還在8月間，周恩來在談到工作組問題時，就多次提出，即便是犯了方針、路線的錯誤，也還要本著毛主席說的“懲前毖後，治病救人”的精神，指出其錯誤，幫助其改正。並說：在這個問題上，我自己和在中央工作的同誌的心情一樣，我代表他們，也代表我自己，向你們（指工作組所在單位群眾）道歉。同時，我應該向你們說清楚，這個問題已經在中央全會（即八屆十一中全會）上解決了。
基於這一認識，周恩來反對在工作組及其他問題上對領導幹部揪住不放，無限上綱，以至采取群眾“罷官”的做法。9月初，他主持的中央政治局常委碰頭會商議了《關於黨政軍高級幹部任免審批手續的暫行規定（草案）》的文件稿，實際上是設法對中央和地方的大批黨政軍高中級領導幹部進行保護。在這以後，不論是和群眾的談話，還是主持製定有關文件，周恩來都一直堅持對各級領導幹部不能由群眾組織來定性、“罷官”。
9月下旬，針對紅衛兵和其他一些人的提問，周恩來強調：“不能說犯了路線錯誤就是反革命，路線錯誤還是人民內部矛盾。我就犯過路線錯誤，但願意改正錯誤，跟毛主席學習。”“如果一個人在一個時候犯了一些修正主義觀點和傾向的錯誤，隻要他認識了，而又堅決改正，對這種人，黨還是采取治病救人的方針的。這樣的人，在各級領導機構中都有。”“現中央、國務院各部正副部長36人停職反省，將來也要一分為二，不是一棍子打死。即使是反黨性質的，也還有走得很遠的、有願意革命的。犯了路線錯誤，主觀上還認為自己是革命的，隻要願意改正錯誤，就不能算敵我問題。”
為了在全國開展對“資產階級反動路線”的批判，10月9日至28日，毛澤東在北京主持召開中共中央工作會議，進一步解決黨內高、中級幹部對“文化大革命”的認識問題。會上，陳伯達、林彪作主題發言，點名批判劉少奇和鄧小平，指責他們是“資產階級反動路線”的提出者和代表人，並鼓吹群眾運動“天然合理”。劉、鄧二人被迫再次檢討。
如果說，這一年8月召開的八屆十一中全會是把“文化大革命”推向高潮的第二個“大動作”（第一個“大動作”是同年5月召開的中共中央政治局擴大會議），那麼，10月中央工作會議則是第三個“大動作”。通過這次會議，把已在八屆十一中全會上“解決”了的劉少奇、鄧小平的問題，又在更大範圍裏重新提了出來，並且斷言：“兩條路線的鬥爭還在繼續，而且還會經過多次的反複。”
事情很明顯，批判“資產階級反動路線”帶來了一係列嚴重後果，首先是劉少奇問題正日趨明朗化、公開化。為此，周恩來十分關注社會上對劉少奇和王光美問題的反應。10月11日，他囑告原國務院副秘書長許明和公安部負責人，要他們分別派人察看北京幾條主要街道上有關王光美的大字報，並將標題和簡要內容抄回。12日，他又在清華紅衛兵於當日發出的“徹底批判王光美的右傾機會主義路線”大會“請帖”上作批（給陳伯達、康生、江青、張春橋等）：“我準備派人去錄音，帶回給王光美同誌，而不要她去參加會議”。
對劉少奇本人，周恩來這段時間內尤其注意和留心他在公開場合的露麵問題。在周恩來親自擔任“總指揮”的毛澤東連續8次接見紅衛兵的活動中，劉少奇、鄧小平以黨和國家主要領導人的身份，一次不落地參加了各次的接見活動。其中，國慶節那天，經過周恩來精心安排，劉少奇仍以國家元首身份出現在天安門城樓上，排名緊隨毛澤東、林彪之後。在11月間召開的孫中山一百周年紀念大會，因事先估計參加大會的紅衛兵可能要衝主席台和呼喊口號，周恩來曾考慮劉少奇、鄧小平可以“請假”不出席大會（後經過會前向紅衛兵做了大量細致的工作，同時采取了必要的保護措施，劉、鄧二人均出席了這次大會）。