1958年7月，盛彤笙以一個右派分子的“戴罪”之身，來到新成立的中國農科院中獸醫研究所，回到了小西湖這個既熟悉而又陌生的地方。該所的研究機構設有臨床研究室、病理研究室、病理生理研究室、微生物寄生蟲研究室、文獻資料出版與圖書室，這些機構都任命有主任、副主任，而盛彤笙則被安排為微生物寄生蟲研究室的一名“負責人”，成為一個名副其實的“白丁”。
錯劃右派，撤銷一切行政職務，落到任何人頭上，這都是一個巨大的打擊，一些人可能就此消沉，一蹶不振。盛彤笙也一度心情懊喪，思緒萬端。從擔任獸醫學院院長到被撤銷一切職務，整整十年間，竭盡全力，夙興夜寐，一心許國，但卻戲劇般地落得了個反黨反社會主義的“右派分子”，心中實在令人難以釋然。但轉而一想，如今“無官一身輕”，可以重操舊業，從事研究工作了。十年荒廢，需要及時跟進，這何嚐又不是好事呢？他很平靜地接受了這一切。
我們經常說唐代大詩人李白政治上的不幸是文學上的大幸。因為他沒能躋身仕途，所以才產生了那光耀萬古的詩篇。那麼，現在盛彤笙不從政了，是不是科學事業的大幸呢？因為憑借他首屈一指的學業功底和學術水平，搞科研應該是件駕輕就熟的事情。何況在大西南那樣艱苦的抗戰時期，在設備缺乏，毫無經費的情況下，他都能在細菌學試驗的基礎上，在世界上首次證實我國的水牛“四腳寒病”，是一種病毒引起的傳染性腦脊髓炎，論文還在國際權威雜誌《科學》上發表；在氨苯磺胺類藥物剛問世不久，他又證明此類藥物對鼻疽杆菌均有顯著抑菌作用，論文又是國際上的首次報道。以上兩項研究僅是牛刀小試，但都走在了世界獸醫科研的最前沿，現在的條件更好了，又能專一地進行研究，其成果當可預期。
但命運之神沒有再次眷顧盛彤笙，他所在的單位是剛剛成立的中獸醫研究所。作為一名西獸醫微生物學家，在中獸醫研究所實在難有用武之地。他曾多次向上級領導要求到西北畜牧獸醫研究所，從事病毒性疾病的研究，卻未被采納。一個“右派”的要求，躲避都嫌來不及，又有幾個人會認真加以考慮呢！
此時的盛彤笙，有一種“虎落平陽”之感。你想幹的，人家偏不讓你幹；你幹不了的，人家又非讓你幹不可。真可謂步履艱難，動輒得咎。同在中獸醫研究所工作的他的內弟鄒康南的回憶，可以幫助我們了解盛彤笙當時的處境：
“中西獸醫本是不同體係，作為一個微生物學工作者，在中獸醫研究所原無多少事情可做，比較可行的是進行各種中藥對細菌、病毒的抑製及殺滅效力的研究，無奈之下，盛彤笙選擇了這一課題。這本是一項很有意義的基礎性工作，有助於更好地發揮中藥的優勢。但在當時的形勢下，卻被所裏某些人指責為脫離實際、脫離群眾、脫離生產的‘三脫離’，沒有列入工作計劃，而是派他下鄉調查總結中獸醫治療家畜傳染病的經驗。更有甚者，所裏業務領導還提出用一些所謂的中獸醫驗方，治療家畜幾種嚴重傳染病，如馬鼻疽、牛結核病、牛布氏杆菌病、豬喘氣病等課題，盛彤笙被分配搞牛布氏杆菌病的治療。這是連西獸醫也感到棘手的難題，討論方案時，中獸醫們盲無所知，麵麵相覷，在聽說此病也稱作傳染性流產時才恍然大悟，紛紛開出了根本無效的安胎、保產藥方。盛彤笙在選擇了人醫治療布病的加味腎著湯等驗方後，分組以備試驗，按組員的意見，增設了一組磺胺藥對照組。不料在課題討論會上，有個負責人指責說：‘沒有必要設什麼對照組，設對照組是別有用心，企圖用西藥王牌打擊中獸醫。’而自己主持的豬喘氣病治療課題，卻有幾組使用了金黴素等王牌廣譜抗菌素。這項毫無意義的研究，從1960年一直搞到1966年‘文革’前，沒有搞出任何結果，卻白白浪費了他幾年的大好時光。”
“人生到處知何似，應似飛鴻踏雪泥。”科研工作難以如願，光陰歲月不斷流逝，盛彤笙內心的苦楚和憂慮實在難以言表。萬般無奈之下，他隻得另找出路，以一個知識分子的良知，盡力爭取為人民、為國家多做一些有意義的實事。從1959年起，他開始了翻譯具有很高學術價值的獸醫學巨著《家畜特殊病理與治療學》一書，在艱難的歲月裏劃出清晰的軌跡，留下了堅實的足印。
這是一部流行於全世界的獸醫經典名著，原書為德文，1905年由匈牙利科學家胡提拉編撰完成。半個多世紀來，由於獸醫學和醫學不斷發展，該書也先後11次進行了補充和修訂，曾被譯成俄文、英文、意大利文、西班牙文、土耳其文、塞爾維亞文、波蘭文等7種文字，發行至全世界，被各國高等院校和科研工作者采用為教科書和主要參考資料。我國在1949年初期，由於沒有中文譯本，許多學者是通過俄文、英文譯本來學習此書的，這對大多數人來說，其中的障礙很多，希望能有該書的中譯本，就成了我國獸醫科技、教育工作者的一大心願。