1月：
3日，清軍與湘軍塔齊布部會合小池口，開始對九江、湖口太平軍取包圍之勢。湘水師、清陸師和湘軍羅澤南部三路合攻太平軍。曾國藩深知自己陸師力單，即呈請鹹豐調派湖北按察使胡林翼二千人、湖北督標副將王國才部、池寧太道何桂珍等部歸其節製；又奏請鹹豐部署宿鬆、望江、潛山、太湖等地區協攻之師。至1月中旬，曾國藩完成對九江、湖口太平軍之包圍，欲一舉全殲該部太平軍。
太平軍方麵，以林啟榮守九江，黃文金駐湖口，羅大綱部駐梅家洲，控製洲尾攔湖嘴（內河出口）；翼王石達開自皖省安慶進駐湖口縣城。此部太平軍人數約為兩萬人。1月3日，雙方接仗。1月8日，太平軍乘夜火攻敵船，敵軍亦放火反撲，互有勝負。1月中旬以後，太平軍水師則“堅匿不出”並以火球與喊聲疲勞湘軍。湘軍幾次進攻，均未成功。1月下旬，湘軍水師開始自外江開船，猛衝太平軍水營木排。雙方展開水軍激戰。太平軍湖口水師木排陣地被攻破。守將梁國安、熊長易、許學受、熊廷詔、陳經紋等均奮戰陣亡。1月末，湘軍水師自湖口衝入內塘四十裏（鄱陽湖）大肆焚燒太平軍船隻，以為可以從此打開江西糧道，以供軍用。太平軍即乘此機會於當夜三更，火燒敵船。湘軍損失大船九隻、小船數隻、雜色座船三十餘隻。太平軍並立即堵住湖口水卡，使湘軍水師分而為二，其百餘船艦、二千士卒被封鎖於鄱陽湖內。其另部水師在九江附近大營。2月，羅大綱部於梅家洲將小劃數十隻放入江中，以火彈、噴筒，火攻敵之船艦，並圍攻曾國藩座船，幾將曾國藩活捉。曾國藩悲憤之極，欲跳水自殺，被攔阻，後逃跑南昌。曾國藩水師一朝瓦解，太平軍大敗湘軍，取得江西廣大地區，扭轉戰局。4月3日，太平軍再克武昌，湘軍轉勝為敗，太平軍走向鞏固與發展階段。
13日，大學士軍機大臣祁嶲藻在軍機處無所作為，為鹹豐所不滿，令其致仕（退休），以賈楨為大學士。又任翁心存為吏部尚書，周祖培為兵部尚書，許乃普為左都禦史。
江蘇蘇州、鬆江、太倉各府州縣洪水上湧，突起至二、三尺。江蘇大地震。
18日，因曾國藩攻克小池口，鹹豐嘉獎之，賜狐皮黃馬褂。
21日，清廷認為清軍攻克英、霍兩縣均有民力以助，免該兩縣三年漕糧。
24日，因舉人臧紆青進攻桐城力竭陣亡，清廷贈三品，予世職。
本月：太平天國取消男女隔離製度，準許夫婦同居。自金田起義以來，洪秀全等將男女分編為男營與女營，不準夫婦同居。建都天京後，又將天京居民分成男行、女行，不準逾越。至此，方取消男女隔離製度，準許男女結婚同居，恢複了社會正常家庭生活。
2月：
17日，上海小刀會領袖、太平天國詔封之大元帥劉麗川，自上海撤退，陣亡。
26日，因江浙漕米不敷，清廷啟用京師倉穀；命怡良開辦米捐解來京師。
3月：
2日，吉爾杭阿奏克上海縣城，鹹豐下詔嘉獎之。
9日，僧格林沁上奏攻克連鎮，北伐軍統帥林鳳翔被俘。林於3月15日在北京被淩遲處死。清廷封僧格林沁為親王，命其移軍山東，進攻高唐地區之太平軍。欽差大臣勝保師久無功，撤職拿問。
18日，王懿德奏：夷商來閩販茶，租賃民房，凡久居者應收茶稅。鹹豐同意。吉爾杭阿又奏法國軍人助攻上海，應獎綢四端，銀一萬兩，鹹豐亦準。
4月：
18日，因巡撫陶恩培於武昌陣亡，清廷以胡林翼代理湖北巡撫。
6月：
2日，僧格林沁奏攻克馮管屯，太平軍定胡侯李開芳被俘。旋解北京淩遲處死。鹹豐許僧格林沁親王世襲，出入乘肩輿。
11日，西安將軍紮拉芬於湖北對太平軍作戰陣亡，清廷優恤之；撤楊沛湖廣總督職，以官文為湖廣總督；任綿洵為荊州將軍，瑞麟為西安將軍，命西淩阿為欽差大臣，赴湖北鎮壓太平軍。
18日，清廷撫恤福建陣亡知縣高鴻飛。準入祀京師昭忠祠，並於台灣為其建祠。
20日，廣東清軍攻克河源等縣，與會眾戰於三水。
24日，因地主團練屢有抗糧抗捐之事，鹹豐特下詔曰：興辦團練，原為保衛鄉裏，而河南省之團練，屢有抗糧、抗官之事。似此相率效尤，流弊甚廣，各督、撫務必加意整頓，勿令日久成患。此後，山東有“黑團”起事，旋被平定。
27日，以柏蓧為熱河都統。
7月：
9日，雲南回民多年以來，經常發生反抗地方官吏苛征暴斂事件，驚動京師，鹹豐特下詔曰：朕聞雲南回民易滋事端，屢有聚眾抗糧之事。春恒、舒興阿，務將首要各犯懲處，勿令日久蔓延。
命李鈞為東河河道總督。
17日，廣東清軍攻占封川，與反清會眾戰於虎門洋麵。