這一天的事情過去了。高夫人將李來亨叫到麵前，問道：“這些人出去後，看來胡兵馬上就要進攻了，你打算如何對敵？”李來亨說：“請奶奶放心，這九蓮坪要守到最後一個人。”高夫人說：“也不要想得太容易，要隨時想著困難，想著意外的變故。你可以在九蓮坪留下一些軍糧。還有些軍糧，一時用不上，從現在起就派人往山上運去。茅廬山也不能久守，我們能守多久就守多久，守一日就要殺死許多敵人。你準備搬運糧食吧，我同你忠嬸娘回山上去了。”李來亨說：“孫子遵命。”高夫人最後又說了一句：“我不打算再下山了。我要讓敵人知道：攻上茅廬山是多麼不容易！”清兵知道明軍還有一些糧食，士氣也沒有完全衰敗，進攻九蓮坪，必然要遇到拚命抵抗，所以他們沒有馬上進攻。又過了幾天，到了八月中旬，估計明軍的糧食差不多吃完了，才開始大舉進攻。
九蓮坪前邊麵對清兵主攻的道路，有一道關口，地勢較高，明軍在那裏修有炮台、箭樓，挖了壕溝，設置了鹿角。清軍攻占這個關口，費了很大力氣。雙方都使用了炮火，大炮的聲音震動了大地，在群山中發出回聲。可是清軍的大炮多，人也吃得飽，又是步步為營，士氣很高，所以兩三天後差不多把李來亨的大炮、炮台都擊毀了。
在炮戰的暫時間歇中，夾著白刃交鋒。清軍仗著人多，向關口蜂擁而來。有兩次當清兵攻到幾十步以內的時候，明軍的大炮突然又響起來，清軍大批倒下。可是明軍的火藥漸漸少了，大炮也終於完全被炸毀。於是白刃戰代替了炮戰。
李來亨的將士們都處於半饑餓狀態。九蓮坪中所有的馬匹、耕牛、驢子都殺了，糧食也已吃完。盡管如此，他們的士氣並不低落。每個人如今並不是為著奪取勝利而戰，而隻是抱著死一個人要換上十幾個人的念頭，拚死決戰。他們互相鼓舞，戰鬥力始終很強。清兵幾次進攻關口，他們都憑借著箭樓猛烈地射箭，婦女兒童也在一旁投擲石塊。清兵盡管人多，還是一批一批地在鹿角和壕溝前麵死傷，退了下去。這樣，又經過整整一天的苦戰，清兵才終於將鹿角燒毀，將壕溝填平，大隊人馬衝上了高坡。就在坡上，展開了白刃交鋒，雙方麵死傷都很慘重。死屍和重傷的將士在高坡前麵堆積起來，清兵就踏著死屍和半死的人繼續進攻，守關的弟兄也憑借著屍體放箭、投擲石頭，將剛剛越過屍體的清兵殺死。雙方的將士繼續不斷地倒下去，熱血順著不平的山坡向下奔流。又經過兩天苦戰，清兵才仗著人多奪取了關口。
明軍退守寨樓。清軍也休息了一天，將疲憊不堪的將士撤下去，換上來生力軍，然後開始第二階段的進攻。清軍除主攻方向外，還派出許多人通過密林和艱險的道路從幾個方麵對九蓮坪大寨作牽製性的進攻。大寨被攻破了，可是寨裏邊處處都有戰鬥，兩萬多明軍，還有數千婦女老弱，很少有人投降。他們有的幾百人一群，有的幾十人一群，與清兵廝殺。
也有的單個逃進密林，或躲在石頭後麵，向清軍繼續放箭、投擲石塊。盡管他們已餓得沒有多少力氣，但在死亡之前都戰鬥得十分凶猛。
最後有兩支明軍退到兩個大院子裏，這兩處都有較堅固的圍牆和高大的房子，戰鬥又進行了一天多時間，兩座宅院先後被清兵用炮火攻破了。宅院裏的明軍全部戰死，而清兵也死傷許多人，他們幾乎不敢一個人走進屋裏去，害怕會從地上、從血泊中突然爬起來一個明軍同他們廝殺。
當整個九蓮坪大寨平定以後，清軍檢點俘虜，才發現抓到的人很少，而且大多數是身帶重傷的人。他們又去寨外的樹林中尋找，發現有許多婦女在樹林裏自縊死了。有一處懸崖，從崖上跳下去自盡的婦女就有幾十人。還有一些十來歲的男孩，也是戰鬥到最後，隨著母親、嫂子一起跳下崖去。這種不屈的精神連清兵將士見了也不由得十分吃驚，心生敬佩。
當九蓮坪被突破的時候，李來亨帶著少數將士退上茅廬山。因為上山的道路隻有一條，十分艱險，退去的人多了，一則路沒法走，二則山上的糧食也維持不了幾天。這情形將領們全都清楚。所以除李來亨本人和少數親兵親將外，大家都決心死在九蓮坪寨中，並不向山上退去。清兵在九蓮坪寨中沒有找到李來亨，知道他已經上了茅廬山。