“臣自勤王以來，雖然日夜奔波於畿輔與山東，無暇多探聽餘賊情況，但有的塘報，臣亦見到。以愚臣看來，倘若逆闖確實漏網，可憂者不在崤函山中，而在商洛山中。那一股進擾潼關與焚燒靈寶城關的殘寇隻是假借闖賊旗號，決非闖賊本人。倘若官軍舍商洛而不顧，厚集兵力於崤函山中，恐怕上當不淺。”
“你怎麼知道在崤函山中的不是闖賊本人？”
“闖賊倘若未死，定必潛伏起來，待機而動，決不會於殘敗之餘，養息尚且不暇，而膽敢打出逆賊大旗，故意惹動官軍追剿。”
“可是別的殘餘為什麼要打出逆賊旗號，惹動官軍追剿？”
“臣近來遠離剿賊軍中，不敢妄加推斷。但臣與逆賊周旋三年，深知逆賊狡計甚多，常常以虛為實，以實為虛。揆情奪理，在崤函山中打著闖賊旗號者決非闖賊本人。”
“胡說！這股逆賊神出鬼沒，連挫官軍。看其用兵詭詐情形，必為闖賊本人無疑。且有人親眼看見闖賊藍衣氈帽，騎烏駁馬立於大旗之下，更有何疑？”
“雖然如此，愚臣仍不敢信其為真。”
“地方奏報，證據確鑿，汝說不可憑信，豈非當麵欺哄君父，希圖逃避罪責？”
“臣束發受書，即以身許國。崇禎九年，蒙陛下付微臣以剿賊重任，臣無時不思竭盡犬馬之力，以報聖上知遇之恩，何敢麵欺君父？”
“汝身負剿賊重任，竟使全數渠賊漏網，尚不認罪，一味狡辯，實在可惡。汝既知報朕知遇之恩，何不將逆賊拿獲，而遺君父西顧之憂？”
“倘非連奉詔書，星夜勤王，臣定然四處搜索，不使一賊漏網。”
“胡說！替我拿下！”
登時有兩個錦衣力士把孫傳庭從地上拖起，褫去衣冠，推了出去。洪承疇趕快跪下，連連叩頭說：
“陛下！孫傳庭雖然有罪，懇陛下念他數年剿賊，不無微勞。雖奏報有欺飾之處，但闖逆在潼關全股瓦解，亦係的情，並無虛誇，懇陛下……”
崇禎不等他把話說完，冷笑一下，說：“卿不用替他求情。卿身任總督，親臨潼關督戰，竟使元凶漏網，論法也不能辭其責。但朕念你功大過小，不予深究，反將東邊重任交卿去辦。望卿今後實心任事，不要像孫傳庭一樣，辜負朕之厚望。”
洪承疇又叩頭說：“微臣受命剿賊，未能鏟除逆氛，克竟全功，致闖賊目前死灰複燃，實在罪該萬死。皇上不惟免予重譴，又使臣督師薊、遼，拱衛神京。如此天恩高厚，使微臣常為之感激涕零，敢不粉身碎骨，以報陛下！然目前正當國家用人之際，孫傳庭素嫻韜略，亦習戰陣，於疆吏中尚屬有用之材。伏乞聖上暫緩嚴罰，使其戴罪圖功，不惟孫傳庭將畏威懷德，力贖前愆，即三軍將士亦必聞而感奮。”說畢，叩頭不止。
崇禎雖然很氣孫傳庭沒有將李自成等擒斬，但也知道他是個有用之材。聽了洪承疇的話，他沉默片刻，說道：
“好吧，姑準卿奏，饒了他這一次。起去吧。”等洪承疇謝恩起去，崇禎向旁瞟一眼，吩咐說：“叫孫傳庭回來！”
過了片刻，孫傳庭又穿好衣冠，被太監帶進來，重新在離開禦案大約一丈遠的方磚地上跪下，身子俯得很低。崇禎望著他說：
“孫傳庭，朕姑念你平日尚肯實心任事，饒你這次作戰不力之罪，仍著你總督河北、山東軍務，以觀後效。”
孫傳庭叩頭謝恩，仍然伏地不起。
“下去吧。”崇禎輕聲說。
孫傳庭又叩了頭，爬起來低著頭退了出去。盡管他的身體十分結實，年紀隻有四十七歲，但當他步下丹墀時，卻像老人一樣，腳步不穩，幾乎跌了一跤；回到公館，覺得耳朵裏嗡嗡響著，家人同他說話也聽不清楚。他不吃午飯，獨坐書房發悶，看看昨夜在朝笏上寫的那些小字，歎了口氣。
由於精神上受的打擊太大，孫傳庭回到保定駐節地，耳朵竟然聾了，請求辭官回籍。崇禎不信，命保定巡撫楊一俊就近察看真偽，據實奏聞。楊一俊回奏說孫傳庭耳聾是真。崇禎大怒，說他們朋比為奸，派錦衣旗校將兩人一起逮捕進京，下到獄中。滿朝人都知道孫傳庭因耳聾下獄冤枉，卻無人敢替他上疏申救。