他給一些新的寺院主持開光儀式，並進行各類寺院和僧侶的大普查，他製定了財政製度，頒布了藏族自己的民族服裝，他為整頓僧俗紀律巡視各地……羅桑嘉措自知將不久於人世，無奈還有許多未了的心願，於是，羅桑嘉措把桑傑嘉措叫到床邊，交代了三件事：
第一，布達拉宮還沒有建成，要時時叮囑工人，繼續努力，把布達拉宮建好。
第二，就是蒙古人，也就是和碩特部，和碩特部一直在插手西藏的事務，要限製他們在西藏的權力，削弱蒙古人在西藏的勢力。其實這件事兒羅桑嘉措也沒少費心，可畢竟這不是朝夕之功，所以還得由接班人繼續完成。
第三，當年羅桑嘉措轉世而來的時候，受到了百般阻撓，差點兒坐不上這喇嘛的位子，現在，他的轉世靈童也一定會遇到這樣的情況，所以羅桑嘉措叮囑桑傑嘉措，不要讓小靈童過早和外人接觸，孩子太小，容易被人控製，最好先把他培養長大成人，等到長大了，就不怕被人利用了。
這幾件事都要桑傑嘉措幫忙完成，但是桑傑嘉措還太年輕，一旦蒙古人聽到羅桑嘉措去世的消息，一定會蠢蠢欲動。所以羅桑嘉措叫桑傑嘉措隱匿自己去世的消息，秘不發喪，以自己的名義做事，這樣 就會方便很多。等到將來轉世靈童長大了，可以繼承大業的時候再公布於眾。
五世達賴喇嘛羅桑嘉措圓寂了，他留下來的話如皇帝的遺詔一樣。
它的核心內容，就在於清除蒙古人在西藏的勢力。而要清除蒙古政治勢力，首先要找到五世達賴喇嘛的轉世靈童，將他培養成一位佛學精湛，意誌堅定的活佛。
年輕的桑傑嘉措承擔了達賴的重托，就全身心地投入。也許是他明白五世達賴喇嘛打下這份基業的不易；也許是在與達賴的長談中，堅定了決不讓西藏政權旁落的決心；也許是為了感念五世達賴喇嘛的知遇之恩。既然接下了這副擔子，就一定要挑起來。
桑傑嘉措對外宣稱，五世達賴喇嘛身體不好，而且，他正在閉關修行，凡是政教要務，都由自己代理。其他人不明就裏，還真信以為真了，因為喇嘛閉關修行是很正常的，時間長短也沒有定數。暗地裏，桑傑嘉措派出心腹，去尋找轉世靈童。
那麼，這位轉世靈童，他在哪裏呢？
尋訪轉世靈童是非常嚴格的，要經過辨別預兆、神諭啟示、觀巡聖湖、尋訪靈童、辨認遺物這幾大步驟。
辨別預兆，就是在活佛圓寂的時候會出現一些預兆，甚至會天生異象。因此，在尋訪過程中，尋訪者要向被尋訪者的家屬和周圍的人們詢問靈童出生前後所出現的各種預兆。自然，活佛圓寂之前會將一些內心所想的細節透露給隨侍或者心腹。而在活佛圓寂之後，他們的身體會呈現某種姿勢，這便是轉生方向的暗示。這是一個很神秘又很神聖的啟示，容不得別人有半點的懷疑和玷汙。
神諭啟示，說的就是神諭能預卜人間世事，因此在活佛圓寂之前都要請來最有威望的神諭前來占卜。而且要占卜好多次，其中乃窮神諭的占卜驗證是最重要的。他會算出達賴喇嘛轉世靈童所在的方位，而且還會描述靈童誕生地周邊的具體特征。
觀巡聖湖，是一個很神秘的儀式，在西藏，人們都很信仰聖湖，而且西藏也的確有很多聖湖。西藏山南地區加查縣有一湖，名拉莫拉 錯，被認為是神湖，通過虔誠的祈禱，湖中會顯現一些景象，這些景象會顯示出靈童出生的具體地方。至於怎麼從聖湖中觀察到轉世靈童的情況，我們這些凡人不知道，可能隻有那些佛法高深，洞悉一切的高僧或者占卜師才能看出來。不管怎麼說，觀巡聖湖也是尋找轉世靈童最重要也是最神秘的線索之一。
尋訪靈童，顧名思義，就是要出去尋找靈童，按照占卜的卦象和聖湖中顯現的影像，找到轉世靈童出世的地方。
辨認遺物，是最後的一個步驟，因為一般來說，活佛圓寂之時降生的孩子不止一個，被尋訪到的靈童也不止一個。所以辨認遺物是非常重要的，也是必不可少的。靈童需要從真假遺物中辨認出前世活佛使用過的東西，比如手鈴、小鼓、念珠等。但也會出現多個靈童通過考驗的情形，鑒於這個，乾隆皇帝發明了一個法子，叫做金瓶掣簽製度。
元代以後，教派首領或者大活佛，大都得到過中央的封號和印信，以後，請封、襲封便成為一種製度。那時候，能得到朝廷的冊封是一件最光榮不過的事情。公元1792年，清乾隆五十七年的時候，為了排除尋找靈童時可能發生的弊端，完善靈童確認的程序，中央製定了金瓶掣簽製度。