1月：
1日，太平天國拒絕英國以幫助打倒清朝政府為餌，平分中國之狂妄侵略要求，進軍上海。
上年12月，就英國海軍提督何柏、參讚巴夏禮，來天京提出助滅清朝，平分中國之要求，天王召集群臣開會討論。經討論，一致拒絕英國此項要求。天王立即召見何柏等二人，嚴詞指出：天國打倒清朝，是要拯救全中國。如事成後，與英國平分中國，則失笑於天下；事而不成，則引鬼入門。巴夏禮見天王拒絕，則威脅說：你天王不趁此機會與我英國“合作”，天朝的時日就不多了，“你等著，我國就要采取必要的行動”。天王洪秀全見此，極為震怒，喝叫朝臣，將他逐出。何柏見此，又於7日提出四項無理要求。主要是賠償“損失”，於長江自由航行，不得進軍上海。本日，太平天國一一拒絕。並立即傳檄，水陸並進，攻擊上海、鬆江。上海外國侵略者和逃往上海的蘇浙官僚，也即時於上海組成上海會防局；英、法海陸軍亦立即布防上海。與此同時，上海官僚亦派代表到安慶求曾國藩出兵保衛上海。
3日，勝保奏：收撫黑旗軍首領宋景詩等。清廷為盡快解除太平軍對上海之威脅，終於批準在上海成立“中外會防局”主持清軍與英、法軍隊共同進攻太平軍事務。由巴夏禮、吳煦共同協議組建。吳煦（1809～1873），浙江杭州人，字曉舫。曆任道員，布政使。1860年，曾奉代理巡撫薛煥之命，組織華爾洋槍隊。
7日，命左宗棠迅速援浙，並得專折奏事。
同日，李秀成率軍分五路進攻上海、吳淞，傳檄中外。英、法組成聯軍對太平軍作戰。本月下旬，太平軍慕王譚紹光和忠二殿下李容發等，進抵寶山，逼近上海，因受炮擊，慕王撤寶山、吳淞圍。此時，太平軍已對上海形成包圍圈。
8日，清廷命江寧副都統魁玉幫辦鎮江軍務。
清廷又諭各督、撫及統兵大臣，因地選將，不必專恃楚勇（指曾國藩湘軍，湘與楚同義）。允廓爾喀照例納貢。
13日，曾國藩敏感於8日諭旨謙辭節製四省軍務。清廷不允。
15日，以青海托薩克貝勒綱僧卻多布為左翼盟長。
17日，升沈葆楨為江西巡撫。命恭親王、醇親王督瑞麟、文祥等管理神機營。
21日，命田興恕兼貴州巡撫，旋以韓超代理；徐之銘免雲南巡撫。以張亮基代理之。
23日，太平軍攻克杭州，清廷罷閩浙總督慶瑞職，仍留任。以左宗棠為浙江巡撫，以彭玉麟為水師提督，李續宜為安徽巡撫，嚴樹森為湖北巡撫，鄭元善為河北巡撫。
24日，以大學士祁寓藻為禮部尚書；改彭玉麟為兵部侍郎候補。按通商大臣工部侍郎薛煥建議，清廷命總理各國事務衙門：“與英法二國籌商借兵剿賊”事宜。旋借軍進攻太平軍。薛煥（1815～1880），舉人出身。曆任巡撫、通商大臣、工部尚書。極力主張借外國軍隊鎮壓太平軍。1862年任通商大臣，調工部侍郎。後被彈劾去職。
30日，慈安，慈禧二皇太後至慈寧宮，皇帝率諸王、大臣行禮。同治至乾清宮，受朝賀。自此，每年均如此。
同日，命麟魁、曾國藩協辦大學士。
31日，清廷下詔：酌撤畝捐、厘捐；按規定照顧從征將士家室，撫慰傷亡兵勇子孫。
同日，太平軍完全退出江西省境，清廷賞湘軍驍將鮑超黃馬褂。
2月：
1日，清廷命曾國藩選派將領保衛上海。
6日，四川清軍攻克丹棱，捕殺義軍首領藍朝鼎。義軍餘部繼續反清。
8日，清廷終於決定借助英法軍隊，鎮壓太平軍，特於本日發諭旨如下（節略）：
上海情形實屬萬分危急。借師助剿一節，業經總理衙門與英法駐京使臣商酌。現據薛煥奏，英法文武各員頗為出力。且法國輪船為我開炮擊賊，是其真心和好，固已信而有征。上海為通商要地，自宜中外同為保衛……軍務至緊，若必待總理衙門在京商酌，轉致遲誤。所有借師助剿，即著薛煥……與英法兩國迅速籌商。克日辦理，但與剿賊有補，朕必不為遙製。其事後如有必須酬謝之說，亦可酌量定議，以資聯絡。
15日，提升鮑超為浙江提督；馮子材為廣西提督。
18日，命喬鬆年督辦沿江團練。
21日，前安徽巡撫翁同書，以失掉壽州、定遠，撤職逮問，旋論斬。
同時，英法聯軍進攻太平軍高橋陣地，正式對太平軍作戰。太平軍撤退。
23日，文煜上奏北塘防守事務折，朝廷同意。英、法二國留兵駐大沽炮台。雲南清軍攻克麗江，回眾進擊昆明。
25日，太平軍進攻鬆江，清兵與洋兵共同對太平軍作戰，太平軍失利。
本月，左宗棠奉命率湘軍入浙，進攻浙省太平軍各城鎮、地區。
3月：
2日，懿旨：同治帝在弘德殿入學讀書。祁嶲藻、翁心存授課。祁嶲藻（？～1866），字春圃，山西壽陽人。嘉慶九年進士。曆任庶吉士、編修、學政、內閣學士、兵部侍郎、左都禦史、兵部尚書。1860年調工部兼管戶部三庫，旋調戶部。1861年，同治即位，奏陳六事，總計日安定民心，澄清吏治，崇尚節儉，收攬人才。卒後諡文端，入賢良祠。
3日，曾國荃升為江蘇布政使，並辦理軍務。
8日，西寧辦事大臣多慧、提督成瑞，因虛言“撒匪”投誠，一並撤職議罪，旋論斬。
11日，將倭仁所進《古帝王事跡》、《古今臣工奏議》，陳放於弘德殿，並予講解。
16日，薛煥奏言：英、法軍攻克高橋太平軍營壘。美國人白齊文入中國籍，賞給四品頂戴花翎。
中旬。法國傳教士羅安當，於江西南昌要求江西巡撫對1855年被水師搗壞之吳城鎮教堂進行賠償，並令地方官張貼傳教布告。此舉激怒南昌民眾。適此時，湖南民眾到處張貼揭露傳教士罪行傳單，指其奸淫婦女，搶掠女嬰種種惡行，此傳單迅速傳入江西。當時江西童生正於南昌應試，群起印發傳單，並相約於3月18日，搗毀教堂。未及約定日期，南昌民眾即自發搗毀筷子巷育嬰公會和城外五裏廟教堂及座船一隻。傳教士羅安當、方安之倉皇逃到九江，複至上海，報告法國駐華公使。公使提出交涉，清政府答應賠款一萬七千兩，將九江琵琶亭公地讓給羅安當修建教堂。
18日，李秀成督戰再攻上海：李明成、黃和錦進攻泗涇和七寶；如果成功，派兵把守；派陳炳文直取鬆江，占鬆江後，陳即安營吳淞口，劉肇均即由嘉定到吳淞黃渡安營，包圍上海，待其內變，乘機取之。英、法聯軍於4月初進攻太平軍陣地羅家港、七寶、王家沙等處。
23日，上海清軍聯合英、法軍攻陷太平軍蕭塘營壘。清廷命崇厚、明成督天津海防。
24日，命李續宜招撫皖北流民。
30日，清廷允英、法二國派軍艦開入長江協同清軍作戰。
4月：
2日，太平軍進抵上海，薛煥率部阻擊。
4日，太平軍攻克青田。
6日，因自正月以來一直未雨幹旱，清廷下詔修省，並求直言陳事。左宗棠奏複：降清之宋景詩複又於蘭儀，重樹反清旗幟。
14日，命皖撫李續宜及鄭元善幫辦勝保軍務。
17日，前府尹蔣琦齡奏請：崇正學以端政本。同治特諭：
我朝崇尚儒學重視道統。正學昌明，學子遵製誦讀傳習，皆知學宗程顥、程頤與朱熹，闡明聖人之教。惟因沿習久遠，有人隻博程、朱道學虛名，而於天理、民事之實際，則未能深研，必致誤入歧途，於風俗人心大有關係。各省學政（管學專員）等，親執教育之職，凡校閱考試之事，宜確遵教令，盡以程、朱講義為據，尤應將講解心性與天理之著作，隨時闡述發揚，使入學之士，皆知探索周廉溪（廉）、程顥、程頤（洛）、張載（關）、朱熹（閩）之道學淵源，以格物致知、正心誠意為本，身體力行，務求實踐，不隻以空言性理之道，流為假道學。至於鄭康成、孔安國（漢代儒者）之學，重在考據，為曆代典章文物所依據，自不應偏廢；惟不得滿足於口、耳之記誦，而忽略身體力行。此事尤在負責教育者，區別先後次第，予以薰陶善育。學風端正，民風自厚，四海承平，奸邪不興，於此以觀政教之成功也。
祁嶲藻奏請疏通正途，澄清吏治。朝廷諭：已降旨交吏部議奏。吏部複奏，酌量辦理，已依議行之。並不使捐班軍功妨礙正途（科考之途）補用與晉升，否則應考所取之士，終身無補缺之望，以至於後悔考取功名。命封疆大吏領會體察朝廷養士之意。
朝廷又諭：命大學士會同該部限製捐班（捐錢買官）。
詔各省舉孝廉方正，務求真儒。
21日，同治壽辰，不受賀。
23日，清廷彙編《帝王政要》及《前史垂簾事跡》。書成定名為《治平寶鑒》，用為垂簾根據。
25日，命副都統、禦史晏端書赴廣東督辦厘金以接濟江浙餉需，吳棠督辦江北團練，薛煥以頭品頂戴充通商大臣；以李鴻章代理江蘇巡撫。