周恩來不分晝夜的勞頓，加上他對群眾組織的苦口婆心的批評和勸導，確使一些地區鐵路運輸部門的生產業務狀況有所改善。但是，由於指導“文化大革命”的錯誤理論沒有也不可能從根本上改變，其“左”的實踐也必然會惡性發展，乃至愈演愈烈，欲罷不能。這種情況，當然是周恩來的主觀願望所無法改變的。他能夠做到的，就是在某些方麵、在某些重要環節上，繼續起控製局勢和減少損失的作用。可以說，沒有周恩來的這些努力，整個工交生產情況還要壞得多。
三、限製奪權，保護幹部
從1966年冬天起，“文化大革命”開始“合法”進入工交、財貿、農業、科研等生產業務領域，“停產鬧革命”風行全國。就在這時，“安亭事件”的發生地上海又爆發了一件震撼華東、影響全國的大事：1967年1月初，《文彙報》、《解放日報》中的造反派相繼“奪權”，宣布“接管”報社。隨即，“工總司”等上海市造反派組織聯合召開“徹底打倒”中共上海市委大會，將原上海市的所有黨政大權統統“奪”下，取而代之。
對“一月奪權”的首要目標中共上海市委，周恩來一直是信任、肯定的。“紅衛兵運動”中，他曾幾次明確表示上海市委“是革命的”。“安亭事件”後，他仍設法維護上海市黨政領導的權威。但是，由於上海“一月奪權”符合“一個階級推翻一個階級”的“無產階級專政下繼續革命”的理論與實踐，因而得到毛澤東的肯定和支持。之後，全國各地紛紛效仿，山西、山東、貴州、黑龍江等省市的造反派也先後宣布“奪權”，原來省、市主要領導人被作為“走資本主義道路的當權派”打倒，原有的黨政機構多陷於癱瘓。
對這樣的形勢，周恩來是有自己的看法的。
首先，周恩來不讚成把各地區、各部門的所有黨政領導都視為“走資本主義道路的當權派”而打倒。他的這個觀點，也是在“紅衛兵運動”中多次闡明了的。為使這一觀點站住腳，周恩來在許多場合都著意強調建國十七年來黨領導下各個地區、各條戰線所取得的成績，認為這是主流，反對一概懷疑、一概否定。
其次，周恩來始終主張各地區、各部門所“奪”的是“領導文化大革命運動”之權，而不是黨、政、財、文等業務之權。或者說，他對所謂“全麵奪權”是有保留的。在這個問題上，周恩來的一些講話與江青等中央文革小組成員的講話存在明顯差別，甚至相悖。
再次，周恩來明確反對奪中央要害部門的領導權，強調國防、外交、公安、財政的業務大權屬中央，群眾組織不能奪。這是因為周恩來意識到“全麵奪權”的浪潮必然要衝到北京，影響國務院。後來事態的發展證明這種擔心是有道理的。
隨著“全麵奪權”迅速蔓延、深入，其災難性後果很快顯露出來：大批黨政領導幹部被群眾定性為本地區、本部門的“資產階級代表人物”而停職、“罷官”；各路“造反派”為爭權、搶權結成宿怨，以致彼此動武，釀成流血事件；由於各級黨政機構陷於癱瘓、半癱瘓狀態，造成業務指揮係統失靈，國民經濟首先是工業交通部門損失加劇，麵臨停滯威脅。
這時的黨中央，實際上已經很難控製急轉直下的形勢。為此，周恩來想方設法，采取措施，保證從上到下各級經濟指揮部門的存在與運作。2月下旬，首先成立了由他本人主持的國務院業務辦公會（對外用“國務院業務小組”、“國務院業務組”名義），成員有李富春、陳毅、李先念、譚震林、聶榮臻、謝富治、餘秋裏、穀牧等，在極端不利的條件下，努力維係中央一級經濟領導機構的運轉。之後，周恩來提出，無論如何要在3月份解決省級生產指揮部門，以便領導和推動“抓革命、促生產”。3月中旬，他又起草了中共中央、國務院、中央軍委電報稿，在全國推廣北京市懷柔縣成立“抓革命、促生產第一線指揮部”的經驗，要求迅速建立起縣級生產指揮機構。鑒於在“奪權”高潮中各級黨委和行政業務部門癱瘓、大批領導幹部受到衝擊而無法工作的情況，周恩來從這時起，親自主持製定中央及地方各係統、各部門的軍管方案，提出在軍管會領導下，成立起兩個班子，一個領導運動，一個負責生產業務。為了提高和維護倉促上陣的軍管會的權威，周恩來強調：無論如何，要樹立軍管威信，堅持軍管有效；不管哪一派，都要遵守軍管規定，不能允許派別組織的權力比軍管會的還大。