不過，有人認為朱由檢殺袁崇煥的真實原因是因為他中了皇太極的反間計。那麼，朱由檢到底是不是因為中了皇太極的反間計而殺袁崇煥的呢？袁崇煥被冤殺一事一直到清朝乾隆年間才浮出水麵，也就是說在殺了袁崇煥後，所有人都認為袁崇煥死得不冤，的確就該殺千刀。乾隆四年（公元1739年），從康熙十八年（公元1665年）就開始編修的《明史》正式定稿，當時明史中已有“會我大清設間，謂崇煥密有成約，令所獲宦官知之，陰縱使去。其人奔告於帝，帝信之不疑。十二月朔再召對，遂縛下詔獄”的記載。這條記載在當時也沒有多大動靜兒，不過就是一些文人看過明史後感歎幾句，刮起袁崇煥是冤殺的輿論風的人是乾隆，乾隆看了《明史·袁崇煥傳》一節後對袁崇煥的死很同情，於是下令下旨查察袁崇煥有無子孫，結果查到隻有旁係的遠房子孫，乾隆便封了他們一些小官。皇帝親自為袁崇煥鳴不平的事情，一下子掀起了翻天巨波，上至大夫，下至平民，凡是有點閑工夫的人都開始為袁崇煥鳴不平，認為崇禎皇帝朱由檢為人糊塗，中了皇太極的反間計，害死了忠臣，一時間便把袁崇煥與嶽飛掛鉤，認為他的死是千古奇冤。生活在清代中後期的夏燮在《明通鑒》中對反間計的描述非常詳盡，他說當時後金官兵捕獲了明朝的兩名太監，命令副將高鴻中等人看守。皇太極密令高鴻中等人在兩個太監麵前故意作耳語狀：“今日撤兵袁巡撫有密約事可立就矣”，當時其中一個姓楊的太監偷聽到了兩人的耳語，高鴻中等人見計策已成，就故意將太監放跑。兩名太監跑回去，就將此事告訴給崇禎皇帝，於是“上遂信之不疑”，因此殺了袁崇煥。鹹豐年間的潘頤福著的《東華錄》中也提到了這樣的情節。清朝年間的夏燮和潘頤福當然不可能知道反間計實施的詳情，他們的資料來源與明史的資料來源一樣，均出自清康熙年間大力編纂的《清世祖實錄》一書中。明人史料和一些清朝私修的史料如《烈皇小識》《崇禎實錄》《明季北略》《國榷》等均未提及反間計。二太監的事情《崇禎長編》中倒是提的比較詳細，裏麵說提督大壩馬房太監楊春王成德被後金兵抓住之後逼問。楊太監說“我是萬歲爺養馬的官兒。城中並無兵將亦無糧餉，昨日選了一千匹馬去了，還有一二百廢馬。”第二日，後金兵從這些馬中挑選了百餘匹來用，然後，將楊太監二人帶到了德勝門讓人看守。不久，後金與大明戰，又奪得了馬匹二百，生擒了士將一員。後來，後金將領寫了一封信讓兩個太監向德勝門和安定門投遞，內言“前些年袁崇煥殺了我們些人，我們惱恨得緊，又聞毛文龍擒了我方士兵，我們所以提兵到此，今要講和要以黃河為界”。從記錄來看，隻說命令兩名太監送信，沒有提到反間計，而且信中說惱恨袁崇煥，與“反間計”是背道而馳。
《崇禎長編》《國榷》《明史》《明季北略》等史料均指明袁崇煥下獄於同月辛亥朔，而《崇禎長編》中卻說明了當時兩個太監還在後金軍手中，“反間計”自然不可能是真的。《東華錄》中說這兩個太監是十一月庚戍被後金兵放走，有時間實施反間計，但是又與《崇禎長編》的時間不符合。而且，皇太極的反間計並不高明。當時後金軍隊中漢語並沒有普及，能說漢語的將領很少，怎麼就偏偏那麼巧，有兩名會說漢語的將士在楊太監二人附近偷偷嘀咕。這樣的最高軍事機密讓兩個太監輕易得知，又讓他們輕易地逃回了明朝皇帝身邊當耳報神，不是很奇怪嗎？後金軍宣稱他們用一本《三國演義》得了天下，反間計一招也是從《三國演義》中學的。皇太極對中原傳統文化半懂不懂，朱由檢好歹也是大明皇帝，他再不濟也不至於想不到這是“反間計”，所以說，因為反間計而殺袁崇煥的理由是說不通的。
崇禎三年（公元1630年），袁崇煥被“磔”死。閻崇年先生在《明亡清興六十年》中詳細講解了袁崇煥所遭受的“磔”刑。他說：“有一部書叫《六部成語》，書中說：磔刑是‘碎磔之刑也，俗名剮罪也’，也就是民間所說的‘千刀萬剮’。《清代六部成語詞典》解釋‘磔罪淩遲’大意說：淩遲之刑，始於五代。正式刑名，見於遼代。行刑方法，各代不同。具體做法是：在法場立一根大木柱，綁縛犯人，劊子手用法刀，一片一片地剔盡受刑人的肉，先手足，次胸腹，後梟首。也有一寸一寸地將肉割盡，然後割生殖器，取出內髒，肢解屍體，剁碎骨頭。有的受刑人肉被割盡，還未斷氣，心仍在跳動，甚至於還有視覺和聽覺。淩遲用刀割，有8刀、16刀、32刀、64刀、128刀，甚至於有3600刀的。”袁崇煥當時就是受的這種酷刑。《明史》和張岱的《石匱書後集》等書都記載說，當時京師百姓對袁崇煥恨之入骨，劊子手每割一塊肉，就爭著從其手中搶來生吃了，到了最後幹脆向劊子手買食袁崇煥的肉。劊子手開膛破肚，拉出其腸胃，百姓就群起搶之，得其一節者，和著燒酒生齧，血流齒頰間，猶唾罵不已。拾得袁崇煥骨頭的百姓，則用刀斧斬碎，直到“骨肉俱盡”。到最後，袁崇煥隻剩下了一個腦袋。