在千方百計安排好來京紅衛兵的日常生活、組織好毛澤東一次次接見活動的同時，周恩來集中考慮的一個問題，就是如何向北京、向全國的紅衛兵進一步講解黨的各項政策。
鑒於北京紅衛兵“破四舊”中發生的種種情況，周恩來不難想象全國各地已經和即將要發生的各類問題。他這時的想法是，由黨中央下達一份有關紅衛兵的文件，以便對全國紅衛兵的行動加以指導、約束。在8月31日接見大會上，周恩來號召紅衛兵要向解放軍學習，遵守“三大紀律八項注意”，保護群眾利益，保衛國家財產，造成良好的社會主義的新風氣；並宣布了中央關於各地大中學生分期分批來京串連的決定。第二天，他又在首都大中學校紅衛兵代表座談會上提出：當前紅衛兵麵臨的兩大問題，一是組織起來，二是學習政策，為此，有必要搞一個紅衛兵的章程。
8月底9月初，周恩來親自起草了《有關紅衛兵的幾點意見（未定稿）》，共包括10條內容。《意見》強調：“目前最急迫的任務是組織起來，學習和掌握政策”，“不能各自為我，違反紀律”。針對已在全國掀起的紅衛兵大串連風潮，周恩來這樣寫道：“我們提醒你們，實行革命串連，要保障黨和國家的首腦部門、要害部門和宣傳工具……工作不受影響，安全不遭危害，機密不致外泄，檔案不致遺失，財產不受損失。要保證國家的專政工具正常行使職能。要保證交通運輸機構照常運行，不受阻擾。要保證黨和國家的對外關係和活動不受影響。”“我們還要提醒你們，同廠礦、科研機關和服務性行業實行革命串連，要保障廠礦的生產和基本建設不受影響，科研機關的科學實驗和中間性生產不致停頓，尖端技術的廠區不被闖入，尖端技術資料不受損失，服務醫療事業不致中斷。”《意見》還就紅衛兵的組織形式、鬥爭方法和策略等作出一些具體規定。
9月3日，周恩來主持中央政治局常委碰頭會（從8月下旬起，中央文革小組全體成員出席該碰頭會），討論《有關紅衛兵的幾點意見（未定稿）》。會上，陶鑄、陳毅、王任重等都明確表示讚同向紅衛兵講政策。而康生卻唱反調說：“十個問題，需不需要講？我看有代替的危險。”姚文元也話中有話地提出：“應該用階級分析講政策。”由於中央文革小組成員的反對，這個《意見》稿最終還是夭折了。
盡管難以黨中央和國務院的名義向紅衛兵頒布各種政策性規定了，周恩來仍沒有放棄對廣大青少年進行教育、勸導的責任。就在《意見》稿被否定後不久，他連續出席離京、在京和來京的三種類型的紅衛兵會議，針對實際情況和問題，耐心宣傳解釋黨的各項政策和國家法律。
9月10日，他向離京奔赴各地的首都紅衛兵提出：紅衛兵應是一支戰鬥隊、學習隊、宣傳隊。“戰鬥”指的是進行文鬥而不是武鬥；“學習”就是要作調查研究，要進行科學分析，要有冷靜的頭腦；“宣傳”就是講政策、講實際、講界限，不盲目行動，不強加於人。“因為你們還很年輕，你們的知識畢竟有限，你們知道的各方麵的情況和黨的政策是很不完全的。……你們會遇到許多不熟悉的事情，因此要堅持‘沒有調查，就沒有發言權’的原則。”“（對毛主席著作）單單學語錄是不夠的，還要看全文才能懂得毛主席如何根據當時中國的情況創造性地發展了馬列主義，才能看到文章的時代背景和偉大的前途，否則絕不是真正學懂了。”“當前無產階級文化大革命的重點是文教機關，而工廠、農村、服務性的行業應由那裏的幹部群眾自己進行文化大革命，你們可以去進行必要的革命串連，但不能像在學校裏一樣，衝進去，要到哪裏就到哪裏。我們是無產階級專政的國家，要有革命的秩序、建設的秩序。”“邊疆的省份，靠邊境的城市、集鎮和邊防點你們不要去。這些地方的每一個行動都關係到很多政策，如對外的政策、民族的政策等。那裏宗教信仰常常和民族問題結合在一起，人們有自己的風俗習慣，即使改變也需要時間。”“總之，你們要團結一切可以團結的人們，包括愛國的剝削階級知識分子、剝削階級家庭出身的其他人士，甚至剝削階級分子本身。”