1949年的8月下旬，蘭州城裏更是一片混亂，險象環生，學校加緊做好應對事變的各項準備工作。盛彤笙沒有離開學校，沒有離開師生，他鎮定自若有條不紊地安排護校事宜，勉勵員工各負其責，堅守崗位，保護好校產，靜待人民的勝利。在他的感染下，師生沒有驚慌失措，大家團結一致，分頭負責，沉著應對。經他提議，學院成立了護校隊，由總務長常英瑜帶領員工在校內挖避彈壕，準備蔬菜、糧食、水和一些消防器材；由教務長朱宣人負責組織師生將所有貴重的儀器及圖書、檔案資料等，全部堅壁到伏羲堂二樓的天花板上。當解放蘭州的戰役全麵打響後，馬家軍欲做垂死掙紮，以伏羲堂影響炮兵視野為由，揚言要將其炸毀。憤恨之餘，為防範馬匪敗兵搶劫、縱火和殺害師生，學院將大部分師生和教眷遷到蘭州大學躲避戰火，又將存放在樓頂上的所有儀器及圖書、檔案資料，轉移到蘭州大學保存，學院平時所節存的少許黃金和銀元也埋藏在地下，避免遭亂兵搶劫。甘肅省檔案館編寫的《解放蘭州》一書也對師生們應對蘭州戰役的情況有以下記載：
“國立獸醫學院的地下黨員李寶銳、沈斌元和廣大教職員工組成護校隊，一部分人在校內巡邏值班，保護學院，一部分人將圖書、儀器和家屬送到蘭州大學防空洞裏看護，同時還派教授馬汝鄰和辦公室主任王誌良利用熟人關係，到馬步芳之子、國民黨82軍軍長、蘭州前線總指揮馬繼援處打探消息，隨時掌握情況，以便做好解放蘭州的策應工作。”
上麵一段文字，出自解放初期，自然要說到蘭州地下黨的功績，其實當年國立獸醫學院的中共地下黨員隻有沈斌元一人。據本人說，當時也沒有什麼出頭露麵的活動。護校的主要工作還是盛彤笙、朱宣人、常英瑜為首的學校應變委員會在領導，盛彤笙以一介文弱書生，麵對艱難複雜的形勢，冷靜處置，砥柱中流，才使得全院78名教職工，89名學生，沒有出現一個人員傷亡；包括伏羲堂、教職工宿舍、學生宿舍等404間房屋以及42台顯微鏡等眾多的儀器設備，由於師生們舍生忘死的保護，沒有發生一件財產受損。正因為如此，才能在蘭州解放後僅20天就開學複課，這在當時的蘭州，不能不說是一個奇跡。以上人員和財產在蘭州解放後，被蘭州軍管會文教會教育處正式接管。
高級知識分子是國共兩黨共同爭奪的對象。北平解放前夕，風雨飄搖中的國民政府還製定了一個“學人搶救計劃”。在蔣介石的授意下，政府要員朱家驊、傅斯年、杭立武、蔣經國、陳雪屏等於南京緊急磋商謀劃，擬定了“搶救人員”名單，名單包括四類：
（一）各院校館行政負責人；
（二）因政治關係必離者；
（三）中央研究院院士；
（四）在學術上有貢獻並自願南來者。
除平津的學者外，蘭州的盛彤笙與辛樹幟、易價、路葆清都在“搶救人員”名單之列。蘭州解放前數日，國民政府教育部還派一名督學乘飛機專程來到蘭州，想接四院校校長前往廣州。盛彤笙等四人決心與學校共存亡，都拒絕前往，飛機隻得空載而返。
不特自己如此，他的大弟在國民黨部隊搞技術工作，當得知弟弟準備隨部隊撤到台灣時，他不忍骨肉離散，有負父母臨終囑托，一麵給大弟的上司寫信，請求將其弟留下來，一麵趕赴廈門港口碼頭，當麵加以勸阻。弟弟說，不走不行，我的行李都上船了，最終還是去了台灣。