又諭：近因京城疫病傳染，貧民不能自備藥劑，已於昨日降旨，令五城禦史按照舊章，施放藥劑，廣為救治。
6日，命倭仁協辦大學士。
13日，以縱劫掠，撤總兵田在田職。命熙麟為陝甘總督。
18日，命慶端為福州將軍，耆齡為閩浙總督。
19日，李續宜母喪，朝廷下詔不給喪假，令其代理安徽巡撫。
20日，慧星見於西北。《中葡通商條約》訂立。命僧格林沁統領豫魯軍務，節製督、撫以下官員並與李緒宜商辦安徽剿匪事宜。
本日，總理各國事務衙門請設同文館，學習外國語言文字和科技。朝廷同意。
21日，諭刑部清理監獄。
22日，以流星之變，朝廷下詔求直言。
24日，朝廷命都興阿核實沿江厘稅。
25日，因台州民團克複郡縣，朝廷下詔免同治元、二年錢糧。
27日，朝廷命京官俸減成劄放現金。
28日，回眾圍成陽等城，勝保入潼關督剿。
29日，藏事平定，停調番兵入藏，並停川餉。嚼徵呼圖克圖阿旺伊喜楚，自鹹豐八年（1858年）掌辦商事，近來輒因布施小事，激怒眾僧，致有關兩寺互相仇殺，以及僧俗互鬥。其見事體不可收拾，乃攜印潛逃。朝廷奪去其所有名號與黃韁，不準再令轉世，命理藩院衙門，沿邊追捕送藏。以汪典潔布輔佐達賴喇嘛，協理藏事，賞給諾門汗名號。
朝廷命順天府、直隸大捕蝗蟲。
9月：
4曰：朝廷諭令：嚴防陝匪勾結甘回。
5日，又諭勝保分兵赴山西省境；英桂籌晉省防務。
6日，複諭勝保攻擊渭北，多隆阿攻擊渭南回眾，兼顧鎮平。
8日，陝回包圍朝邑。特普欽等奏稱：呼蘭地區墾民日益眾多，請設理事、同知等職。朝廷命討論實行。命傅振邦幫辦譚廷襄軍務。
9日，據嚴樹森奏請，特諭：湖北試用知縣林光祖，盡先補用知縣黃藎臣，卑汙庸昏，亦均行革職，永不敘用；盡先補用知縣馬煥綸、遇缺即補知縣葉向辰，聲名狼藉，亦均著革職；知縣張長泰、俞弼堯，年老庸弱，亦予罷職，以肅吏治。
據嚴樹森奏請清查流品一折，朝廷特諭：軍興以來，捐案頻開，流品（出身門第）混雜。往往捐銀一交不問其身家是否清白，立封高官。名器濫邀，吏治日壞，亟宜清查流品，以挽頹風。著照嚴樹森所擬，此後外省捐納人員，由何上捐，即責成何省之同鄉地方官詳細確查。如果身家清白，始準谘行本籍，出具冊結，送部引見驗看，再由同鄉京官複查出結。其由京局報捐者，即專責同鄉京官確查結保。設有出身卑賤者，立時首報。倘失於查察，一經發覺，除本員照例治罪外，並將濫作保薦之地方官及同鄉京官，一並參處。
10日，清廷命福濟會同景紋辦理西藏事務。
英、法聯軍與清軍合力攻陷太平軍之寧波城。戴王黃文金、首王範汝增率軍頑強抵抗，身受重傷，而不得已退出寧波城。
17日，鎮江設關，征收洋稅。
19日，提升雷正綰為陝西提督。
20日，命總兵黃開榜接統田在田軍，命耆齡專辦援浙軍務。
22日，西安解圍。
30日，奉天（遼寧）法庫門回民互鬥，命玉明等前往解散之。
10月：
5日，命李棠階為軍機大臣。
7日，朝廷諭各省裁革州縣浮費。京控案件，專責按察使審理。
8日，清廷下詔薦舉人才。命薛煥、李鴻章辦理普國換約事宜。
9日，以倭仁為大學士。
11日，自寧波失陷後，太平軍又反攻寧波，華爾自上海率常勝軍前來援救。本日，雙方戰於慈谿城，守城太平軍對常勝軍迎頭痛擊，華爾重傷，次日斃命。
13日，清廷允法將賴伯勒東留防寧波城。
15日，清廷命富明阿馳赴揚州襄辦都興阿軍務。
17日，派劉長佑為兩廣總督。
22日，命官文為文華殿大學士，倭仁為文淵閣大學士。
28日，清廷特諭文煜：選舉賢良官員，籌辦畿輔水利。
29日，直隸人王守青著書，事發被指為“叛逆”，所著書稱“逆書”。旋被處死。（事未詳，概而言之，當為反清之內容。因為批評時政之書，並未被究。）
31日，廣東人黃金龍、李植槐等起事反清，清軍予以鎮壓。
11月：
1日，“川匪”進擊寧夏、陝南，清軍擊敗之。
16日，清政府允荷蘭訂立中荷通商條約。
17日，朝廷諭曾國藩等選武職人員在上海、寧波學習外國兵法與外國軍隊操練技術，並令閩粵等省仿行。此為清末建立新軍之初始。
本月。朝廷命北京附近地區實行堅壁清野之法，以對付會眾、撚軍等。
22日，四川清軍殺反清首領李泳等。
23日，勝保赴潼關“剿匪”。
25日，清廷命勞崇光赴貴州察辦田興恕殺教民案；以張凱嵩接辦廣西軍務。
30日，清廷命瑞常協辦大學士。
12月：
1日，清廷命曹毓瑛為軍機大臣。
7日，準許俄國軍艦在上海協助進攻太平軍，但不準入江。嗣後外國人領兵，不要改易服色，以為定例。
12日，清廷命按察使閻敬銘代理山東巡撫，辦理軍務。
17日，清廷發同治諭旨：本年例停死刑，但何桂清統兵失律，僅予斬候，已屬法外施仁，茲已屆期，若因停決而再緩，何以謝死難者，及億萬生靈，著即處決。自此以後，凡於停決之年遇有重大罪犯，仍要奏聞取旨（報請朝廷裁決）。
21日，日蝕。以沈宏富代理貴州提督，接辦田興恕軍務。
22日，命長沙知府丁寶楨代理山東按察使。
23日，河南巡撫鄭元善因廢弛公務，降為道員，由張之萬代理河南巡撫。台灣會眾攻克鬥六門。
29日，湘軍與英法軍攻占浙江上虞、嵊縣、新昌。
本年，清總理衙門設北京同文館，學習西方語言文字與科學技術。李鴻章設西洋船炮局於蘇州，是為洋務運動之始。
清朝洋務運動倡導於恭親王奕，而推行於曾國藩、李鴻章、張之洞等一班封疆大吏。其核心特點，是中學為體西學為用，隻進行經濟、技術與軍事工業之改革，並吸收西方科學成果，派留學生出國，但在政治體製上，絕對不學習西方，君主專製為不可動搖之政體與國製。結果是腐敗、昏庸之官僚負責開辦各種官營工廠與企業，利用職權貪汙中飽，推諉因循，最終是工廠、企業先後倒閉。
為反抗清政府挑撥漢回關係，並殘酷屠殺回民，陝、甘回民於各地發動起義：甘肅靈州馬化龍領導回民於金積堡起義。繼與陝西回民義軍白彥虎部和回民義軍馬文祿部相聯合，共同對清軍作戰。1871年（同治十年），馬被誘降遭殺害。同年，陝西回民白彥虎領導回民於陝南渭河起義反清。連克渭南、高陵、華州、華陰，圍攻西安、鳳翔，攻克甘肅固源、平涼，進軍寧夏。並曾與西征撚軍會合，屢敗清軍。1867年（同治六年），左宗棠奉命入陝，白率義軍退兵青海省西寧，與回民義軍馬文祿會合。1870年（同治九年）大敗清軍。1873年，白助馬文祿解圍肅州不果，退入新疆吐魯番地區，最後逃入俄國病死。馬文祿，甘肅肅州人，於1865年（同治四年）領導回民起義。1870年，與馬化龍、白彥虎各部聯合，被推為兵馬大元帥，將清軍逐出河西走廊。1872年（同治十一年）被左宗棠圍困於肅州，達十八個月之久。馬旋被誘降，遭殺害。左宗棠血洗肅州。
本年，大學士裕誠所提出的財政變通辦法實行。鹹豐二年時，清政府戶部存銀不超過300萬兩。此後各種費用與兵餉，全賴日捐、鋪捐、團練捐和厘金（內地設卡收商稅），而尤以全國之厘金，為軍費之主要來源。此外還有落地稅。此種苛稅，多為督、撫派人征收，既不是常課，亦不報部，具體數目，難於確查。大約計之，在二千萬兩左右。這是由商業稅中收取，對私人工商業無疑是一種沉重負擔。各省解庫之銀多有積欠，道光末年時，已達千餘萬兩。
本年，裕誠提出的財政變通辦法如下：
除壇廟大典、外藩俸餉、貧民賑濟仍實發現銀外，其他開支以俸銀折合製錢、寶鈔發給。官員銀一兩，折製錢一串、寶鈔一串；兵丁折製錢二串；各衙公費撥給銀、票各半；工程等項減半發給；運腳采買物料工價米折等項，銀一兩折製錢二串或一串五百。因此，各種支用多以鈔票、大錢、鐵錢支付，走上通貨膨脹之途，以印鑄機強行流通紙幣與製錢，以致商業蕭條。而各省地丁銀兩，仍多積欠。