1972年8月1日、2日，周恩來連續兩天在人民大會堂向回國述職大使和外事單位負責人發表長篇講話，係統闡述對國際形勢、內外政策、批林整風、政治與業務關係等重大問題的看法，講話貫穿了“要批透極左思潮”這一鮮明主題。他說：“極左思潮是有世界性的。中國也有極左思潮，在我們的鼻子下麵也有嘛，外交部也有，駐外使領館也有。”“實際上各單位的極左思潮都是林彪放縱起來的”，“就是空洞、極端，形式主義空喊無產階級政治掛帥，很抽象，這是違反毛澤東思想的”。“關於這個問題，如果我們不好好做工作，還要犯錯誤。極左思潮不批透，右傾又會起來”。“如果在駐外使領館現在還有人搞極左，就把他們調回來學習，不要妨礙我們的對外工作。”他明確指出：“運動就是要落實在政策和業務上。無產階級的政治掛帥掛在什麼地方呢？就是要掛在業務上。……如果真正考察一個幹部，說這個幹部運動好，但業務不好，說明還沒有落實。”“各部門應該把老幹部解放出來”。
周恩來的重要講話，十分清楚地表明他力主深入批判極左思潮（即周恩來多次使用“批透”一語）的意圖。為進一步啟發人們的認識，他反複強調極左仍是當前各項工作的首要危險，引導各條戰線批判極左思潮的鬥爭向縱深發展，而不是像前一階段那樣，一些單位反傾向鬥爭沒有突出批“左”重點，僅停留在一般水平上。
在推動各條戰線深入批判極左思潮的同時，周恩來還不畏險阻，親自從“文化大革命”的重災區教育、科技界入手，具體幫助廣大幹部和知識分子排除幹擾，解決思想認識，盡快恢複教育科技界的正常工作。
1972年7月14日，根據美籍科學家楊振寧的建議，周恩來當麵叮囑北京大學副校長周培源要認真清理教育科研工作中的極左思潮，提高基礎理論水平，把綜合大學的理科辦好，並強調：“有什麼障礙要拔除，有什麼釘子要拔掉。”
7月23日，周恩來又就周培源反映北大教師思想狀況的來信指示國務院科教組和中科院負責人：要以該信“作依據”，將此問題“在科教組和科學院好好議一下，並要認真實施，不要如浮雲一樣，過了就忘了。”
9月5日，周恩來在接見巴基斯坦總統科學顧問薩拉姆時，再次強調開展自然科學理論研究的重要性，指出：現在在理論方麵我們做得很差，不僅在原子能方麵，就是一般科學也是如此，一句話，許多經驗，沒有理論，忽視理論，這是我最不滿意的。幾天後，他又寫信給張文裕和朱光亞，對二機部某所十八位科學工作者來信中提到的發展高能物理研究的建議表示“很高興”，並提醒“這件事不能再延遲了”，“科學院必然把基礎科學和理論抓起來，同時又要把理論研究與科學實驗結合起來。”在抓緊基礎理論研究工作的同時，周恩來還提出了中學畢業生直接上大學的意見。
10月6日，根據周恩來一係列指示精神，周培源在《光明日報》上發表題為《對綜合大學理科教育革命的一些看法》一文，提出“工和理、應用和理論都必須受到重視，不能偏廢”；“要批判‘理論無用’的錯誤思想”，“充分認識到科學實驗和自然科學理論的重大意義”。這篇衝破江青集團設置的重重阻力的文章的發表，使得在“兩個估計”禁錮下備受壓抑的廣大知識分子受到極大鼓舞和啟發。
周培源的文章發表後，張春橋、姚文元等公然宣稱：“不管周培源來頭多大”，都要追查、反擊；“那些口口聲聲說要重視基礎理論的人，其實最不懂得馬克思主義”。他們在北大的一個親信直言不諱地供認：“他們要拔掉釘子，就是拔掉我們。”隨後，張、姚等還指使《文彙報》連續發表文章，對周培源的文章進行圍攻，把矛頭指向周恩來。
其間，人民日報社根據周恩來關於極左思潮要批透的講話精神，組織發表了一組批判無政府主義的文章。這是自林彪事件以來在黨報上首次集中批判極左思潮。姚文元看了這些文章後即提出：“當前要警惕的是右傾思潮抬頭”，“不能說什麼都是無政府主義，不要批到群眾頭上，不要混淆兩類矛盾”。江青更是露骨地說：這些文章“就是要在全國轉移鬥爭大方向。”江青一夥還一再查問文章的“背景”。在張春橋、姚文元的授意下，這年11月間，《文彙報》內部刊物《文彙情況》連續兩期登載批駁文章，江青集團借機在人民日報社大搞所謂“反右傾回潮”運動。這樣，在堅持批極左與反對批極左問題上，以周恩來為代表的黨內健康力量同江青集團之間的對立開始變得明朗化、公開化。