廣東合浦縣農民3000餘人進城大鬧縣署，次日搶教堂。
5月25日。外務部頒布《洋貨由營口運往滿洲各商埠或入內分別征稅辦法》。望各省商埠照辦。
呼蘭府代省草擬婚姻辦法四條。規定男女聘嫁婚書須呈官驗明注冊；男18歲方許議婚，女16歲準嫁人；限女家收彩禮京錢百緡、首飾八對，合銀不得過16兩，載在婚書。
5月26日。度支部奏請整頓王公圈地辦法。度支部認為王公圈地多在順天、直隸、東三省等處，一向由佃戶承種，莊頭繳租，由於不準民間買賣，亦不得增租奪佃。於是佃戶或轉相退兌，或私行租賣，而造冊上仍然是原名，事實上早就不知改為何姓。因此，度支部建議通飭各王公，將其圈地旗產通查一次，限兩年內查明，再造冊送度支部分行各府備案，以後收租即可按籍調查，其佃戶姓名即寫此承種人，其從前私相授受者，一概免究，此後不得私自轉兌。
5月28日。璦琿（今愛輝）開為商埠。
5月30日。美國傳教士林樂知病卒。1836年生，1860年來華，曾創辦蘇州博習書院、上海中西書院、中西女塾等，主編《教會新報》（後改名《萬國公報》）達39年。
清廷與日本訂立大連設關試辦章程。日本取得遼東半島之租界權後，為利用其轉運儲存貨物，1906年9月開辟大連為自由港，後經日使林權助與清外務部協商，依照膠州開放辦法，設關征稅。本日，清代表稅務司赫德與日本公使林權助簽訂大連海關現行試辦章程總綱3款，及大連海關試行章程28款。並擬定大連設關征稅辦法18款，及副件內港行輪章程7款，所訂各節聲明試辦一年，俟明年春酌量更訂。大連設關事一切詳細辦法，需待稅務司籌劃妥協後，再行詳訂。大連設關征稅辦法，規定海關人員應在稅務司中挑選日本人擔任，如有變更，由總稅務司與日本駐華公使商議。海關與日本官員、商人往來文件均用日文。凡貨物由海路運進大連口岸時，均不征進口稅，本地貨物及海路運來物料製成的貨物出口時，也不課征出口稅。大連海關名義上由中國設立，實際操縱在日本人手中；而且大連為自由港，東三省資源無形流入日本，損失極大。
本月。台北枕頭山高山族同胞抗擊日警鎮壓。曆時百餘天，擊傷日警百餘人。
南京設立暨南學堂。在兩江總督端方倡議下，清廷在南京創辦暨南學堂，招收華僑子弟入學。
孫中山派黃興、胡毅生分赴新軍郭人漳、趙聲部策反 。並委王和順為中華民國軍南軍都督，負責聯絡會黨及領導欽州地區起義。
福建省奏請設立官紙局。福建巡撫崇善上奏，閩省度支奇絀，現應該舉辦新政。一切用款，自己應設法籌措，以濟急需。因許多省份設有官紙局，印刷各種紙張，發售民間，以其餘利歸公。在民間所費不多，而公家所益很大。現擬就閩省財政局內印刷各式官紙，分發各屬，凡民間詞訟、呈結婚帖及票權簿折等項，一律購用官紙局的紙張。所收紙價，除成本外，餘款專為本省辦理新政之用。飭先行試辦，等有成效，再將詳細章程呈部立案。
袁世凱、端方奏報鼓勵留學生章程。奏章認為過去各省選派官費學生出洋留學，等畢業回國後，無論得到什麼程度的何資曆，均須在本省當差五年，以盡義務，五年期內，一概不準另就他省之職，他省亦不得調用此人。然而隨著新政迭興，“儲才尤亟”。學生將近畢業，而各省已爭先“電調”，聘用非本省出資培養的學生，這與原定章程不合。而派遣一名學生赴英美留學，所費培植之資，總在萬金以上。派赴日本者較節省，亦非數千金不可。而“各省款目皆有定額”，如果這個省所派留學生畢業後到其他省份工作，那麼此省便會有“乏材之慮”。而其他省份則“轉收不耕之禾”，“但恐原派省份因此灰心”，便會影響到各省委派留學生的積極性。因此在章程內規定：凡今後留學生畢業回國，在五年義務期內，其他省份如要調用，應將原派省份所費培植之資如數清還，其各部調用者，亦照此例。這樣派遣留學生的數目可望增多，數年以後陸續回國，各省也就不再有“乏材之慮”。實際上，因受各種因素的影響，大多數留學生歸來之後並沒有回到原來的省份。
江蘇考選男生十名、女生三名赴美留學。兩江總督端方於上年出洋考察政治，在美國參觀學校時，耶魯等三所大學表示，願每年接受留美學生男生11名，女生3名，均免收學費，女生還免收膳食費。端方回國後，安排在江蘇省考選這批留美學生。本月，在南京考選男生十名，赴美國耶魯大學、幹尼魯大學；考取女生三名，赴美國威爾士利大學就讀，其中有宋慶齡。此事為留美獎學金的先例，也是中國公費女生留學之始。
6月
6月1日。度支部奏準設立紙幣廠與紙幣印刷局。以劉世珩為紙幣總辦，曾習經委印刷局總辦。
郵傳部派周長齡接收新（民屯）奉（沈陽）鐵路 。本年農曆三月，中日訂立新奉、吉長鐵路借款合同，清廷以160萬元收回這兩條鐵路。本日，派周長齡等辦理接收事宜，將全路（約60公裏）及車輛、器材檢驗接收。