1966年“史無前例”的“文化大革命”，將盛彤笙再次拋進狂風惡浪。雖然在反右後他一直處於沉默狀態，謹言慎行，但在那“抵黃金於沙礫，碎玉璧於泥塗”的年代，他又被“橫掃一切牛鬼蛇神”的狂飆作為“老右派”、“資產階級知識分子”刮了出來。於是有人揭發他是參加過“藍衣社”的國民黨特務，解放前和國民黨反動分子沆瀣一氣，“稱兄道弟”，一頂頂讓人心驚膽戰的帽子不時向他飛來。更有甚者，連他因為有失眠症，平時家裏拉著厚厚的窗簾，這也激發了個別人的奇思妙想，認為他家中可能藏有電台，有通敵嫌疑。於是，一群造反派在“造反有理”的大旗下，借機闖進他的家，翻箱倒櫃，逼迫要他交出電台、活動經費來，甚至將他珍藏多年的歐洲古典音樂唱片，作為“封、資、修”的東西，全部砸碎。盛彤笙一生中有兩大愛好：聽古典音樂、打橋牌。留學德國的幾年，使他對歐洲的古典音樂產生了濃厚的興趣，貝多芬、莫紮特、巴赫、施特勞斯、舒伯特和他們的交響樂、協奏曲、圓舞曲、小夜曲等等，這些大師和他們的經典之作，曾給他的生活帶來了多少愉悅，如今已成為滿地的碎片。有人對此還嫌不足，編演活報劇進行醜化侮辱。他在多次遭到輪番揪鬥後被關進了牛棚，不許親屬探視，任意打罵逼供，有人甚至高喊“把他吊起來！”好像不如此折磨，不足以滿足他們在“文革”中被扭曲的心靈。
種種非人的遭遇，使盛彤笙身受摧殘，心在滴血。他雖然堅持到“釋放”回家，但已感到生命的可憐。他自認為一生光明磊落，剛正不阿，愛國敬業，對得起國家和人民，卻落得此等下場，實在難以理解。他覺得為什麼上天老是在折磨他呢？早在1953年的“三反”“五反”運動中，西北畜牧獸醫學院就有人暗地鼓動揭發盛彤笙有“貪汙”行為，並建議抄家搜尋證據。在學院的“三反”“五反”運動領導小組會議討論時，領導小組副組長、院辦主任高時認為：“此事要慎重，因為盛院長是國內外著名學者，搞不好我們很被動。”領導小組組長、陝西省教育廳張廳長很不以為然地說：“你這個高時，前怕狼，後怕虎，盛彤笙也怕，搜查了再說。”當時盛彤笙在北京開會，家中隻有他的夫人鄒東明，抄家搜出了二兩金子，拿走時鄒東明說：“盛老頭解放前就是教授，國民黨後期物價飛漲，不能存錢，大半生隻積蓄了二兩金子，算得了什麼？”後經查證，完全清白，金子方才奉還。對這樣一個有著遠大抱負、視聲譽如生命的人來說，誣以“貪汙”，實在是莫大的侮辱，真是以小人之心度君子之腹！上次“後院起火”，已經深深地傷害了他的自尊心，現在又是如此肆意淩辱，是非顛倒，真覺萬念俱灰。後在親友的規勸下，情緒才逐漸趨於平靜，放棄了雜念。
盛彤笙的遭遇還累及子女。他膝下有一雙兒女，自幼聰明伶俐。女兒盛小端生於1948年，自小在姥姥家生活，上了南京師範大學附中，外語很好，英文小說一本本地看，許多人都認為她是保送上大學的對象，“文革”開始後大學之夢自然破滅。直至1968年，才在南京的一個汽車篷布廠當了個縫紉工。兒子盛天舒生於1951年，“文革”時上初二，在學校本是“三好生”，也因父親的問題失去了學習的機會，既不準升入高中也不分配工作，一拖就是幾年。1971年開始推薦工農兵上大學，他到父親所在單位找領導要求推薦，誰知反被人奚落了一頓：“你還想念書？你家的書都讓你老子一個人念完了！”真是欺人太甚！
“文革”中，獸研所裏還發生過“考教授、考洋博士”的鬧劇，據說起源於北京。你們不是喝過洋墨水、吃過洋麵包的大專家嗎？你們不是看不起大老粗嗎？那就考考你們一些基本的操作，看看你們有多大本事！工宣隊將這些科研人員集中起來，讓他們給馬插胃管和作直腸檢查，之前已經有幾個人按要求作了。輪到盛彤笙時，他先插了胃管，待作直腸檢查時，他發現馬有異常，渾身汗流如漿，就停止了操作，沒有再做下去。一個留德的獸醫博士，連直腸檢查都不會作，這無異於“當眾出醜”，成了工宣隊在總結時的典型事例，他們在會上大肆宣揚：“我們說了嘛，洋教授沒有什麼了不起的！大家看見了，所謂的畜牧專家不會壘雞窩，德國博士不會做直腸檢查，這說明了什麼？說明毛主席他老人家教導的‘卑賤者最聰明，高貴者最愚蠢’無比正確！你們今後要老老實實接受改造，向工農兵學習，向實踐學習。”事後有人問到盛彤笙為什麼沒有做下去，他說當時覺得馬已經在前麵的操作上出了問題，有可能直腸被捅破，自己再做下去，弄死馬匹，屆時給你戴上個破壞“抓革命，促生產”的大帽子，罪名就更大了。之前就有一個他的學生，畢業後分配在陝西扶風的一個豬場工作，因為飼養的母豬一直不懷孕，就將它殺掉，宰殺時才發現已經懷孕了，但一切都晚了，結果被安上了“破壞生產”的罪名，打成了反革命。前車之鑒，不可不防。盛彤笙果斷地選擇了放棄，其冷靜可見一斑。