為著名歸善墟場。本日，鄧子瑜與陳純等少數會黨成員在距惠州20裏的七女湖奪取清軍槍械起義。5日，起義軍攻占泰尾，連克泰尾、楊村、三達。8日，乘勝進攻柏塘等處，歸善、博羅、龍門等地會黨紛紛來會合，起義軍驟增至200餘人。當時清軍正集中於黃岡，惠州兵力空虛，起義軍接連取勝，廣州震動。兩廣總督周馥急調水師提督李準由黃岡馳往惠州。起義軍戰鬥十餘日，因黃岡起義已失敗，惠州孤立無援，隻得埋藏軍械，自行解散，起義遂告失敗。這是孫中山領導的第四次起義。
黑龍江鐵路交涉總局奏請劃分各分局分管界限辦法。對青山歸總局管；自滿溝至喇嘛甸子等五站歸安達分局管；自小河子至朱家坎等五站歸昂昂溪分局管；自碾子山至巴林木等五站歸紮蘭屯管；自雅魯至雅克石等七站歸博克圖分局管；自紮勒木德至完工等五站歸海拉爾分局管；自赫勒紅德至滿洲裏四站歸滿洲裏分局管。兩局交界之間，應以道裏勻計分管。
6月3日 。四川開縣農民和“紅燈教”徒聚眾抗捐 。有2000餘人參加，反抗苛征豬捐、土膏捐、學捐，拆毀各地教堂、學堂及教民住宅。
6月4日。清廷數次要求英、法政府驅逐孫中山。周馥致電外務部，告以孫中山、鄧子瑜住香港，招引香港匪徒，人內地勾引亂民滋亂，請求密商英公使轉電英政府，飭港督速將孫、鄧逐出，以保中外治安。6月8日，兩廣總督為孫中山在河內活動一事電外務部，要求與法使交涉驅逐。6月13日，清廷向法國要求引渡孫中山。6月18日，外務部致電滇督桂撫，嚴防孫中山入滇。6月25日，滇督錫良為孫中山行蹤事電外務部，告已往新加坡。7月18日，廣西巡撫張鳴岐致電外務部，要求與法國交涉驅逐孫中山出境。9月，清廷又要求法國引渡孫中山，法國方麵表示可對革命黨人作永久性拘留。
6月5日。清外務部照會日公使林權助，請撤去東三省鐵路界外的軍線電局。東三省日俄兵業已撤退，兩國所設的軍用電線及電局本應一並撤去，俄國已經將東清鐵路界外軍用電線電局交還中國管理，但日本在該鐵路界外軍用電線電局尚未撤去。本日，外務部照會駐華日使，其鐵路界外之軍用電線電局，請一律撤去。
6月7日。呼蘭府知府李鴻桂稟報呼蘭府境內曬網地數目。稱由泥河以南、呼蘭河西岸至鬆花江北岸，除旗民人等領有老圈、報納經費以及升科等項地畝外，挨靠江河、溝桂、草甸、柳通約有一萬二三千坰，除以前的數目外，亦有浮地數千坰。
清廷設立海軍處。隸屬陸軍部。初設正、副使各一名，下有機要、船政、運籌三司。管理全國海軍政務，包括製定規章，考察教育，監督軍械、造船和人員任免等。次年又新定條規，明確改處為興立海軍基礎，籌擬擴充海軍辦法，設海政、船政、籌備、儲蓄、醫務、法務六司。1909年7月，從陸軍部分出，正式改建為籌辦海軍事務處，主官稱籌辦海軍大臣，設一廳七司。1910年4月，重訂各司職掌，內部機構為參讚廳和軍製、軍政、軍學、軍防、軍醫、軍樞、軍儲、軍法八司。同年12月，改為海軍部。
6月10日。《天義報》在東京創刊 。是近代中國最早的無政府主義期刊。它是女子“複權會”的機關刊物，標榜女界革命，聲稱以破壞固有之社會，實行人類之平等為宗旨，於提倡女傑革命外，兼提倡種族、政治、經濟諸革命，故曰天義。自第八、九、十卷合冊開始，宗旨改為破除國界、種界，實現世界主義；抵製世界一切之強權；顛覆一切近現之人治，實行共產製度；實行男女絕對之平等。發起人為何震、陸恢權、徐亞尊、張旭、周大鴻，捐助及讚成者有唐群英、方君英、何香凝、劉三、高旭等，實際創辦人為何震的丈夫劉師培。