四月中旬以後，朝廷得到確實消息，知道李自成從潼關南原突圍後就潛伏在商洛叢山中，在豫西活動的隻是高桂英和劉芳亮一支人馬。雖然事實證明了孫傳庭的推測是對的，但崇禎並不釋放他，因為一則崇禎是個剛愎成性、從不承認錯誤的人，二則他很恨孫傳庭不曾將李自成和所有重要的農民軍領袖捕獲或陣斬。自從知道李自成在商洛山中的活動情況後，他對國事更加憂愁，常常夜不成寐，脾氣也變得更加暴躁。
五月下旬，又是崇禎的一個不眠之夜。
二更過後，乾清宮院中靜悄悄的，隻有崇禎和值夜班的太監、宮女們還沒有睡。整個紫禁城也是靜悄悄的，隻是每隔一會兒從東西長街傳過來打更的銅鈴聲。崇禎在西暖閣省閱文書，時常對燈光凝神愁思。一個宮女輕腳輕手地走到他身旁，跪下說道：
“啟奏皇爺，夜深啦，請聖駕安歇吧。”
崇禎好像沒聽見。過了一陣，宮女又說了一遍。他仍然沒有抬頭，一邊拿著朱筆在一封奏疏上批旨，一邊小聲說：“知道了。”他在奏疏上的批語也是這同樣的三個字，好像他不是在回答宮女，而是在無意中念出來他的批語。又過了一陣，甜食房的太監送來一碗燕窩湯，由宮女捧到他麵前。他打個哈欠，揉揉眼睛，把燕窩湯吃下去，隨即離開禦案，走出乾清宮大殿。他在丹墀上漫步片刻，然後抬頭仰視天象。天上一片蔚藍，下弦月移近正南，星光燦爛，並無纖雲。他讀過靈台藏的秘抄本《觀象玩占》和《流星撮要》等書，還看過刻本《天官星曆》，所以能認出不少星星。他先找到紫微垣十五星，隨後找到代表帝座的紫微星。大概是由於心理作用，他覺得紫微星有些發暗，而天一星的茫角很大，閃閃動搖。據那些書上說，這是天下兵亂的征象。看過星星，他心頭更加沉重，深深地歎一口氣。
恰好一個刻漏房的太監抱著時辰牌走來，崇禎便問道：
“什麼時辰了？”
太監躬身回奏：“已經交子時了，皇爺。”
崇禎因為再有兩個多時辰就得上早朝，早朝後還得帶著皇後和田、袁二妃去南宮燒香，便決意趕快就寢。他走到乾清宮大殿背後披簷下的養德齋，在宮女的服侍下脫了衣服，上了禦榻。可是過了一陣，他忽然想到還有許多重要的文書沒有看，便重新披衣下床，吩咐一個宮女去把沒有看過的一遝文書都拿到養德齋來。當重新開始省閱文書時，他叫服侍他的宮女和太監都去休息。值班的宮女們便退到對麵的思政軒中坐地休息，不敢遠離；太監也隻留下兩個人，在養德齋的外間地上鋪了兩條厚褥子，上放貂囊，和衣睡在裏邊。
崇禎批閱一陣文書，眼睛漸漸地矇矓起來。他在夢中看見鄭崇儉來的奏捷文書，十分高興；又看見熊文燦的一封奏疏，是關於張獻忠的，但奇怪，他總是看不明白。他把這封奏疏扔到案上，生氣地說：
“糊塗，張獻忠是不是真心受撫？”
窗上已經現出微弱的青色曙光。從紫禁城外傳過來隱約的斷續雞啼。一個太監乍然驚醒，趕快從貂囊中爬出來，躡腳躡手地去把珠簾揭開一點兒，向裏邊悄悄窺探，看見皇上俯在禦案上輕輕打鼾，手中的象管朱筆落在一封文書上。他進去小心地把朱筆拾起來放在珊瑚筆架上，小聲細氣地叫道：
“皇爺，請到禦榻上休息！”
崇禎睜開眼睛，望望西洋自鳴鍾，看見快到他平日起床拜天的時候，便吩咐傳都人侍候梳洗。太監又躬身奏道：
“皇爺，你又是通宵未眠，還是請聖駕到禦榻上稍躺片刻吧！萬歲為國事這樣焦勞，常常廢寢忘餐，聖體如何能支持得了？請到禦榻上休息會兒吧！”
“不要囉嗦，快傳都人們侍候梳洗！”
梳洗罷，穿戴整齊，崇禎按照每日慣例到乾清宮大殿的前邊拜天，然後，傳免了皇後、妃嬪、太子和皇女們的請安，匆匆地吃了尚膳監送來的素點，便乘輦前去上朝，正式開始了一天的忙碌而煩惱的皇帝生活。
每次上朝，總是聽到一些不順心和難以解決的問題，使他退朝後更加煩悶。今天上朝時，戶部臣詳細麵奏，各處官軍欠餉情形很嚴重，每日催餉的文書不斷飛來，急如星火，可是國庫如洗，沒法應付。另有幾個科、道官請求對遭清兵焚掠的畿輔和山東各州、縣趕快賑濟，撫輯流亡。但軍餉尚且沒有著落，賑濟款從何談起！不到巳時，崇禎就懷著十分沉重的心情退朝。
為著今天要去南宮燒香，他三天來就素食齋戒。現在下朝回來，一麵傳旨皇後和田、袁二妃來乾清宮，一麵又一次渾身沐浴。後妃們一來到，他就帶著她們乘輦出了東華門。除司禮監掌印太監王德化和一大群太監、宮女簇擁外，沒有任何儀仗，盡可能不讓外邊的臣工知道。