28日，廷臣呈上議定的垂簾聽政章程，懿旨（太後旨）：依議。下詔開恩科。
29日，陳孚恩遣戍新疆。命侍郎寶望、董恂在總理各國事務衙門辦事。
12月：
1日，法軍離開天津。
2日，同治奉慈安、慈禧皇太後至養心殿，兩宮垂簾聽政。
4日，諭內閣：已革員外郎景文於停止換鈔後，輒用短號鈔票換出長號鈔票，得受謝儀，例應發往軍台效力贖罪；已革員外郎崇貴等多員，輒向換鈔商民索要使費，得贓分用，例應發往新疆，充當苦差，以上各員均永不敘用。
又諭：官號商人張兆麟、馬錫祿，貪汙鈔票，著照監守盜竊倉庫錢糧一千兩以上例，判斬監候，不準援免。
8日，山東“教匪”與撚軍聯合反抗清廷，清總兵成祿前往鎮壓，並將首領延輪秀及其侍從，捕獲殺戮。
17日，朝廷諭，中外薦舉人才，應以漢人曾國藩、胡林翼、駱秉章為樣板。
19日，賞潘鐸二品頂戴，代理雲貴總督。先是1858年11月（鹹豐八年），清廷以雲貴總督受製於回人，改令張亮基代理總督職，以徐之銘為巡撫。繼而徐與回民掌教馬德新聯合，以團丁挾製代總督，張以病求罷。清廷又命劉源灝為雲貴總督。張亮基即離昆明至湖北。劉不敢上任稱病乞休。本年春張亮基於湖北陳奏雲南事，並參劾徐之銘不法。本年（1861年）8月，清廷召劉還京，以安徽巡撫福濟升雲貴總督。福濟亦不敢上任，被奪職。清廷又以前代湖南巡撫潘鐸為雲貴總督。潘至昆明，於1863年（同治二年）為回酋馬如龍、馬德新嗾使馬榮當眾刺殺之。清廷又以勞崇光任總督。
20日，命彭玉麟幫辦袁甲三軍務。
24日，詔各省：察舉循良，並訪學問、行為兼優之士。
27日，以吳棠為江寧布政使，並代理漕運總督，督辦江北糧台。
29日，太平軍再克杭州，浙江全省即將底定。
31日，諭曾國藩統籌鎮壓太平軍之軍事計劃。
本年：山東河南邊界濮縣、範縣長槍會起義。首領為王來鳳、倪廣和、劉占考、王廣繼等人。一度攻占範縣縣城，屢次打敗清軍，截獲鹽船。清廷派僧格林沁率軍鎮壓，王來鳳、劉占考投降清軍。其餘各首領退入東平湖地區與撚軍結合。1865年，參與魯西南曹州地區圍殲僧格林沁部清軍之役。此役，擊斃僧格林沁於曹州吳家店。
山東嶧縣、滕縣等地幅軍起義。起義地區延及蘇北徐州、邳縣地區。自黃河改道魯北入海後，原漕船船工失業，饑民數萬，無以為生，屢次發動武裝起義。本年春，在劉雙印、周韭等領導下，組成幅軍在嶧、滕地區建立根據地反清起義。並斬殺道員（相當於郡太守）李麟，擊敗清軍都統德楞額部。僧格林沁率部圍攻時，周韭為部下殺死；劉雙印退守雲穀山寨，堅持一年之久。1863年，劉雙印投奔鄒縣習文教義軍。
鄒縣有習文教，亦於本年起義。教主宋繼鵬誦經念符，為人治病。起義後，攻克鄒縣城。複因僧格林沁來攻，退入山中固守不出。本年冬，聯合幅軍、長槍會大敗清軍。1863年9月，習文教戰敗，宋繼鵬戰死。
本年，又發生教案事件。法國主教胡溥理，在貴陽縣勾引奸人欺壓良民，引起公憤。清提督田興恕促使燒毀教會學堂，查抄各教堂並殺死四教徒。次年2月，開州知州戴鹿芝又以挑起民教爭端將法國傳教士文乃耳處死。清政府媚外投降，將提督田興恕等革職充軍，賠款一萬二千兩，提督衙署撥歸教堂使用（戴知州已死）。
本年，清總理衙門疏稱：據稅務司英人赫德言，如洋藥（鴉片）運至內地，加給印票，每年可收輸貼費數十萬兩，用以購買船炮，則鎮壓太平軍等更為有力，特請於上海、廣東各關稅內。先行籌款購買。朝廷允之，並交曾國藩具體籌辦。南北洋購買外國船炮，從此開始。
本年，奕實行新政，頑固派以倭仁為首群起反對。禦史張盛藻奏稱：
朝廷命官，必用科甲正途者，為其讀孔孟之書，學堯舜之道，明體達用，規模宏遠也。何必令其習學技巧，專明製造輪船洋槍之理乎？若以自強而論，則朝廷之自強莫如整綱紀，明政刑，嚴賞罰，求賢養民，練兵籌餉諸大端。臣民之強，則惟氣節一端耳。朝廷能養臣民之氣節，天下莫不同仇敵愾。災可平而寇可滅。若令正途科甲人習為機巧之事，又借升途銀兩以誘之，是重名科而輕氣節；無氣節安望其有事功乎？臣以為設立專館，隻以責成欽天監衙門考取年少穎悟之天文算術學生送館學習，使中西法互相考驗，不必用科甲正途官員肄習其事，以養士氣而專責成。並謂洋務“未收實效，先失人心”。
此疏奏上之後，京師傳誦，鹹以為正論，無一科甲正途之官肯入館中（同文館）。
鹹豐見疏後諭內閣曰：
“朝廷設立同文館，取用正途學習，原以天文算學為儒者所當知，不得目為機巧。正途人員，用心較精，則學習自易，亦於讀書學道，無所偏廢。是以派令徐繼佘總管其事，以專責成，不過借西法以印證中法，並非舍聖道而入歧途，何至有礙於人心士習耶？”
倭仁仍不服氣，繼上書曰：
竊（私下）聞立國之道尚禮義不尚權謀，根本之圖，在人心，不在技藝。今求一技藝之末，而又奉夷人為師，無論夷人詭譎，未必傳其精巧。即使教者誠教，所成就者，不過術數之士，古今未聞有恃術數而能起衰振弱者也。天下之大，不患無才，如天文算學必須講習，博采旁求，必有精其術者，何必夷人，何必師事夷人？且夷人我仇也……今複舉聰明俊秀……變而從夷，正氣為之不伸，邪氣因而彌漫，數年以後，不盡驅中國之眾鹹歸於夷人不止。
後又有洋務大臣上奏疏反駁倭仁等。其奏疏說：
倭仁所奏，陳義甚高，持論甚正。臣等未曾經理洋務之前，所見亦複如此。而今日不敢專持此說者，實有不得已之苦衷。請我為皇太後、皇上詳陳之：
臣下認為城下之盟，春秋所恥。宋臣韓琦有言，和好為權宜，戰守為實務，自古禦夷無上策，大要以修明禮義，以作忠義之氣為根本。一麵即當實力講求戰守，期得製伏夷人之法，不能以一和而遂謂長治久安之策。臣等不敢徒效賈誼（西漢忠節大臣，以直言被貶）之痛哭流涕，空言塞責，取譽天下。是以臣等籌思長久之策，與各疆臣通盤熟算，如學習外國語言文字，製造機器各法，教練洋槍隊伍，派員周遊各國，訪其風土人情，並於京師地區，設立六軍借資拱衛。凡此苦心孤詣，無非欲圖自強。臣等複與曾國藩、李鴻章等往返函商，鹹謂製造巧法，必由算學入手，其議論皆精絕有據。而洋人入侵我國之前，對我語言文字，形勢虛實，一言一動，無不周知，而外國之情形，則我一無所知，徒以道義之空談，紛爭不已。若安於不知，深慮江河日下；及設法求知，又複眾論交攻。一誤何堪再誤！如別無良策，僅以忠信為甲胄，禮義為艦船，足以克敵製勝，臣等實未敢信之。
曾有候選知州楊廷熙上奏請撤銷同文館。鹹豐諭：楊廷熙拾人陳腐之言，語意荒謬，總由倭仁授意，著倭仁即赴總理衙門行走，免啟門戶之爭，共濟時艱。倭仁不得已策馬赴館，表示支持洋務，放棄己見，但故意墜馬跌傷，特請病假，表示仍不屑於洋務之事。
晚清維新派官員和士人，為抵製頑固派排斥西方科學技術，便相繼論證提倡西學源出中國之學說，其主要根據為周禮、孔孟、老子以及墨子等學說中之科技部分，加以演繹，說明西方科學技術，乃從中國傳入，而中國則重於形上之道，西方重形下之器，而終合於道。中國亦應效法西方，重視與提倡形而下之器物之製造，以興國。甚至西方之民主政治，亦是從孔、孟民本主義而來。從而使維新變法運動合於中國固有之聖道，而且是聖道還家，使頑固派無法從理論和聖道上進行反對。湯震之《危言》曰：大抵西人政教，泰半（大半）來之《周官》；西人之藝術，泰半本之諸子，試取管（仲）、一墨、關（尹）、列（禦寇）、淮南子等書。以類求之，根源俱在。然則不謂我中國今不如古有之，而妄謂中不如西也可乎？（可以嗎？）
鹹豐一朝，財政收入困窘：
道光時庫存僅八百餘萬兩白銀。自道光三十年至鹹豐二年，因會黨與太平軍起義，廣西費去軍需銀一千一百二十四萬七千餘兩；湖南費去四百十八萬七千兩；廣東費去一百九十餘萬兩；湖北費去四十五萬兩；貴州費去二十萬兩，江西費去十萬兩，南河工銀四百五十萬兩，共費去銀二千二百五十八萬兩。其中撥內帑二百萬兩外，其餘均由各省負責支給。至鹹豐二年，戶部存銀不過三百萬兩。鹹豐三年隻存有二十二萬餘兩。而軍費日益浩繁，遂增加各種捐、稅以補救之。計有日捐、鋪捐、團練捐、厘金。以厘金進項最大，軍費十之八、九取厘金（過卡稅）。此厘金不報部，由各省督、撫自己收用，約略統計每年厘金收入在二千萬兩左右，實是清朝對義軍鎮壓之主要經費。但仍不足。各省解部之銀，又多有積欠。自鹹豐二年開始，除宗廟大典、外藩俸餉、貧民賑恤用現銀外，官員、兵丁，一律照俸銀折給製錢與寶鈔，不再發給現銀。此以支出匱乏，而仰給於鈔票，於是通貨膨脹，日甚一日，軍費一項，每年數千萬兩，仍是無法滿足，於是清廷令陝省借富戶之錢以補一百萬兩之欠數。此外還有畝捐（山東）、差往費（晉、陝、豫、甘）等等臨時加征之稅款。
如果鹹豐朝初年之正常歲出數目同於道光二十九年之數，則歲出為三千六百餘萬兩，加軍費二千二百五十八萬兩，總計為五千九百餘萬兩。比道光朝末年增二千二百餘萬兩。鹹豐三年庫存銀為二十二萬餘兩。歲入在六千餘萬兩。鹹豐末年，上海地方曾借外債，不關中央政府事。清廷歲入與歲出，七拚八湊，大約處於平衡狀態。多少尚有盈餘，不供賑災之用。