這次黨的整風要和風細雨，要貫徹“團結、批評、團結”的方針，這是很對的，聽說在1942年黨第一次整風時，采取的就是這個方針，於是我想起知識分子思想改造運動的時候，采取的卻是狂風暴雨的形式：“大會壓、小會擠，學生把關、先生過關；當眾脫褲子，忍痛割尾巴。”至今想來，餘威猶存。這不能不使知識分子懷疑，為什麼那個時候不提這個方針呢？是不是以後才有先見之明呢？坦率地說，這恐怕也算是宗派主義吧！
（光明日報記者整理）
———見甘肅農業大學館藏檔案“定期”員怨緣願年黨委辦第緣卷
以上這篇書麵發言，不排除記者為達到轟動性的效應而采用較為“尖刻”的用詞，僅就所舉的事例本身來看，至今仍發人深省。比如選拔使用民主黨派和非黨人士的問題，比如人事檔案的問題、比如對知識分子的改造問題等，至今還在改進、還在完善，何況20世紀50年代。通篇看完，我們聽到的是直語諍言，看到的是肝膽相照。但在那個年代裏，卻觸犯了政治上的大忌。記者將談話整理出來，先是在座談會上代為發言，並準備隨後見報。以盛彤笙中科院學部委員的身份，自然反響很大。盛彤笙自忖不妥，特地致函記者注明為“訪問談話記錄代替發言”，不要見報。但結果還是捅了大婁子，最要命的是記者還加了個“宗派主義點滴”的標題。試想，說黨有“宗派主義”，這不是“惡攻”是什麼？加之在1949年以後的“三反”“五反”、“思想改造”等接二連三的運動中翻出的“集體加入了國民黨”、“與反動軍閥稱兄道弟”等曆史問題，聯係在一起，就成為反黨反人民反社會主義的鐵證，自然就成為大右派。雖然以後的實踐證明所提的意見多是正確而且富有遠見的，但卻有悖於當時的政治形勢，受到了嚴厲批判。世界上的事情往往是複雜的，明明動員大家提意見，卻設了“引蛇出洞”的玄機；也許本身就存在問題，僅僅因為別人提了出來，就認為是“猖狂進攻”。就連他不讚成將西北畜牧獸醫學院遷到黃羊鎮、認為這樣不利於教育事業的發展，因而與省委書記張仲良發生爭執的事，都成為罪證之一。
還有一個也是盛彤笙跌入人生穀底的致命問題，這就是1957年5月在中科院學部委員會上，關於“取消國務院的科學規劃委員會”的發言。他提出將它的任務“交給科學院來擔負，科學院要義不容辭地成為領導全國科學的學術中心，隻要賦予科學院以權力，讓郭沫若院長、李四光副院長這樣的人來領導，科學院是可以做好科學規劃委員會的工作的”。洞見深刻的盛彤笙看到了其中存在的問題，覺得有必要向黨和政府進言，以期改進科學規劃工作。他的這一真知灼見，在科學院卻引起軒然大波。許多讚成的學部委員認為說出了他們的心裏話，覺得這個委員會的設立是對科學家還不夠信任的表現；而反對者祭起了“反對和抗拒黨對科學工作的領導”，“狂妄自大，目無組織”，“挑撥黨與科學家的關係”等一頂頂的大帽子。科學規劃委員會是國務院1956年成立的統籌全國科學發展規劃的一個機構，在科學院之上還設有這樣一個委員會，的確有疊床架屋之嫌，且其中的領導成員大多又不是科學家，自然有外行領導內行之說。後來的實踐證明，他的這一發言，仍是極富遠見，時隔不久，中央就撤銷了國務院科學規劃委員會，完完全全由科學院來擔當這一任務。俗話說：“人無遠慮，必有近憂。”但有的時候，慮之太遠，其憂亦近。“反右”中，盛彤笙卻落了個“黨不能領導科學”的罪名。
1957年7、8月間，盛彤笙多次受到批判鬥爭，最終被戴上“右派”帽子。現實是如此殘酷，一代宗師盛彤笙被撤銷了西北畜牧獸醫學院院長、中科院西北分院籌委會副主任、中科院學部委員、全國人大代表等職務職稱，僅改任全國政協委員一職，工資由科研一級降為科研三級。自此，夢想片片破碎，青春漸漸凋零。這年他才46歲，正是壯懷激烈，大展宏圖之際，卻落得大鵬折翅、龍遊淺灘的命運，豈不悲哉！
冤情就這樣坐定了。1957年10月，盛彤笙隨同他所創建的獸醫研究室，從中科院西北分院分出，合並入中國農科院西北畜牧獸醫研究所。他曾嘔心瀝血為之籌建了3年多的中科院西北分院，在1958年正式成立時，他的名字連提都沒有提，仿佛他壓根就沒有參加過籌建一樣。1958年7月，西北畜牧獸醫研究所奉命西遷黃羊鎮，他又被分配到新成立的中國農科院中獸醫研究所。1969年，中獸醫研究所並入到蘭州獸醫研究所，盛彤笙又被分到該所情報室任研究員，直至1978年底調往江蘇南京，才逐步落實政策，推倒一切不實之詞，這一沉冤整整壓了他20年。