（三）對立麵的同一
赫拉克利特哲學的另一顯著特色是其豐富的樸素辯證法思想。在他之前，米利都學派已經提出了蘊含於本原之中的兩種對立力量（如冷和熱、凝聚與疏散等）是化生萬物的根源，畢達戈拉斯學派也研究了各種對立的範疇，但是真正認識到對立麵之間的鬥爭和統一是運動變化的根源，還是赫拉克利特的貢獻。他不僅強調火的生生不息，肯定一切皆流，無物常住，聲稱人不能兩次踏入同一條河流，堅持運動的客觀性和普遍性，而且從大量的現象中，概括出對立麵之間的同一，並覺察到運動變化的根源在於鬥爭。體現這方麵思想的殘篇有很多，例如“相反的力量造成和諧，就象弓與琴一樣”、“生與死、醒與睡、少與老是同一的”、“向上的路和向下的路是同一條”、“必須知道，戰爭是普遍的，正義就是鬥爭，萬物都按照鬥爭和必然性而生成”等等。
顯然，在當時社會曆史背景的影響之下，赫拉克利特在對立麵的鬥爭與統一之間更強調鬥爭的作用。他說：“戰爭是萬物之父，亦是萬物之王。它證明這一些是神，另一些是人；它也讓一些人成為奴隸，一些人成為自由人。”不過，很可能是受希臘民族古老信念的影響，他最終還是將和諧和統一看作運動變化的歸宿，即把變化的總體理解為循環和平衡。例如他認為世界的變化周期或“大年”由一萬零八百年組成，時間一到，整個宇宙都將被火所焚毀，然後再重新開始……這樣的過程周而複始，循環往複。
當然，赫拉克利特的辯證法思想畢竟是樸素的、直觀的和單純論斷性的，還沒有上升到自覺的概念的高度。不僅如此，從總體上看，他的思想亦具有相對主義因素和循環論的色彩，這就為他的弟子克拉底魯對其思想的片麵發揮留下了餘地，據說克拉底魯宣稱“人一次也不能踏入同一條河流”。另外，就“人不能兩次踏入同一條河流”這一命題而論，赫拉克利特似乎主要關注的是河流的變化，然而實際上踏入流動的河流的人也一樣處在運動變化之中，而這正是後來智者的思路。
（四）自然慣於掩蓋自己
赫拉克利特不僅主要討論了事物的來源、存在依據和存在方式等問題，而且在西方哲學史上第一次涉及到了認識論的問題。
一方麵，他充分肯定了通過感官得到認識的必要性，宣稱熱愛智慧的人必須熟悉很多的事物，因而他更為喜歡那些可以看見、可以聽見和可以學習的東西；但是另一方麵他又強調說，自然慣於掩蓋自己，本性隱於深處，邏各斯是看不見摸不著的，所以“假如人們的靈魂可飄浮的話，那麼眼睛和耳朵就是最壞的見證”。所以，他主張要正確理解感覺和語言材料，把握自然或本性，即他所說的邏各斯。
赫拉克利特對後世的影響主要體現在他的樸素辯證法思想之中，他將米利都學派關於本原的無定形性質的思想發揮到了極致，合乎邏輯地得出了“一切皆流，無物常住”的結論。就此而言，火作為萬物的本原，或許更多地是以其富於變化的特點而具有象征性的意義。不過另一方麵他也認識到，由於自然萬物始終處在運動變化之中，因而真正不變的東西唯有變化本身，但是變化亦是有規律可尋的（邏各斯），這就為關於自然的認識提供了根據。然而，由於自然慣於掩蓋自己，所以在如何使人們認識邏各斯的問題上，赫拉克利特似乎沒有多大的把握，這就使他的辯證法思想潛藏著相對主義和懷疑論的因素。
赫拉克利特的哲學在希臘哲學發展史上具有重要的地位和影響。他對邏各斯和運動絕對性的強調，對認識論的探討，從正反兩方麵深深地影響了巴門尼德、柏拉圖等人；他的火與邏各斯學說直接為斯多亞學派所繼承和發揮；黑格爾則根據他的豐富的辯證法思想而稱之為辯證法的奠基人。黑格爾曾經不無誇張地說：“沒有一個赫拉克利特的思想，我沒有納入我的邏輯學中。”