接下來，皇太極駕崩，順治皇帝即位。他因循皇太極的政策，再次召請五世達賴和四世班禪進京。
此時的羅桑嘉措，已不是當初那個涉世未深的少年，他現在老謀深算，城府頗深。他知道獲得新王朝的扶持的重要性，也看到了清朝的強大；但他也知道清廷急於安撫穩定西藏地區對於清廷徹底完成統一大業的重要，於是為了保持自己的威嚴，並沒有急於回應順治皇帝。
就這樣一直拖了下去，順治皇帝再三要求，羅桑嘉措感覺時機到了，於是和四世班禪洛桑卻吉堅讚商洽，終於在1652年，在與當時擔任西藏攝政大臣第巴一職的索朗繞登討論之後定下了入京方案。
可惜當時的四世班禪年事已高，已經臥榻不起，隻好由羅桑嘉措獨自率領一個約三千人的龐大使團離開西藏踏上了入京之路。
順治皇帝得知此消息之後大喜，並當即決定羅桑嘉措使團此行的所有費用均由國庫撥付。直到當年十二月十六日，羅桑嘉措一行人方才抵達了盛京。
順治皇帝在安定門外為他專門建造了黃寺供其居住，飲食起居一應供給周到。羅桑嘉措在北京停留了兩個月後，以自己和從人水土不服染病為由，向順治皇帝提出返回西藏。
在羅桑嘉措一行人行至內蒙古且未離開代噶地方之前，順治皇帝派人趕赴代噶地方，頒給了羅桑嘉措一枚有滿漢蒙藏四種文字的金冊金印，且正式冊封羅桑嘉措為“西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇旦喇達賴喇嘛”。自此，“達賴喇嘛”的封號被正式確定下來。此後，曆世達賴都必須經過“中央政府”冊封遂成定製。待羅桑嘉措抵藏之後，他用清政府所贈銀兩建造了十三座寺院，也漸漸規範了格魯派的各種禮儀製度。
傳說，當年五世達賴喇嘛羅桑嘉措進京覲見順治皇帝，返藏時途經青海湖，夜宿沙陀之地，由於長途跋涉，人困馬乏，又缺少飲用淡水，正在束手無策之際，達賴的隨從在南坡叢草亂石之間覓得了一泓 清泉。五世達賴喇嘛一行人離開之際，便在這裏舉行了隆重的轉山轉海儀式。從此，沙陀寺便成為宗教聖地，每年都會吸引無數信徒到此參拜。
羅桑嘉措是個很出色的外交家，他不亢不卑，遊刃有餘地拿下了順治皇帝。這使甘丹頗章政權獲得了清政府的援持，也促進了其政權的鞏固。在布達拉宮的司西平措大殿裏一套記載著五世達賴喇嘛羅桑嘉措一生活動的唐卡中，便有一幀紀念順治皇帝與羅桑嘉措會晤場麵的圖景。
五世達賴喇嘛羅桑嘉措擁有強大的個人意誌和卓絕的才能智慧。
他為發揚光大格魯派、建立甘丹頗章政權不遺餘力耗盡畢生所有精力。
他在世時，在西藏地區格魯派寺院已經發展到三千四百七十七座，格魯派僧侶人數亦已超過三十萬人。
晚年的羅桑嘉措，一切政事交由第巴桑吉嘉措主持，他潛心著述，撰成作品30多卷。其中以《西藏王臣記》、《相性新釋》、《菩提道次第論講義》、《引導大悲次第論》等最為著名。
而他所有的論著在藏傳佛教界裏流傳甚廣，並且大多被公認為佛教經典。因此，在西藏宗教文化史上，羅桑嘉措享有極高的聲望。
而最具影響力的，是《西藏王臣記》。《西藏王臣記》既是曆史名著，也是文學作品。全書主要篇幅記述吐蕃王朝崩潰到五世達賴執掌政教大權為止近400年間的重要史實。這一時期錯綜複雜的政治糾葛、軍事攻伐，在書中都有極為生動的描繪。全書采用散韻結合的文體，散文部分敘述曆史事件的來龍去脈，詩歌部分抒發作者的思想感情，講究修辭，頗具文采。
300年來，一直為人們所重視，是藏族重要的文化遺產之一。
五世達賴喇嘛阿旺·羅桑嘉措，無疑是藏傳佛教史上功勳顯赫的活佛，是西藏最有影響的政教領袖之一。如果放在在今天，他就是美國時代周刊影響世界的一百位名人之一。
然而，這樣一位人物去世的1682年，當時的西藏，卻是非常普通，非常平靜——因為，他去世的消息，隻有少數幾個人知道。
對外封鎖消息的是掌握西藏地方政權的第巴桑傑嘉措。
第巴是西藏的政務執行官，主持西藏朝政。桑傑嘉措是羅桑嘉措一手培養起來的接班人。
此時的羅桑嘉措，已經不能走動，自從他藏曆鐵雞年九月六日病倒之後，就再也不能下床了。烈士暮年，壯心不已。可惜好多事情他已無能為力，以後時局的發展，恍若一團迷霧。
人老多情，在病榻上躺著的羅桑嘉措，常常不由自主地回憶起了往事。自己所做的一切仿佛都曆曆在目：
他下令大加擴建布達拉宮，讓布達拉宮的規模前所未有的壯觀。
他鼓勵其他的教派都改信黃教，此時自己的教徒已經遍布天下。