蘭州解放前夕，盛彤笙和夫人鄒東明經常在深夜收聽延安的廣播，了解時局的發展變化情況，以便采取應對措施。當收聽到解放軍總部一再廣播，要求蔣管區各單位負責人和廣大群眾保護好工廠、機關、學校以待接管，特別指名“國立獸醫學院院長盛彤笙先生，我們很快就要打過來，請你保護好學校”時，大家更堅定了保護好學校人員和財產的決心。當時，國民黨省黨部指令獸醫學院成立應變委員會，由盛彤笙任主任，朱宣人為副主任。他們就利用這一組織，積極護校。一次，朱宣人、許綬泰、常英瑜、買永彬等聚集在盛彤笙家中，討論如果萬一在蘭州城展開拉鋸戰，應采取什麼態度時，總務長常英瑜堅定地說：“那我們就一邊倒，倒向共產黨。”這一向往光明、向往正義的表態，得到在場人員的一致讚同。
隨著解放大西北的炮火聲日益臨近，蘭州城內兵荒馬亂，馬步芳匪幫在作困獸猶鬥的同時，疏散城內各學校機關，脅迫四校（蘭大、西北師院、獸醫學院、西北農專）兩館（蘭州圖書館、甘肅科學教育館）遷往河西。由於馬步芳軍隊騎兵多，需要獸醫為他們服務，對國立獸醫學院更是垂涎三尺，馬步芳以“緊急命令”通知獸醫學院：
“查目前西北剿匪軍事吃緊，為配合軍事需求，所有中央駐蘭機關學校應即尅日加緊疏散，借以加強戰鬥力量。茲指定該院遷往西寧”。
早已看清國民黨及馬家軍總崩潰即在眼前的四校負責人，共同商議，不能為他們效勞殉葬，他們借口學校遷移須征得教育部的同意，設法拖延。於是和蘭州圖書館、甘肅科學教育館的負責人等，6家聯名致電廣州教育部，提出以下3條遷移條件：
“一、六單位以遷移同一地點為原則；
二、這些單位所有公物計有5800箱，需要一定的裝箱準備時間；
三、師生員工加眷屬共7130人，請求撥給搬遷費、建築費、生活費30萬銀元。”
教育部自然難以答複他們的請求，搬遷時間也一拖再拖。馬步芳當然不甘心就此罷休，後看青海難守，轉而於8月15日又向國立獸醫學院發出緊急命令：“一、茲改著該院隨同蘭州大學遷往武威；二、如不西遷，以軍法論處。”由於不見行動，馬步芳再次召集四院校負責人到其“長官公署”，脅迫他們立即遷往河西走廊，如不遷校，則必須在他們擬就的“反共宣言”“告四院校學生書”“致廣州國民政府請求空運槍支彈藥來蘭的電報”等三個文件上簽字，作為交換條件。對這幾個清高自尊的大知識分子來說，是一次極為艱難的抉擇。雖然他們心向光明，堅定不移地倒向共產黨一邊，但現在身陷虎狼之穴，麵對窮凶極惡的馬家軍，處置稍有不慎，就有可能使學校和師生遭受滅頂之災。四院校負責人經反複權衡，覺得這三個文件對他們起不到一根救命稻草的作用，卻可以使四校負責人免遭殺身之禍，使數千名師生和家屬免除了遷徙流離之苦，保持四院校完整地交給人民，遂在三個文件上簽了字。正如他們所預料的那樣，告四院校學生書中號召學生參加國民黨軍隊，事實上並無一人應召；要求廣州國民黨政府空運槍支彈藥來蘭的電報，更無任何反應。
解放後，這些問題自然成為盛彤笙的曆史問題，在以後的政治運動中多次被翻騰了出來，成為反黨反人民的罪證，盛彤笙也在多次檢討中自責自己。其實，四校領導對這件事情的處置，在當時的情況和背景下，是一場艱苦卓絕的智慧較量，也是唯一正確的選擇，這個時候保護師生的生命安全、保護人民財產免受損失是頭等大事，任何衝動都可能帶來滅頂之災。柔能克剛，“颶風過後，伏草唯存。”盛彤笙當年和其他高校領導由於處置得當，將學校的人員和財產完整無損地交到了人民手中，才是他們最大的愛國愛民，也是他們作出的最大貢獻。盛彤笙也認為自己“問心無愧，因為其最終結果是對人民有利，對黨有利”。