大流士逃跑後，一直躲在一處夏宮。他獲得了當地土著的援助，本想在這裏休息一會兒，可是亞曆山大在後麵緊追不舍，他隻能一再地轉移，暫避在卡斯比。而大流士的部下早已認清了當時的局勢，認為反攻的希望十分渺茫，這位有名無實的波斯王在他們眼中就像逃亡中累贅的行李，因此萌生了篡奪王位的野心，希望能夠取而代之。其中以貝蘇斯為首的一批波斯貴族開始陰謀顛覆大流士。大流士手下的很多官員也公開提議由貝蘇斯出任攝政王。無奈之下大流士叫來所有的宦官、仆人，解除了對他們的奴役，予以遣散。當晚，貝蘇斯等人發動政變，將大流士囚禁在馬車裏。
亞曆山大一路披星戴月，趕了320公裏的路程。炎熱的夏季，驕陽似火，一路的疾行使士兵體力不支，有的甚至脫離了隊伍。亞曆山大隻好讓士兵們休息五天。就在這個時候，亞曆山大遇到了幾個逃出來的波斯貴族前來通報波斯王的困境。亞曆山大害怕貝蘇斯等人拿大流士向他要挾，立刻率輕騎軍晝夜兼程追趕。一路上亞曆山大遇到越來越多的波斯貴族，這些不甘心服從貝蘇斯逃亡出來的人頻頻帶來大流士依然活著的消息。經過七天七夜不眠不休的趕路，亞力山大終於發現了對方的行跡。
貝蘇斯等人逃到伊朗高原東北部的一個地方時，亞曆山大的追兵已經逼近。貝蘇斯一夥驚恐萬狀，催促大流士換一匹快馬。身負黃金鐐銬的大流士拒絕離開自己的馬車，聲稱絕不同叛國者合作。於是貝蘇斯與同夥將大流士殺死，又殺死他的坐騎，然後向東奔逃。一個馬其頓的軍官看到了一駕泥濘的馬車停在路旁，馬車裏有一個被捆綁著的人，胸口插了一把刀，已經奄奄一息了。這位軍官非常驚異：“這不是大流士嘛！”他趕忙拿出自己的水囊給他喂水。大流士的臨終遺言是說給這個普通士兵的：“我受你的恩惠，無法回報，這大概是我最後的不幸了吧。”大流士伸出右手和他相握，希望他將握手問候傳達給亞曆山大，然後死去。亞曆山大將大流士的遺體運回巴比倫，舉行盛大國葬儀式，還將他的靈柩移到波斯曆代王朝的王廟中。
波斯王的悲慘下場對於亞曆山大來說，卻使許多棘手的問題變得容易了。大流士的弟弟向亞曆山大投降，雖然二人曾在戰場上激烈地對抗過，但亞曆山大還是接受了他，並賜以很高的官位，禮遇有加。亞曆山大的部下們都無法理解他的做法，他們不明白，亞曆山大為什麼要對“諸惡根源”的波斯王族如此破格禮遇。部下們紛紛表示不滿，亞曆山大能夠體會他們的不悅，因此常常贈送他們禮物，安撫大家。
亞曆山大以波斯的正統繼承人自居，並發誓一定要把弑君者緝捕歸案，因此繼續率軍東進便有了新的神聖的說法。對希臘人而言，他們的舞台隨著亞曆山大的東征擴展了，有越來越多的希臘人到更遙遠的地方去旅行。其中有傭兵、有商人、有旅行家，另外還有許多人移民到亞洲去。由於見識的增加，他們的世界觀念也有了改變，他們把更多國外的奇風異俗介紹到國內，這些文化的延續至今仍可發現。在小亞細亞一帶，有當初希臘人建立的許多城市，有的是為了移民，有的是為了邊塞的建設。根據曆史學家的推測，這很可能是東征時所遺留下的曆史痕跡，不但引發人們思古幽情，更值得人們去珍惜。
東征結束了，但亞曆山大的理想並未完全實現，現在，亞曆山大又要踏上新的航路了，將東征之路繼續向東方延續，續寫作為軍事征服者的傳奇。
西方帝王的東方情結
作為一個來自西方的帝王，亞曆山大在征服東方的同時，也將西方的文化帶到了這片土地，與此同時，亞曆山大也被東方的文化深深吸引，可以說他既影響了東方世界，同時也被東方的世界所影響著。要統治這個千頭萬緒、種族複雜、思想特異的世界帝國，絕不是一朝一夕的事。在政體上，亞曆山大仍沿襲舊製，凡宮廷禮儀、宮廷習慣以及行政製度，他都保持原有的規定。他希望波斯帝國能在安定中進步。雖然成了波斯新的皇帝，他還是樂於讓百姓們安於現有的生活，因此沒有大幅度地改革，亞曆山大打算在舊製度的基礎上，循序漸進地實行新的政策，這樣才能使帝國安定團結。