八世紀中後期，蓮花生大師入藏，一路降妖伏魔，幫助赤鬆德讚修建了西藏第一座佛法僧三寶俱全的寺廟桑耶寺。在門巴族民間傳說中，桑耶寺建成後，蓮花生大師便沿河穀向南，翻越亞堆拉、雪香拉、俗坡達拉和波拉等大山南下門隅，至今在錯那和上門隅勒布一帶，還可以見到許多相傳是當年蓮花生大師傳教時留下的遺跡。
門隅是藏區通往印度和不丹的主要通道，而不丹是古門隅的一部分，在那裏也盛傳蓮花生傳教和降妖伏魔的故事，尤其在不丹東部的布姆塘一帶，留有諸多蓮花生活動的聖跡。蓮花生對門隅的影響力非常之巨，事實上，在門隅的佛堂廟宇中，供奉的主神均為蓮花生大師。
蓮花生後來還被寧瑪派這一西藏最為古老的佛教派別奉為開山始祖，而寧瑪派則是當地土著門巴族最為信奉的教派。
公元九世紀中前期，在佛教與西藏本土宗教苯教激烈的權力爭鬥中，吐蕃末代讚普朗達瑪被推上曆史的潮頭。朗達瑪上台後便焚經書，毀寺院，強令僧人改宗還俗，佛教在西藏腹心地區遭到毀滅性的打擊。
此間，佛教僧人大批逃亡，一部分逃往西藏東部，一部分逃往南部門隅。吐蕃王朝崩潰後的二百多年間，西藏腹心地區已難覓佛教蹤影，佛教僅在包括門隅在內的邊地得以保存和繼續傳播。
隨著封建農奴製在西藏的確立，西藏佛教進入了一個再度繁盛的時期，即所謂“後弘期”。薩迦派、寧瑪派、噶舉派、噶當派等佛教教派的出現，標誌著具有西藏特色的藏傳佛教的最終形成。藏傳佛教的寧瑪派、噶舉派和在噶當派基礎上改造而來的格魯派都相繼傳入了門隅地區。
寧瑪派是最早傳入門隅的一個佛教教派。如果把蓮花生作為寧瑪派的開山祖師，那麼早在吐蕃時代中期（公元八世紀）寧瑪派就在門隅有所傳播。然而，寧瑪派作為一個佛教教派出現卻是在後弘期。因此，寧瑪派作為一個被認可的教派傳入門隅的時間，目前所見資料一致認為是在公元十一世紀左右。其時，寧瑪派活佛德爾頓·白瑪寧巴從主隅布姆塘來到門隅的降喀（在達旺附近）傳教，得到了當地頭人的支持。其後，烏金桑布（白瑪寧巴胞弟）也來到門隅，與當地土王楚卡爾娃之女多吉宗巴成婚。烏金桑布在降喀的索旺一帶建了烏堅林、桑吉林和措吉林三座寧瑪派寺廟，此地因此被稱為“拉俄域鬆”，意為三神地。他還在原噶拉旺波土王宮所在地滿紮崗為門巴信徒授以“馬頭金剛灌頂”，當地百姓紛紛接受教化，皈依佛法，地名也由滿紮崗改為達旺。此後，烏金桑布在拉俄域鬆群眾和白林施主的幫助下，在灌頂的地方建立了達旺寺。烏金桑布終其一生在門隅傳教，最後逝世於烏堅林。他的後代一直在達旺一帶傳教和執掌宗教事務。
藏傳佛教噶舉派傳入門隅當在十二世紀。噶舉派支係眾多，素有四大八小之分。據藏文曆史文獻《青史》載，1146年前後，噶瑪噶舉派僧人都鬆欽巴曾到門隅遊曆傳教，他到過門隅的夏霧達郭地方，並作了門隅土王卡通的供奉上師。
對門隅影響較大的是噶舉派帕竹噶舉的主巴噶舉支係。主巴噶舉中的下主巴創始人為洛熱巴旺秋尊追，他曾到主隅布姆塘地方建立了塔爾巴林寺，傳播噶舉派教法。主巴噶舉派勢力一直很強，在主隅占有重要地位。公元十七世紀初，阿旺南傑從西藏來到主隅，整合了互不統屬的噶舉派力量，形成了“南主巴”新的支係，並掌握了不丹的政教權力。主隅屬古門隅的一部分，主隅的噶舉派勢力必然對門巴族的宗教信仰產生一定的影響。
藏傳佛教格魯派是最後興起的一個教派，創始於十五世紀初葉，到十六世紀中期便形成一個勢力強大的宗教集團。十七世紀中葉，更成為西藏社會占統治地位的政教勢力。當時五世達賴喇嘛派門巴族喇嘛梅惹·洛珠嘉措到門隅傳教，1680年，梅惹喇嘛將寧瑪派寺廟達旺寺改屬格魯派，並對寺廟進行了擴建，名為甘丹朗傑拉孜寺，成為格魯派在門隅地區最大也是最重要的寺院。
在曆史傳說中，門巴族人身上披著一層神秘恐怖的外衣，因為在這個部落中存在著一個非常古怪的傳統，就是給別人下毒。