法庭審理階段，於誌軍對檢察機關指控的犯罪事實全部供認不諱。由於歸案後，於誌軍主動交代了司法機關尚未掌握的部分受賄犯罪事實，並且全部退回了受賄索賄的贓款，並有檢舉揭發王雁等人的重大立功表現，辯護人錢列陽為於誌軍作了從輕處罰辯護。
錢列陽對公訴機關指控的被告人於誌軍犯受賄罪的事實不持異議。但錢列陽認為，本案具有區別於同類其他案件的重大特點是被告人認罪、悔罪態度及重大立功表現。對此，錢列陽在法庭上提出了3條辯護意見：
一是在案證據證明被告人於誌軍受賄500餘萬元，其中400餘萬元的受賄事實是司法機關尚未掌握的，本案被告人犯罪數額的80%以上屬被告人主動坦白。辯護人認為，依據最高人民法院《關於處理自首和立功具體應用法律若幹問題的解釋》第四條的規定“被采取強製措施的犯罪嫌疑人、被告人和已宣判的罪犯，如實供述司法機關尚未掌握的罪行與司法機關已經掌握的或者判決確實的罪行屬同種罪行的，可以酌情從輕處罰；如實供述的同種罪行較重的，一般應當從輕處罰。”對被告人於誌軍如實供述的這400餘萬元的犯罪事實，在量刑上應當從輕論處。
二是辯護人認為被告人於誌軍具有重大立功表現，其在羈押期間主動檢舉揭發其他二人巨額受賄的犯罪事實，且經司法機關查實該二人已被繩之以法。該二人受賄數額特別巨大，可能被判處無期徒刑以上刑罰。因此，根據最高人民法院《關於處理自首和立功具體應用法律若幹問題的解釋》的規定，應認定被告人於誌軍有重大立功表現。
三是辯護人認為，被告人於誌軍在案發後已經全部退還贓款、贓物，且未給行賄人謀取不當利益，其犯罪行為未給國家、社會、單位和個人造成直接的重大經濟損失。辯護人認為，本案被告人於誌軍受賄數額的大部分是其本人主動坦白的，因此不應屬於犯受賄罪情節特別嚴重之列。被告人於誌軍有重大立功表現，符合減輕處罰的法律規定。
最終，法院判決時采納了辯護人的意見，對於誌軍予以輕判。
2005年1月11日，王雁因受賄496萬餘元，被濟南市中級人民法院一審判處死刑緩期兩年執行；原青島市規劃局局長張誌光受賄860餘萬元，被判處死刑緩期兩年執行；於誌軍因受賄539萬餘元，2005年1月13日，被山東省泰安市中級人民法院一審以受賄罪判處有期徒刑15年。在這3個貪官貪腐的數額中，張誌光高達860萬元的受賄數額，曾一度成為建國以來山東省檢察機關查處的受賄數額最大的廳局級領導幹部職務犯罪案件。於誌軍的受賄數額高於區長王雁，卻獲得了輕判，這跟律師錢列陽的鐵嘴鋼牙的激情辯護和於誌軍有檢舉揭發他人犯罪的重大立功表現是分不開的。判決後，王雁和於誌軍對一審判決沒有提出上訴。
仔細查看於誌軍受賄一覽表可以發現，在他任職兩年的時間裏就索賄、受賄400餘萬元，可謂日進萬金。青島市的開發商先後有數十人通過不同的方式主動向於誌軍行賄，這些人正是看中了於誌軍的貪婪、對金錢的奢望和手中的權力，他們在“不送錢物不好辦事，送比不送好，送多比送少好”的思想支配下，把能給於誌軍送上錢物視為一種“榮耀”和“本事”，把向他行賄作為撈取好處的“靈丹妙藥”。於誌軍在這些房地產商的推波助瀾下，在犯罪的泥潭中越陷越深，罪行越加嚴重。案發後，雖然檢察機關對他犯罪的贓款、贓物全部扣押，但他給社會和人們造成的影響和危害卻難以挽回。
玩忽職守，稅收損失後果應當由誰承擔
這起在山東甚至全國影響巨大的土地違法批租案，隨著2005年1月的判決在一片議論聲中落幕，但當時誰也沒有想過，這起土地違法批租案給國家稅收帶來的損失由誰承擔。塵埃落定之後，已經開始服刑的於誌軍再次被推向了審判台。
2007年8月24日，於誌軍被青島市李滄區人民檢察院以玩忽職守罪立案偵查，9月30日被起訴，11月24日，青島市李滄區人民法院判決於誌軍犯玩忽職守罪，免予刑事處罰。這起案件是山東省人民檢察院督辦的案件，青島市人民檢察院指定李滄區人民檢察院立案偵查。在偵查終結移送起訴時，認定犯罪嫌疑人於誌軍給國家直接造成了1331餘萬元的稅收損失。起訴書指控，2001年4月至2003年4月，被告人於誌軍在擔任青島市國土資源局局長期間，嚴重不負責任，違反《中華人民共和國契稅暫行條例》及國家稅務總局、國家土地管理局《關於契稅征收管理有關問題的通知》等文件中，關於未取得契稅完稅憑證或免稅證明土地管理部門不予辦理土地登記手續的規定，在申請人沒有繳納契稅的情況下批準登記發放國有土地使用證，給國家造成稅收損失993餘萬元。