蘭州，西北軍政長官公署所在地，是國民黨在西北的軍事、政治中心。國立獸醫學院成立後，國民黨甘肅省黨部要求學院成立國民黨黨部和三青團團部，建立“防奸保密小組”，盛彤笙以一個學者的清高和骨氣，想方設法加以抵製，或采取拖延的辦法，始終沒有成立，這在蔣管區的機關學校中絕無僅有。
1948年5月，甘肅省戡亂建國動員委員會擬舉辦大規模講演及論文比賽，通知國立獸醫學院：“主旨側重戡亂建國動員工作之宣傳，提高青年政治認識，加強學術研究之興趣，貴校為西北最高學府，群賢畢至，不乏專家，對此問題定多高見，請賜予卓見以資參考。”
盛彤笙在通知上批示：“查本院均為畜牧獸醫人員，對於政治學術素無深刻研究，且課業繁忙，複以不克參加。”拒絕了這次演講比賽。
甘肅省參議會也舉辦了一次戡亂建國講演競賽，指定國立獸醫學院“派同學三十人參加並請各位教授蒞會指導”，學院按照盛院長批示“本院在校受業學生僅九人，餘在蘭大授教，課業繁忙不克參加”，複函加以拒絕。國民政府教育部多次來電來函要求進行“戡亂救國動員宣傳”，盛彤笙冷靜應對，批示“閱存”，始終沒有照辦。
天之將明，其黑尤烈。1949年4月，原西北軍政長官張治中將軍參加國共和談後，蔣介石麵對國民黨的潰敗和頹勢，將“青海王”馬步芳當作挽救西北的一根“救命稻草”，任命其代理西北軍政長官，7月又正式任命為軍政長官。馬家軍素有虎狼之性，凶殘野蠻。1936年，馬家軍對我被俘的紅西路軍戰士不僅屠殺、活埋，有的還被割掉耳朵、鼻子，有的把腸子扯出來繞在樹上。紅5軍軍長董振堂、政治部主任楊克明、13師師長葉崇本的頭顱被割下來，掛在高台縣城樓示眾。在馬家軍的大肆暴虐下，我兩萬一千多名西路軍將士僅有少部分生還，其狀慘不忍睹，駭人聽聞。
為了做好抵抗人民解放軍進軍大西北的準備，馬步芳在蘭州實行法西斯統治，大搞白色恐怖，相繼頒布了“戒嚴法”“緊急治罪法”“戶口連保”“郵電檢查”等近20部反動法令。在原國民黨“軍統”“中統”等特務機構的基礎上，調進大批馬係骨幹分子，實施特務統治，一時間，古城蘭州警笛長鳴、憲警遍街、特務如麻，一片血雨腥風。學校更是不堪其擾，不勝其憂，馬步芳上任後不久，一麵采取一些懷柔政策，命令甘肅田糧處，給在蘭的四高校學生每人麵粉46斤、銀元6角，使他們不要鬧事，企圖穩定後方；一麵建立“戡亂建國動員委員會”，派出特務、暗探潛入各高校，注意和監視學生的活動，搞得學校人人自危。盛彤笙攜手蘭大校長辛樹職、西北師院院長易價、西北農專校長路葆清等，冷靜應對，與之展開了驚心動魄的鬥爭。
5月間，剛剛代理西北軍政長官的馬步芳，提出要在國立獸醫學院駐軍，以抗拒蘭州的解放。這可急壞了盛彤笙，一駐軍，學校肯定要毀於戰火，他叫上秦和生，跑到寧夏找西北軍政副長官馬鴻逵及宋希濂、董其武等其他一些西北軍政要員，言明獸醫學院係由蔣主席手令創立，且地方狹小，不宜駐軍。通過從側麵迂回做了大量的工作，終於說動了馬步芳及其子馬繼援，保住了獸醫學院。
6月，馬步芳效法徐州戰役將機關工作人員及青年學生強征入伍的辦法，以創辦軍事夏令營為幌子，妄圖讓幾所大學的青年學生替他們充當炮灰。盛彤笙與其他三校領導分析後，覺得戰局如此緊張，還搞什麼軍事夏令營，事出蹊蹺，於是商議聯合加以抵製。他們以躲避戰火為由，將學生提前放假回家，隻留少數人護校，使馬步芳這一如意算盤隨之落空。
8月初，馬家軍為死守蘭州鼓舞士氣，由西北長官公署政工處處長上官業佑出麵牽頭，組織“甘肅各界蘭州戰地服務團”，要求四大院校和和蘭州圖書館、甘肅科學教育館的教職員工參加，“動員一切人力物力，配合軍事需要，支援前線”，其任務是宣傳、慰勞、服務和醫療救護等，要求師生們上街大量張貼標語、漫畫及宣傳品，向社會募捐“慰勞品”“慰勞金”，救護傷病員和傷病馬匹。六院校館的負責人還是以學校放假為借口，沒有發動和組織學生參加，將此事拖延了下來。