軍管的範圍，後來越來越擴展，以致國務院所屬的大多數經濟職能部門都相繼成立了軍管會或派駐了軍代表。這些軍隊幹部的派遣工作，是得到周恩來認可和批準的。讓他們參加業務部門的領導工作，是特定曆史條件下采取的一種臨時措施。因為在“全麵奪權”當中，國務院重要經濟部門的領導人都已被打倒或停止工作，出現無人負責的嚴重情況。一次，在談到國務院係統領導幹部的現狀時，周恩來難以掩飾心中的深深的憂慮，他說：“上海‘一月風暴’以後，差不多執行反動路線嚴重到走資派程度的這些人，都已‘靠邊站’了。現在42個單位，部長級幹部站出來工作的隻有90人，占總數280人中的32％。其中第一把手（部長、主任）隻有3人，其他統統‘靠邊站’了。”
1967年1月22日，由於江青、戚本禹的蓄意誣陷和煽惑，煤炭工業部部長張霖之在被造反派非法拘留、審訊長達40多天後，重傷致死。這一用血寫的事實，給周恩來以極大警醒和震撼，他異常激動地質問造反派：“這麼一位出生入死的老同誌，就這麼不明不白地死了，我怎麼交代啊！如果連一個部長的生命安全都沒有保障，國家還有什麼希望？那不真是無法無天了？”在場的穀牧等人清楚地看到：周總理是“眼含淚水，手持張霖之遍體傷痕的照片”講這番話的；“看著他那悲戚的麵容，聽著他那激憤的聲音，我們無不為之動容”。
年近七旬且每日都在苦撐危局的周恩來，十分清楚自己的責任。在勉力維持經濟運轉的同時，他必須利用自己有限的權力，全力保護作為黨和國家的寶貴財富的廣大老幹部。他相信，隻要自己在位一天，這些被打倒或“靠邊站”的老同誌的安全保障就多一天。
1月下旬，周恩來開始在許多場合批評造反派“打倒一切”的行徑，指出：不能認為帶“長”字的一概不要。那麼多部長、副部長都統統不要了嗎？不能，局長也不能。你們這樣下去會走到反麵。又說：上海一月奪權消息公布後，我們估計10天左右會出現連鎖反應。奪權不能看成到處都是“走資本主義道路的當權派”和“執行資產階級反動路線的頑固分子”。要統統都是，哪還有“一小撮”？還有什麼“區別對待”？毛澤東思想的出發點就是從實際出發，在毛主席領導下，在黨中央領導下，“長”字號都是鐵板一塊的“黑幫”？不會這樣嘛！
同年2月，出於對林彪、江青一夥倒行逆施的義憤，副總理譚震林、陳毅、李富春、李先念、聶榮臻以及餘秋裏、穀牧等在懷仁堂碰頭會（即由周恩來主持的商決中央黨政事務的會議）上，強烈批評“文化大革命”以來“懷疑一切”、“打倒一切”的極端作法，卻被林彪、江青等誣為“二月逆流”而遭到批判。譚震林、陳毅不久便被剝奪了參加中央會議的權利。