28日，免回疆應進貢物。
本月，太平軍與英、法聯軍激烈交戰，於聯軍猛烈炮火下，犧牲慘重，退出泗涇、七寶等陣地，上海、鬆江解嚴。英法聯軍班師回上海、鬆江。李秀成軍進攻上海計劃受阻。4月17日，英法聯軍再次進攻李秀成陣地周浦（上海東南40裏處）。聯軍司令何柏因上次作戰傷腿未出戰，由史迪弗立、卜羅德、華爾分任指揮官。全軍共二千四百餘人，有大炮十四尊，當日下午2時開戰，眾炮齊發達半小時之久，太平軍有眾三千餘人，正在吃飯，猝不及防，難以抵敵，分三路撤退川沙。聯軍大炮繼續轟擊，李秀成軍死者五、六百人，被俘者三百人，全被清軍屠殺。聯軍僅陣亡一人，傷三、四人。太平軍退走後，聯軍肆行劫掠，大量贓物帶滿全身，亦有以馬運輸者，並因爭奪贓物而互相爭執。聯軍司令何柏為此規定平均分贓辦法（4月22日）。4月27日，聯軍再次出擊，進攻嘉定（上海西北70裏處），加上華爾常勝軍近四千人，大炮三十尊。另有清軍五千人，沿蘇州河進犯。同日，李秀成軍擊敗聯軍於南翔，英軍包冷等受重傷。29日，雙方再戰，太平軍失利，退至嘉定。
5月：
1日，聯軍炮攻嘉定，圍困東、西、南三門。太平天國守軍五、六千人，又無大炮，死傷數百人，李秀成守軍迅即退走，城內陣亡者五百人，途中被清軍截殺者二千人，被俘者一千人，均被清軍屠殺。聯軍無一損失。所掠贓物，價值二十萬元左右，各軍平均分配。戰後英軍留400人守嘉定，其餘均返回上海。
3日，聯軍第三次自上海出戰，進攻青浦（滬西約百裏之處），是役，何柏仍未出戰。聯軍四千餘人，大炮四十尊，清軍六千人。李秀成軍守青浦者僅四千人。
8日，聯軍抵青浦。
14日，聯軍又以大炮齊發，攻擊西、南二門，常勝軍攻東門。清軍圍北門。太平軍無重武器，一小時後，聯軍自缺口衝入城內，太平軍以肉搏抵抗，戰死者千人，被俘者二千，亦均被清軍屠殺之。少數人退走。聯軍三人陣亡，八人受傷。
李鴻章所率領之湘淮軍，於本月2日齊到上海。中旬，聯軍進攻奉賢。李鴻章湘淮軍與聯軍協同作戰。此役英人何柏出戰指揮，聯軍四千六百餘人，大炮三十尊，先攻南橋鎮。太平軍駐守於此者千人。英法聯軍仍是先發大炮，守軍先不動聲色，待敵人入城，突然反擊，擊斃法海軍司令卜羅德，旋即退走。18日，華洋聯軍進犯奉賢之柘林。守軍與華洋聯軍激戰數日，死傷慘重，於21日退出奉賢。
李秀成此時正在天京議事，忽聞嘉定、青浦失守，乃調集精銳之師，自天京出發，於12日抵達蘇州，率萬餘人從事反攻。先聲言直攻上海，並以旗幟為疑兵之用，威脅聯軍。迫使其少數守軍主動放棄防地。14日，李秀成督師抵太倉，分兩路反攻，李親率軍攻嘉定，聽王陳炳文等攻青浦。17日開戰，忠王以計（令一部分太平軍假降清軍，然後裏應外合）擊敗清軍李慶琛部，進逼吳淞，旋因英海軍開炮轟擊，李秀成軍撤退。20日，李秀成圍攻嘉定，另部太平軍進攻鬆江。28日，李秀成收複嘉定，俘英國水兵九人，盡行釋歸。聯軍因三處同時被攻，相顧不及，退回上海。李秀成再揮軍進攻青浦，占泗涇，進抵虹橋、漕河涇、七寶。28日，再次兵臨上海城下。正在此時，南彙太平軍守將劉玉林等，因與忠二殿下李容發不睦，率部萬人獻城投降淮軍劉銘傳。浦東地方因而盡歸淮軍所有。29日，李秀成擊敗進援青浦之華爾常勝軍部，圍攻鬆江府城。英海軍助華爾與清軍防守鬆江。李秀成猛攻不下，停攻。31日，忠王軍黃文全等部再急攻鬆江府城，李鴻章指揮湘淮軍進援鬆江。
5日，曾國藩奏，蘇省紳士請借英法兵收複蘇常，曾認為斷不可行。準奏。令李鴻章裁製華爾常勝軍。比利時國請求換約。
8日，清廷命薛煥為全權大臣籌辦比利時國通商事宜。
10日，英法聯軍攻陷寧波。
13日，太平天國英王陳玉成於廬州戰敗被苗沛霖誘捕，獻清軍都統欽差大臣勝保。勝保勸降，陳堅拒之，旋被殺。
17日，以葉爾羌阿奇木克伯郡王阿克拉伊都違例攤捐，擅殺回眾，奪郡王爵，治英蘊（辦事大臣）罪。采納僧格林沁建議，興辦山東畝捐。
台灣人戴萬生起兵反清，占領彰化，清廷命福建巡撫徐宗幹前往鎮壓；清廷添設長江水師，駐紮蕪湖。
29日，命多隆阿督辦陝西軍務。
30日，命吳振邦赴山西協辦“防剿”。
31日，命明誼速赴塔城與俄方會勘地界。
6月：
1日，賜徐郙等一百九十三人進士及第、出身、同出身。
10日，清軍與英、法軍攻克上海附近之南橋鎮、柘林、奉賢各城。南橋攻克時，法海軍提督卜羅德被太平軍擊斃。同治賜祭，並賞其家屬珍物。
13日，命侍郎恒祺會同崇厚辦理葡國通商事務。此時，英國欲調印兵協助清軍進攻南京，清廷特諭曾國藩等：速克金陵、蘇、常，以避免英國借端入侵之念。
15日，前太常寺少卿李棠階疏請：於帝師匡弼之餘（意謂皇帝就教之時），預先杜絕左右近習（近臣之意）之漸，並講《禦批通鑒輯覽》及《大學衍義》。優詔答之（表示接受）。
19日，命恒祺為辦理葡國通商全權大臣。總理各國事務衙門奏：法國公使照會田興恕虐害教民，清廷命駱秉章、勞崇光查辦。
20日，英王陳玉成被勝保奉詔殺於解京中途。
先是陳玉成於1861年9月安慶失陷後，受到天王怒責，乃發奮北伐幽燕，欲一舉而傾覆清廷。遵王賴文光不同意此次北伐，他主張設法收複皖北。但英王未納此見。1862年初，自皖北分軍四路北伐：第一路，由主將泳天義馬融和統領，自皖北潁上會合沃王張洛行（撚軍）北上，直攻潁水府。此路還有羨天義倪隆懷、偏天義範立川一同領軍。第二路，為四王軍，即扶王陳德才、啟王梁成富、遵王賴文光、祜王藍成春，自潁川西入河南。第三路，秦王苗沛霖（民團歸附太平軍者），由壽州北上蒙城。第四路，陳玉成本人和導王陳仕榮為預備隊，在廬州接應。第一路先行，第二路於2月起行。第三路苗沛霖則於3月初率軍降清，而英王仍毫無所知。當三路北伐軍先後出發，而第三路叛變後，陳玉成大軍由集中而分散，處於被各個擊破之危局中。當各路軍出發，陳玉成忽接（2月）天王詔書，命其進兵取糧。陳乃速傳命扶王等從速回兵下遊正陽關地區。但扶王等已遠離潁川，未接到此軍令。陳玉成正準備出師正陽關時，清軍多隆阿部大舉來攻。陳勢孤城危，又急令北伐軍回師救援，但軍書被截，無一到達各路軍之手。而清軍各部則迅集廬州，包圍城池。陳玉成孤守困城，至5月初，以三千人突圍而出，連夜走壽州，尚不知苗沛霖已經投降清軍勝保。5月13日，陳於壽州被苗沛霖誘捕，獻於勝保。勝保得陳後，勸其降清。陳不屈，且言勝保乃其手下敗將，莊嚴曰：我受天朝聖恩，不能投降。敗軍之將，無顏求生。勝保即將英王送往北京，行至河南省延津縣，得清廷諭旨：“就地淩遲處死”。
21日，清廷諭令明誼：按條約與地圖，與俄國剖析界務。命錫霖襄辦北路分界事宜。
7月：
3日，因1860年5月江南大營被太平軍攻破，兩江總督何桂清逃往上海，清廷將何革職拿問，一直未結案，本日，命六部九卿再議何桂清罪。
9日，何桂清論斬。斬何桂清，是慈安東太後獨斷批準刑部論斬奏議。追其原因，係何桂清向西太後寵臣榮祿行賄，一向剛正嚴厲之東太後為之震怒，特準刑部李堂階奏本，下諭處斬何桂清。西太後見之，暗中膽寒，加緊培植自己勢力。恭親王奕，自辛酉政變後，多依靠慈安東太後，東太後亦倚重之。東太後主張重用漢人，與奕政見一致，此後，西太後與東太後之間，存有政見之異，而恭親王奕則站於東太後一邊，西太後與奕之間矛盾日益加深。
10日，直隸發生蝗災。
11日，陝西回眾攻擊西安和同州，清廷急命雷正綰入關鎮壓。
15日，大學士桂良卒，贈太傅。頒發廓爾喀王獎勵敕書。
19日，議定比利時通商條約。常清等奏：俄國稱：哈薩克汗阿克坦沙拉已歸屬俄國。朝廷諭：查實酌辦，令各台吉，另外再推舉襲汗爵者。
20日，清廷嚴諭文煜等緝捕直隸省境“馬賊”。
21日，清廷允僧格林沁收撫苗沛霖。
22日，急命多隆阿赴西安，圍剿回眾，勿為撫議（招撫的打算）所誤，對“被裹脅之良回”，仍予以解散。
29日，安集延“匪”倭裏罕，入喀什噶爾卡襲擾，清軍擊敗之；浩罕於伯克邁裏作亂，被殺。
8月：
1日，命景文調遣達木蒙古兵及夥爾等族番兵，開赴西藏。平定亂事。
3日，以陝省回眾殺漢民，清廷促多隆阿等入關鎮壓，旋諭責其延誤，改令勝保率軍赴陝援剿。袁甲三以病免，命李續宜為欽差大臣督辦軍務。
5日，甘肅撤回投降；安集延“賊”遁出關卡。俄國稱哈薩克、布魯特為其領土，清廷命常清察核；總理各國事務衙門亦就此與俄國理論，清廷命明緒會同明誼，勘察西部邊界，並令其就此與俄國公使切實說明，各守疆界。