批鬥中有一件事讓他百思不得其解：明明在德國參加的是中共地下黨的外圍組織“反帝大同盟”，卻多次審查並讓他交代子虛烏有的“藍衣社”問題，使他心身備受摧殘。直到1984年落實知識分子政策，原單位的人交給他一張照片，據說來自本人檔案，方才明白事情的起因。原來他在德國留學時，和三個同學在漢諾威火車站為一對夫妻送行時有個合影，清理敵偽檔案時，發現其中四人都是“藍衣社”分子，自然懷疑到當時在場的他。“文革”中根據這張照片，強迫他承認自己也是“藍衣社”分子。這種“莫須有”的黑鍋讓他一背就是十幾年而百口難辯。多年後他仍對此事心有餘悸，懷疑檔案中是否還裝有其他不實的材料。作曆史問題複查結論時，更是字斟句酌地修改，進行了大量的補充和說明，甚至要求“幹部是否可以看一看自己的檔案？假如不允許看的話，是否可以要求將檔案袋中所裝文件開一個目錄，讓本人過目一下”。所以，1957年整風“反右”時他認為“看不到自己的檔案，不知道裏麵裝什麼藥”是有深層次原因的。
“文革”中，見到自己崇敬的老院長被一些無知的人所肆意淩辱，他的許多學生心也在滴血。他們同情老院長的遭遇而又無能為力，隻有暗中加以抵製，每逢開批鬥會，他們就借故躲到實驗室搞試驗或到黃河邊看書，有的在被監督勞動期間多方進行關照。該所有個青年科研人員，見到老院長每天在小西湖院子裏拉著沉重的架子車運磚到工地去，實在不忍心他受到如此折磨，有一次走到他身邊說：“盛先生，你的架子車有點毛病，讓我來修一修，你坐在旁邊休息一會。”誰知盛彤笙放下架子車，說了聲“謝謝，我不累！”又轉身跑去搬磚。這位原來的西北畜牧獸醫學院教師，談到當年這件事至今仍十分感慨：“我本來是找了個借口想讓他休息一會，可老院長這個人就是這樣認真、方正，決不會去幹偷奸耍滑的事情。”
“文化大革命”的一場風暴，改變了千千萬萬人的一生，真可謂“黃鍾盡棄，瓦釜雷鳴”。一切都顛倒過來了，該掃地的，坐進了小車；原來坐小車的，卻拿起了掃帚。“文革”後期，造反派分配盛彤笙打掃伏羲堂廁所，但科學家嚴謹認真的精神卻是放之四海而皆準，在這個“五穀輪回之所”也不例外。據所裏的人回憶，盛彤笙每天早早地就來到這裏，先將地麵用水衝一遍，再用拖把拖幹，然後擦去隔板上的汙垢，還帶把刷子和鑷子，仔細地將牆上的標語殘跡撕掉，一點一點刷下來，打掃得幹幹淨淨。以後他不打掃了，廁所的尿水漫過腳麵都沒人管，一路上墊磚才能進去，前後一對比，給大家的印象太深了。
十年“文革”，給盛彤笙造成了巨大的精神創傷，但他仍以豁達的氣度對待這段沉痛的曆史。1979年離開之後，仍時刻關心蘭州獸研所的建設和發展。每逢所裏的同仁去看望他，總是興奮不已，不斷詢問所裏建製的恢複及各方麵的變化情況。當看到獸研所新建科研大樓的照片後，他高興地說：“這種條件是我多年夢想而未能實現的，今天在改革開放方針的指引下麵貌一新，令人欣慰。”當談到所裏有些同誌在“文革”期間對他多有“冒犯”時，他麵帶笑容地說：“那有什麼，大家都是錯誤路線的受害者，我早就把那些事忘掉了，希望轉告這些同誌放下思想包袱，為發展獸醫科研事業而努力工作！”