事實上，早在“文化大革命”發動之初，工交係統“革命”與生產的矛盾就已經存在了。1966年6月，劉少奇、鄧小平向毛澤東報送《中共中央、國務院關於工業交通企業和基本建設單位如何開展文化大革命運動的通知》稿，獲得批準。隨後又製定出關於上麵《通知》的《補充通知》，要求各級黨委在進行文化大革命的同時，采取各種措施，抓好工交生產。這兩個文件的主旨，是對工交企業的“文化大革命”進行必要的限製。盡管如此，“革命”對生產的衝擊已見端倪。7月中下旬，上海市工業生產中開始出現事故增多、產品質量下降、幹部放鬆生產業務工作等問題。
隨後發生的全國性的“大串連”活動更是給鐵路部門帶來了嚴峻的考驗。在紅衛兵“大串連”高峰時，周恩來每日都要仔細審看工交部門彙總上來的生報表，哪個鐵路局的貨運量減少了，哪個煤礦的產量降低了，哪種產品的原料供應不上了，他都親自過問、查詢，找有關領導研究解決問題的措施。他一再向國務院有關同誌講：“無論多麼困難，都要妥善處理好學生串連與生產建設的關係。首先，必須安排好維持生產建設所必需的貨運力量，然後，安排好客運計劃，在客運計劃中留有一定餘地以應付學生串連之需。總之，無論如何不能讓生產受到影響。”當時擔任鐵道部部長的呂正操（因被群眾批判已不能正常工作）為此感歎道：周總理這是在替我當鐵道部長啊！
就在鐵路交通秩序勉強維持之際，最大的工業城市上海發生了一起震動全國的產業工人臥軌攔車事件--“安亭事件”，造成滬寧全線客貨運輸中斷30多個小時的重大事故。在處理事件的過程中，中央文革小組副組長張春橋公然置中共中央以及華東局、中共上海市委的正確意見於不顧，擅自發表肯定“安亭事件”的言論，並簽字承認以王洪人組織“造反”、“串連”，工礦企業也和學校一樣，可以“停產鬧革命”的先河。
對“安亭事件”的做法，周恩來是不讚成的。這種做法，明顯違背了他在事件發生前有關“抓革命、促生產”的一係列言論和實際努力。事件發生後，周恩來多次批評類似的行動，竭力維護鐵路運輸的正常秩序。
11月16日，周恩來親與江蘇省委負責人通話，要求省委出麵做好攔車群眾的工作，放行被攔車輛。指出：“這關係到國家的信譽，關係到交通運輸，關係到勞動人民。”
28日，周恩來親筆修改以國務院名義發給滯留在四川廣漢（寶成線站名）的“成都工人造反團”電文：“請你們認真考慮：成千的工人同誌來北京請願，既不便於接待和會談，也會影響你們工廠的生產。如果另一方麵工人同誌也照樣來京，那將更影響生產。”
在“安亭事件”發生一個月之後，周恩來向參加工交座談會的成員及一些省、市負責人提出：必要的“條條”中央還要發幾個，並且一定要保證有效，如保障交通運輸、城鎮水電供應。因為這是廣大人民群眾的利益，關係到國計民生。你把火車停了，這不能叫“革命行動”。出現這樣的事，首先我們作自我批評，然後指出這種做法是錯誤的。否則，就沒有原則了。
12月13日，周恩來又就中共中央、國務院關於保證鐵路運輸正常秩序的通告（經周修改）致信陳伯達、江青：“碰頭會上根據一個月來各地攔車情況，起草了這一通告，現送上請中央文革小組加以討論，並提出小組的意見，以便確定報請主席、林彪同誌審批。附上一個月的工人攔車情況，請參閱。”
周恩來以“安亭事件”作為統計全國鐵路交通混亂的起點，正表明他對此的態度。同時，他采取先擺事實，再發通告的辦法，也是為了使中央文革小組在事實麵前無計可施。
1967年元旦，周恩來親自過問上海鐵路局的工作。當時擔任上海市委第一書記的陳丕顯回憶：（1966年）12月31日下午，北京傳來消息，中央決定要我出來工作，首先整頓鐵路秩序，總理將直接給我打電話。我立即抱病趕到上海北站解決交通問題。1月1日淩晨3時，我在北站鐵路公安分局聽到周總理的聲音：“丕顯同誌，你好嗎？中央決定要你出來工作，上海一定不能亂，南北鐵路交通一定不能斷！……”我問候了總理，並告我現已在鐵路局，正在做工作，力爭明天通車。在周總理的關懷下，上海鐵路終於在第二天通車了。