新皇帝司馬昱人不壞，遭桓溫這麼死逼，實在沒轍，也就實話實說：“若晉祚靈長，公便宜奉行前詔；如其大運去矣，請避賢路。”傀儡皇帝可以做，但是假我之手殘害同宗的事情我不能做。司馬昱亮出了自己的底線，桓溫“流汗變色”。
司馬昱比漢獻帝有膽色一些，桓溫和曹操一比，純屬色厲內荏。顯然，桓溫還不能像曹操、司馬懿父子那樣，在朝廷的力量對比中占到絕對優勢，做不到生殺由我。
侍中謝安見溫遙拜。溫驚曰：“安石，卿何事乃爾？”安曰：“未有君拜於前，臣揖於後。”
謝安此言綿裏藏針，屬於一種“弱勢”偵察，測試的結果是桓溫不敢和謝氏翻臉。
清代王夫之在《讀通鑒論》裏對司馬昱大加鞭撻：首先，司馬昱作為丞相，在桓溫外拒燕秦的時候，漠然不能相助，隻知道忌憚和防範，但又不能樹賢能以製桓溫，樹了一個殷浩也不管用；在桓溫廢帝時，司馬昱又不能以丞相的擔當保護皇帝；當桓溫推舉自己做皇帝的時候，司馬昱不能堅持原則，“奉名義之正”。所以，桓溫是國賊，司馬昱也是國賊。
桓溫和司馬昱的關係，我看和晚清袁世凱與慶親王奕劻（kuāng）的關係有些仿佛，屬於互相利用、狼狽為奸（這個詞不雅）。桓溫借的是司馬昱的宗室名分以為內援，司馬昱借的是桓溫的勢力以為外援，這樣可以分別鞏固自己的地位。如果時代背景切換一下，袁世凱秉政也有可能扶持奕劻上台。
桓溫切換了皇帝，任丞相、大司馬，留親信郗超任中書侍郎，做皇帝的值班秘書，自己仍然不留京城，還於姑孰（今安徽馬鞍山的當塗），在自己的地盤和自己的部下待在一起比較踏實。
“溫威振內外，帝雖處尊位，拱默而已，常懼廢黜。”
這種日子過了一年，司馬昱感覺命將休矣，急召桓溫入輔，“一日一夜發四詔”。司馬昱臨死召喚桓溫，一是他和桓溫可能有這樣的約定，這個江山從廢司馬奕起，就是桓溫的了，隻不過司馬昱先名義上代理一段時間，現在我不行了，所以請桓溫回來，下一步怎麼辦，你自己回來看著辦吧；二是即使沒有私下約定，司馬昱內心也是這麼認為的，所以請老桓回來，收回自己的東西。但是他也沒有膽量或必要在死前把帝位禪讓給桓溫，所以含含糊糊地下了遺詔“大司馬溫依周公居攝故事”。接著又補充道：“少子可輔者輔之，如不可，君自取之。”
桓溫本來希望司馬昱幹幹脆脆把皇帝的位子主動禪讓給自己，這樣自己可以省很多麻煩，至於效仿周公、諸葛亮，他是沒有心思的。但即使如此，司馬昱“少子可輔者輔之，如不可，君自取之”的遺詔也沒有順利發下去。侍中王坦之截獲這份遺詔，直接和司馬昱戧上了，司馬昱說：“這個破差事，誰想幹誰幹，你急什麼？”王坦之說：“天下者，是老一輩無產階級革命家司馬懿、司馬睿同誌開創的天下，你怎麼能隨便送給別人呢？”司馬昱和桓溫即使有密約，在這種情形下，也不好公然轉移國有資產，於是順水推舟，讓王坦之改了詔書：“家國事一稟大司馬，如諸葛武侯、王丞相（王導）故事。”
經王坦之打過折的遺詔到桓溫這裏，老桓一定是氣得一佛出世，二佛升天。
王坦之是太原王氏，弱冠即與郗超並稱；當時還有一個王彪之，是琅邪王氏，包括謝安，他們暗中作梗破壞桓溫的篡奪大業。