崇禎朱由檢即位之後，魏忠賢為了試探新皇上對自己的態度，先惺惺作態，對朱由檢自己老了、該退休了，要辭去廠衛之權。朱由檢明白魏忠賢的用意，同時也深知魏忠賢的勢力已根深蒂固，就不動聲色，不僅不同意魏忠賢辭職，還象先帝一樣對他恭恭敬敬，禮讓有加。魏忠賢見狀便放下心來，他不知頗具城府的崇禎帝朱由檢上任之後第一件事就是要除掉魏忠賢。
崇禎朱由檢帝忽然開始清除魏忠賢黨羽，從宮內到宮外，從京城到外地，將一大批魏黨分子免職遣返、逮捕查辦，速度極快。崇禎的行為鼓勵了一些早已對魏黨心生不滿的大臣，他們紛紛上疏揭露魏忠賢的罪惡行徑，其中貢生錢嘉徵的奏折最具代表性，上麵列舉了魏忠賢十大罪狀：一目無尊長，與皇上平起平坐；二誣蔑陷害皇後；三收攬兵權；四違背宦官不許幹預朝政的祖訓；五與藩王為敵；六褻瀆孔子；七濫封黨羽；八妨害邊境守衛；九建立生祠、勞民傷財；十交通朝中大臣。十條罪狀中，條條都要魏忠賢的老命。崇禎帝先以客氏殘害後宮裕妃張氏等嬪妃為由突然抄了客氏的家，搜出了八名大腹便便的宮女。人贓俱在，客氏隻得伏法。崇禎立刻下詔將客氏與她的兄弟、兒子一並捕獲，客氏一家被鞭打至死，禁屍揚灰。
魏忠賢見他一生中最愛的人也即將完蛋，不得不為自己作打算。他故態重萌跑到崇禎朱由檢麵前再操“哭”業，表示要痛改前非。崇禎仍舊不動聲色，讓內官拿了錢嘉徵的折子讀給魏忠賢聽。奏折尚未讀完，魏忠賢已是汗如雨下。他自知罪孽深重，又終於明白崇禎與熹宗終究不同，自己就是哭死也沒有什麼用。恍忽間他看見魏朝、王安、楊漣、周順昌、萬燥、裕妃等無數冤鬼遊蕩在自己身邊，他們個個遍身血跡、怒容滿麵。他知道自己的氣數就要盡了，知道自己這麼多年苦心經營的一切都已破產了。他不願意就此死去；很想離開皇宮，離開這個自己從魏忠賢變成魏忠賢、從小太監變成九千歲的巢穴。他願意拋棄辛苦多年才謀取到的榮華富貴，不願丟掉自己的性命。此刻魏忠賢渴望活下去，他忽然那些死在自己手中的東林領袖，魏忠賢向著崇禎長跪不起，緩聲說道：“奴婢這些年來做錯了許多事情，罪該萬死。隻求萬歲爺看在先帝的顏麵上賞給奴婢一條生路，奴婢願意前往鳳陽做淨軍，在皇家祖陵前潛心思過，了此殘生。”崇禎朱由檢皇帝本想將這個禍害天下長達七年之久的元凶處以極刑，但念及哥哥的臨終遺言，還是答應了他的乞求。
魏忠賢唯恐夜長夢多，就連夜離開了京城。魏忠賢走時不僅帶走了自己一生的積蓄——滿滿四十車的金銀奇玩，還帶走了自己豢養多年的近千名“家兵”。看著自己的大宗財產和身佩短劍。
崇禎朱由檢一得知魏忠賢離京後的形跡，立刻派飛騎傳旨，撤除了各地的鎮守太監，以此斷了魏忠賢與他們聯合作亂的路子；由於請殺魏忠賢的呼聲一浪高過一浪，他自己也覺得不殺此賊不足以謝天下，就下旨將魏忠賢逮回京。
魏忠賢得到京中私人消息時，他還未到鳳陽。他知道情況不妙，就索性停住在阜城南關尤氏旅店，不再往前趕路了。這一夜他輾轉難眠，直至四更。沉思前事，他覺得自己的一生過的好像做夢一般。他想起了客氏，想自己被抓回去，一定死的更慘。於是呆坐良久，他終於自解衣帶將自己罪惡的一生作了個了斷。天啟七年(1627年)，五十九歲的魏忠賢結束了罪惡的一生。
魏忠賢一生害人實在太多，他雖然畏罪自殺，但難息眾憤。在前後諸君子的後人及其他受害者強烈要求下，崇禎朱由檢皇帝終於下旨磔屍。罪大惡極的魏忠賢仍然難逃惡懲，最終落得身死屍磔，被千刀萬剮，剁成了碎塊，頭顱被懸掛在家鄉的西城門下，舉國唾罵。