9月下旬，周恩來和陶鑄聯名致信毛澤東、林彪，反映一些地區連續發生的紅衛兵違反政策的情況。關於上海問題，24日的信中通告：“最嚴重和急迫的就是他們要在明（二十五）日舉行帶一二百資本家遊街示眾，市委勸阻無效”。為此，中央決定給上海市委和北京赴滬紅衛兵發緊急指示製止。26日的信中提出：“鑒於各地醫院領導不少癱瘓，院中紅衛兵對專家醫生打擊麵過大，大家一致主張支持華東局的意見，並且認為醫院紅衛兵要做到自動取消為好。”
為阻止紅衛兵的一些過激行為，並避免由此引起連鎖反應，周恩來還以中央名義起草電文，指示華東局和上海市委，要他們轉告“首都紅衛兵南下兵團”及在滬的北京其他紅衛兵組織，立即結束在滬活動，返回北京。
盡管青少年無知、狂熱的行動使得周恩來負擔加重，日夜操勞，他仍絲毫不減對後代的極端負責和真誠愛護的情感。9月9日，他直接與西北工業大學（西安）絕食學生代表通電話：
“我一直在等待你們！你們沒吃飯、沒治病，我怎麼能睡覺啊？你們提出的問題都好商量，你們有權提出要求。有些是馬上可以辦的，有些要經過中央討論，我不能馬上回答。你們不吃飯，我們心裏不安。在毛主席的新中國，怎麼能絕食呢？我們不責怪你們，而是勸導你們。光憑這個熱情，會得到你們所不希望的後果。你們要求把問題提到毛主席麵前，要他考慮。你們從一方麵看，他要從全局看；你們是從一個時候看的，毛主席、黨中央是從整個曆史看的。很多問題不像你們想的那樣簡單。你們的要求，我接過來，但不能馬上回答。這24位同學有意見，完全可以派代表來京麵談，我可以派飛機把你們送來。你們趕快治病，再不吃飯，我們心裏就不安。”
從第二天起的半個月內，周恩來一連4次接見西安絕食學生代表，耐心做他們的勸導工作。
周恩來不僅自己帶頭做青少年的教育工作，還要求各級黨政主要領導幹部丟掉“怕”字，放下包袱，到群眾裏麵去，親自宣傳解釋黨的政策，勸阻違背政策和法律的極端行動，以體現黨對運動的領導。同時，周恩來主持的中央政治局常委碰頭會還商定，為抓緊研究有關社會政策問題，先由各有關方麵負責人組織收集材料，進行研究，提出問題和初步處理意見，而後報毛澤東和黨中央批準。
周恩來親自向紅衛兵宣講解釋黨的政策，在全國引起了巨大反響，“一致認為解決了很多思想問題和政策問題”。北京和各地的紅衛兵組織大量傳抄、翻印的中央領導人的講話中，周恩來的講話占了很大比重。由於周恩來的地位、聲望，尤其是他入情入理、循循善誘、平等待人的講話風格和處處體現出來的廣博的知識、寬闊的胸懷，使許多青少年深受教育，得以啟示。以北京西城區紅衛兵糾察隊（後與東城區、海澱區紅衛兵糾察隊組成“首都紅衛兵聯合行動委員會”）為代表的一些學生組織，就是在周恩來等老一輩革命家的影響下，逐步有所覺悟，開始懷疑或抵製無政府主義的一些言行，並對中央文革小組產生不滿。
三、在批判“資產階級反動路線”期間
麵對“紅衛兵運動”造成的一係列後果，周恩來所考慮的一個重要問題，就是如何客觀地、正確地認識黨內矛盾的性質，進而把握和處理好對所犯錯誤幹部的政策問題。