8月29日夜，北京大學經濟係的一群紅衛兵闖入了全國人大常委和政協常委章士釗的住宅，肆意進行查抄。事後，章士釗立即致信毛澤東，反映紅衛兵的無理行徑，要求在“可能範圍內稍稍轉圜一下，當有解鈴之望”。次日，毛澤東在來信上批：“送總理酌處，應當予以保護。”
周恩來接到批件，馬上采取措施，對章宅實行保護，並將章本人秘密轉移到301醫院。與此同時，周恩來又親自寫下一份應予保護的幹部《名單》，其中包括宋慶齡、郭沫若、章士釗、程潛、何香凝、傅作義、張治中、邵力子、蔣光鼐、蔡廷鍇、沙千裏、張奚若、李宗仁等十幾位高級民主人士，以及人大常委會、國務院及所屬各部委、全國政協、各民主黨派中央、最高人民檢察院、最高人民法院的負責人。這份《名單》雖然隻有幾十個字，卻包含了幾百名保護對象。可以說，周恩來幾乎對《名單》上的每個人都費了一番心思，以尋求最穩妥的保護方法。
《名單》中的第一人是中華人民共和國副主席、民革中央主席宋慶齡。她不僅是國內外享有名望的民主人士，還是幾十年來同中國共產黨患難與共的摯友。建國後，宋慶齡大部分時間居住在上海。“文化大革命”一開始，周恩來感到宋長住上海不安全，便勸說她來京定居，並指示中央警衛局負責人楊德中主管宋宅的各項工作，由公安部、北京市公安局和當地派出所三方麵協同警衛。“破四舊”當中，果然如周恩來所料，宋慶齡在上海的寓所受到衝擊，就連萬安公墓內她父母的墓地也遭到紅衛兵的破壞。此外，在南京，有人提出要推倒孫中山的銅像；在北京街頭，則出現了攻擊宋慶齡的大字報，還有人揚言要衝入宋慶齡在北京後海的住地。為了阻止事態的繼續發展，周恩來親自出麵教育對於曆史知之甚少的紅衛兵：
“宋慶齡是孫中山的夫人。孫中山的功績，毛主席在北京解放後寫的一篇重要文章《論人民民主專政》中就肯定了的。他的功績也記在人民英雄紀念碑上。南京的同學一定要毀掉孫中山的銅像，我們決不讚成。每年‘五一’、‘十一’在天安門對麵放孫中山的像是毛主席決定的。孫中山是資產階級革命家，他有功績，也有缺點。他的夫人自與我們合作以後，從來沒有向蔣介石低過頭。大革命失敗後她到了國外，營救過我黨地下工作的同誌，抗日戰爭時期與我們合作，解放戰爭時期也同情我們，她和共產黨的長期合作是始終如一的。我們應當尊重她。……到她家裏貼大字報不合適。她兄弟三人姐妹三人就出了她一個革命的，不能因為她妹妹是蔣介石的妻子就要打倒她。”
在周恩來的全力保護下，宋慶齡及其住宅免遭噩運，她父母在上海的墓地也得以修複。11月12日，周恩來衝破江青等人的阻撓，親自在北京主持大會，隆重紀念孫中山一百周年誕辰。同時，他還批準人民出版社重印出版宋慶齡題簽書名的《孫中山選集》和新編輯的並由他本人題寫書名的《宋慶齡選集》。
在那是非顛倒、黑白混淆的年代裏，周恩來殫精竭慮，努力保護他所能保護的黨內外幹部。他以巧妙的鬥爭藝術保護許多人過關，使他們在驚心動魄的風浪裏得到安全。這一時期，受到周恩來保護的還有班禪額爾德尼·確吉堅讚、阿沛·阿旺晉美等民族宗教界人士和一些著名學者、藝術家、知名人士及其家屬。他在當時險惡的環境下做了自己能夠做到的一切。
二、在“大串連”狂瀾中
自8月下旬開始，北京一些大中學校的紅衛兵先後離京“南下”、“北上”、“東進”、“西征”，向全國播撒“文化大革命”的火種。與此同時，各地的紅衛兵也紛紛湧入北京，接受毛澤東的檢閱，取首都紅衛兵“造反”之“經”。至28日，外地來京學生已達14萬人。在31日毛澤東第二次接見紅衛兵後，出入北京的學生人數更逐日遞增。在這之後，每天來往北京的紅衛兵成倍增加，已難以數計。為安排好來京紅衛兵的吃住問題，周恩來想方設法，費盡了心思，最後就連中南海國務院辦公的地方也住進了幾千名紅衛兵。