中宗元皇帝永昌元年（公元322年）
王導後料檢中書故事，乃見救己之表，執之流涕曰：“吾雖不殺伯仁，伯仁由我而死，幽冥之中，負此良友！”
永昌元年（322年）一至三月，王敦進攻建康，然後進行了人事清洗，殺了司馬睿一黨的周、戴淵，任命自己“丞相、都督中外諸軍、錄尚書事、江州牧”，並“封武昌郡公”，這一切當然是以皇帝的名義來任命，當然還要非常謙虛地辭讓一番，但是，政權、軍權、機要權、地盤、名爵……凡是權臣應該並可能把持的權力和利益，一個都不能少。其他的哥哥弟弟、親信部曲都有遷升，這都是必須完成的作業。
王敦在建康的時間很短，一兩個月時間，甚至可能隻有一個來月。此後，王敦返回武昌，後來又移駐到姑孰（今安徽當塗），居於建康和武昌之間，盡量回避和皇帝見麵。曹操搞一國兩都，君在許，相在鄴，想慢慢淡化漢獻帝的存在，王敦是不是學曹操，這不好說，估計他沒有這麼深的心思。
王敦不在建康的時候，當然是由王導同誌主持中央的工作，史書上透露了哥兒倆無話不說的幾個細節：
一、王敦向兄弟王導抱怨道：“當初我就說應該立個小娃娃皇帝，年紀大的難控製。瞧見沒，不聽我的話，咱們全族差點全部玩完。”
二、在殺害周、戴淵之前，王敦征求王導的意見，給了三個選項：
一是承認周、戴分別為北方和南方士族的代表，是所謂“南北之望”，所以就要列為統戰對象，給他們“三司”級別的高官做做，粉飾一下王氏控製的晉國董事局；
二是繼續做尚書令、左右仆射之類的實權官，在王導的領導下控製使用；
三嘛，就是徹底刪除這倆病毒文件……
王敦說選項一，王導沉默，瞧這意思是沒必要這麼辦；
王敦說選項二，王導沉默，這意思這麼辦比較難；
王敦說選項三，王導仍然沉默，意思大概是你看著辦。
王導像個刑事專家作案，現場不留任何證據，沒有聲音，沒有圖像，沒有指紋，什麼都沒有，但他的意誌和意見都得到了充分體現，哥兒倆這點默契還是有的。
王敦是個妄人，舉兵作逆，不顧在建康的王導及全族的安危，也許他賭定了司馬睿不會魚死網破殺王家一個幹幹淨淨。王導則不能渾到底，他揣摩了司馬睿的心理，采取了對自己最有利的方式，率全家跪在皇宮外麵待罪，王導不論得勢還是失勢，在任何情況下都給對手砌一個華麗麗的台階。中國人講麵子，最後一拍兩散往往就是因為少這麼一個台階。王導柔軟一下，給司馬睿一個台階，司馬睿心裏也得權衡一下，我不全端王家的老窩，王家也不好意思端我司馬家的老窩。司馬睿在雙方對陣時，放掉了王敦的哥哥王含，有意派王敦的另一個從弟王廙（yì）做特使，這都埋下了妥協的種子。