為什麼袁崇煥殺了毛文龍會讓朱由檢從安心轉為驚恐呢？毛文龍，字鎮南，浙江仁和人（今浙江省杭州），左都督，掛將軍印，賜尚方劍，設軍鎮皮島。皮島（今海洋島）又稱東江，位於大海中，東西十五裏，南北十裏，不生草木，遠南岸，近北岸，北岸海麵八十裏即抵後金界，其東北海為朝鮮。地理位置十分重要，可以有效地牽製後金。當時明朝朝廷也認為：“毛文龍滅奴雖不足，牽奴則有餘。”袁崇煥以十二罪私自動用尚方寶劍斬殺了毛文龍，的確是有故意專擅的意思，他想要絕對的大權來支配軍隊，重新管轄，但是，毛文龍不服管，這讓袁崇煥很是惱火。朱由檢雖然給了他尚方寶劍，讓他便宜行事，但毛文龍不在袁崇煥的正式管轄內，且同樣擁有尚方寶劍。同樣擁有尚方寶劍的兩個人，誰該斬誰呢？袁崇煥殺毛文龍所列舉的十二條大罪，細細分析來都不怎麼靠得住。比如一條是餉銀索取過多，侵盜軍糧，而實際上他殺了毛文龍後才發現要鎮守東江，餉銀不多根本不可能（“崇煥雖誅文龍，慮其部下為變，增餉銀至十八萬”）。袁崇煥殺了毛文龍，使得毛文龍的部下大多心生憤恨，朝廷官員也頗多異議。皮島失去了主帥，軍心不穩，越發不聽管製，以至於後來有將領叛出。袁崇煥為了重新調整皮島軍隊，統一管理，便上奏朱由檢說：“東江一鎮，牽製所必資。今定兩協，馬軍十營，步軍五，歲餉銀四十二萬，米十三萬六千。”袁崇煥減少兵力卻大量增加餉銀的要求終於引起了朱由檢的猜忌。本來袁崇煥殺了毛文龍已經讓朱由檢驚駭袁崇煥過分的自作主張了，隻是因為毛文龍已死，自己要依靠袁崇煥，追究責任也無益，所以隻好“優旨褒答”，還“傳諭暴文龍罪，以安崇煥心”。但是，現在袁崇煥竟然“兵減餉增”，毛文龍在的時候兵力沒減也沒有敢向朝廷伸手要那麼多餉銀，你袁崇煥什麼意思？猜忌歸猜忌，籠絡還是要籠絡。朱由檢又一次讓步，“特如其請”。毛文龍死後三個月，後全軍隊數十萬分道入龍井關、大安口。袁崇煥當即派了大將守衛安撫。朱由檢聽說袁崇煥的大將到了薊州，心裏十分高興，趕緊“溫旨褒勉，發帑金犒將士，令盡統諸道援軍”。朱由檢對袁崇煥的倚重簡直到了極致，袁崇煥的大將一派到薊州，他就讓這些人統領了各道援軍，再一次增強了袁崇煥的兵力。朱由檢這麼倚重的袁崇煥究竟有沒有辜負他的期望呢？