馬丘比丘依山起勢，是一個建築學上的奇跡。據說馬丘比丘一帶的山勢像一張仰望天空的印第安人的臉，而馬丘比丘所在的最高峰瓦納比丘峰正是這張臉上的鼻子。建造城市的人沒有從“鼻子”上取用一塊石料，都是從周圍山間撿來碎石加以切割，然後築成。當時的切割技術已經非常高明，現存城牆上的石塊間縫隙還不到一毫米寬，連鋒利的匕首都插不進去；石塊與石塊之間連灰泥都沒用，純粹的堆砌而成。找回“失落的城市”
自馬丘比丘建城到16世紀30年代西班牙殖民者侵入印加帝國，馬丘比丘一直有人居住，但人數不多，熱鬧的時候也就是1500人左右，除了維護城市建築的人，就是過往的貴族遊客。早在1532年時，西班牙人弗朗西斯科·皮薩羅卑鄙地抓獲並殺害了印加帝國的最後一位國王阿塔瓦爾帕，然後攻入首都庫斯科，四處燒殺劫掠，戰火波及到馬丘比丘，這座邊遠的山城也難逃劫數，隨著印加帝國一起毀於戰火。馬丘比丘從此破敗，此後400年間無人問津，甚至沒有人知道。直到1911年，美國探險家海勒姆·賓海姆在一個銅板雇來的向導的帶領下，再次發現了這座已經沉睡了400年的古城。1913年4月美國《國家地理》雜誌對此進行了專題報道，馬丘比丘由此名聲大振。
1911年，印加帝國末代國王的失蹤寶藏正在攪擾著尋寶者的美夢時，海勒姆·賓海姆也在此時踏上了尋寶的旅程。起初他是為了尋找傳說中一座叫做維爾卡班巴的城市，據說那裏是曼科的最後據點，印加人的寶藏就藏在了那裏，但他徘徊數月未能如願。正在山重水複疑無路之時，哪知柳暗花明又一村，在烏魯巴姆河的河穀中，他遇見了一位當地人，隻出了一個銅幣，就在那位當地人的帶領下找到了這座舉世震驚的印加古城。雖然這裏沒有發現黃金寶藏，但他已經心滿意足了。回國後他以“失落的印加城市”為名出了一本專著，介紹了他的發現和這座古城遺址的概況。截至1915年，賓海姆又數次來到馬丘比丘，他始終不確定自己找到的是維爾卡班巴還是馬丘比丘，但他的大作還是一路暢銷，引起轟動。人們理所當然地認為他是發現馬丘比丘的第一人。
但在2002年的時候，另一位長期研究印加文明和庫斯科遺址的學者西蒙·韋伯聲稱最早發現馬丘比丘的另有其人，他在城中某處岩石上發現了幾個簽名，“Enrique Palma，Gabino Sánchez”和“Agustín Lizárraga”，簽名的時間是在1901年7月14日。這可能是幾個秘魯的當地人，無意中在遊玩時發現了古城，韋伯由此認為賓海姆為了搶頭功掩蓋了當時的事實。但這種爭論其實是沒有必要的，即使有人先賓海姆一步來到馬丘比丘，但是並沒有留下任何有關的記述或研究成果，人們還是通過賓海姆的著作才開始了解這座古城，真正的發現者應該說是他。拯救“空中花園”
1981年秘魯政府將馬丘比丘古城遺址及其附近地區約326平方千米劃為“曆史保護區”。這裏的自然生態環境也是別具一格的，矗立的山峰和深邃的峽穀，以及漫山遍野的蘭花，都與神聖的古城建築一起成為人們旅遊觀光的重要內容。當純白的蘭花開滿古城的街頭巷尾時，人們感慨地說這才是真正的“空中花園”，於是馬丘比丘又多了一個新的外號。前來朝聖或觀光的旅客絡繹不絕，據說每年都有大約6萬名朝聖者沿著傳說中的印加古道，從庫斯科徒步趕來禮神，那大概需要三天三夜的艱難跋涉，所過之處皆是崇山峻嶺。2003年秘魯政府公布的數字顯示，僅此一年中馬丘比丘的遊客即達40萬人次。繁榮的旅遊事業帶來了可觀的經濟收益，馬丘比丘每年帶給秘魯政府的是至少310萬英鎊的財政收入。但是聯合國教科文組織對大規模旅遊帶來的對遺址的嚴重損壞表示擔憂。大量的遊人踩踏造成了對馬丘比丘古建築的破壞，公共旅遊車和私家車所排放的汙染性氣體也影響了周圍一帶的環境，並對古建築造成了很大程度的腐蝕。同時，隨著旅遊業的興旺，周邊的城鎮開發造成的商業喧囂已經使馬丘比丘不像是一座懷古城市，更像是一座商業集鎮了，到處充斥著各種食品和紀念品的叫賣聲。
而最嚴重的還是，由於周圍植被的破壞，在雨季雨水泛濫的季節，馬丘比丘麵臨著致命的山體滑坡危險。這已經在其附近的一座叫做阿瓜卡連特（意為“熱水”）的小鎮發生過一次，並且造成了十幾人死亡。並且馬丘比丘所在瓦納比丘山體的裂縫也越來越嚴重，這都使得馬丘比丘隨時可能毀於一旦。地質學家在馬丘比丘及其周圍地區共發現了7處地質缺陷，根本原因即在於地層鬆動和斷裂，隨著越來越多的遊人踩踏，馬丘比丘也麵臨著緩慢移動、下陷和坍塌的危險。聯合國教科文組織對秘魯政府提出了嚴重警告，如果不盡快設法解決這些問題，馬丘比丘將被開除出《世界遺產名錄》。