尚在當雄的拉藏汗召集部下商議對策，一些官員認為應該立即退守拉薩，憑借堅固的堡壘和城牆死守待援。而大將頗羅鼐則指出：應當趁準噶爾軍現在人員物資眾多，行動緩慢之機，首先攻打他們，然後再據情況而定。派王子蘇爾紮駐守拉薩，汗王親自率軍在此駐紮。
那麼，進可攻，退可守了。
拉藏汗搖了搖頭，沒有聽從頗羅鼐的建議。
“其疾如風，其徐如林，侵略如火，不動如山，難知如陰，動如雷霆。”這就是被無數軍事家奉為經典的“六如真言”，兵家有雲，達“六如”者，戰必克，攻必取，無往不勝！而在“六如”之中，最後兩如要靠將領，前麵四如必須要靠小兵。
大策零頓多布做到了，他帳下的鐵騎也做到了，可是拉藏汗卻沒有做到。一念之差，喪師辱身。
此時的拉藏汗想的，是向康熙皇帝求救，他知道青海諸部的軍隊已經不可依靠，自己的援兵隻能來自清廷。
遠水不解近渴。
11月，準噶爾軍兵臨城下，將拉薩城圍得水泄不通。
頗羅鼐見大勢已去，再次勸諫拉藏汗遣出拉薩，前往青海，等待時機東山再起。而拉藏汗雖然也知道勝利無望，但卻拒絕逃走。
一千多年前的關雲長，也作出了這樣的決定。現在，作為英雄固始汗的子孫，拉藏汗保持了最後的尊嚴。大丈夫，死則死耳。
月底，大策零頓多布指揮全軍攻城，拉藏汗的部分官員早已與準噶爾軍暗通，不時在拉薩城牆上放下梯子，北城門的守軍索性開門迎敵。一片混亂之中，拉薩陷落。
拉藏汗和部分隨從退入布達拉宮，這裏是黃教聖地，是曾祖固始汗開國建業的所在，但無論是佛祖還是祖先，都無法保護他了。麵對著如潮水般的軍隊，拉藏汗命所有隨從保護自己的兒子蘇爾紮突圍逃走，自己隻帶了一個名叫羅桑曲沛的護衛衝出東門。
準噶爾軍很快發現了主仆兩個，緊追而來。拉藏汗與隨從各盡平生之力，張弓搭箭，朝遠處之敵連連射擊，使他們不能近身，最後，筋疲力盡的拉藏汗和隨從一起，被追兵所殺。
攻陷了拉薩的準噶爾軍並沒有如他們所說的沒有惡意，這些黃教信徒立即對這座黃教聖城進行了瘋狂劫掠。布達拉宮及各大寺院的所藏的珍寶、書籍、藝術品幾乎被洗劫一空，拉薩城遭到了前所未有的破壞。猶如1204年，作為“扞衛上帝尊嚴之城”的君士坦丁堡被“彰顯上帝榮耀之軍”的十字軍攻破遭到野蠻破壞的翻版。法國曆史學家勒內·格魯塞在他的名著《草原帝國》中評價兩個事件的相似時，也用了無奈的口氣：
“準噶爾人，這些虔誠的喇嘛教徒，洗劫他們自己的宗教聖城，而以掠奪來的寶物去裝飾固爾紮的喇嘛寺廟，然而，中世紀基督教世界的威尼斯人在亞曆山大堡和君士坦丁堡的行為不也是如此嗎？”
對於拉藏汗的死，西藏的僧俗百姓應該是滿心歡喜的。但這種歡喜很快就被悔恨所代替——準噶爾軍的所作所為，讓他們大失所望。
而與策淩頓多布同時出發前往青海劫持格桑嘉措的那支小部隊因為清軍的警惕而未能成功，護送達賴喇嘛回藏的口號也成了謊言。
奏報傳北京的時候，拉藏汗已經死了，接到奏報，康熙皇帝反而展顏一笑，放下心來，他知道，對西藏用兵的時候到了，這次用兵，不但要一舉清除蒙古人在西藏盤踞多年的勢力，而且，還要在西藏改革地方政務，真正地將西藏的事務由清朝廷管理起來。
而此時，那個被供奉在青海塔爾寺的孩子，也已經漸漸長大了，康熙皇帝對他的成長非常滿意。他不僅學識好，而且性格謙和，格魯派的僧眾們時常驚異地發現，他的一舉一動，或是不經意間流露出的某種神情，像極了前世的達賴喇嘛。
很快，康熙皇帝任命皇十四子允禵為撫遠大將軍，遠征西藏。
皇十四子允禵，原名愛新覺羅·胤禎，傳說他出征時，跟天子一般，非常威武，“用正黃旗之纛，照依王纛式樣”。康熙為他舉行了隆重的歡送儀式，“出征之王、貝子、公等以下俱戎服，齊集太和殿前。其 不出征之王、貝勒、貝子、公並二品以上大臣等俱蟒服，齊集午門外。