月間，錦衣衛緹騎四出，楊漣、左光鬥、魏大中、周朝瑞、袁化中、顧大章悉被捕入詔獄之中，時稱此六人為“前六君子”。
詔獄本來就暗無天日，如同魏忠賢私家所設，何況又是對付魏忠賢的眼中釘、肉中刺。於是許顯純在主子的授意之下格外的賣力氣，六君子遭受著災難殘酷折磨。
楊漣等六君子入獄後，拒不認“罪”，遭受酷刑，沒幾天便個個駝了背、瘸了腿；頭發盡落、胡須皆白；衣衫之上濃血如染。分析如此下去早晚會被打死，不如先假意承認以拖延時間，萬一哪一天皇上忽然明白過來，豈不是可以重見天日，反戈一擊？於是六人一齊認罪。許顯純立即按照他給各人規定的貪汙數目如數“索賠”，限定各人的家屬每五日須交納“贓銀”四百兩。六人都是清官，自己又身陷囹圄，他們的家人能從哪裏籌措到這許多銀兩？錢不能如期交納，人就得如期挨打——魏忠賢捉他們來的根本目的不是要錢，而是要命。
六君子之中，楊漣和左光鬥最為魏忠賢所恨，楊漣常常一日就要受到械、鐐、棍、拶、夾棍五種刑罰，每次受刑之後，都是血肉潰爛，趴在地上如死人一般。每念及自己飽讀詩書、滿腹經綸、為國家鞠躬盡瘁，到頭來卻因為得罪了一個太監竟落到如此地步，這位身曆三朝的顧命大臣心如刀絞。悲憤之餘，他告誡來探監的家人說：“你們日後要好好侍奉老人、像百姓一樣安穩度日就行了。再不要讀什麼書、求什麼功名！”這年七月十五，楊漣在詔獄中度過自己五十四歲的生日——這也是他最後一次過生日了。看著互相攙扶著來向自己道賀的同案犯身上的累累傷痕，楊漣忽然明白大家是無法活著出去了。從這一天起，楊漣一麵每日猛灌涼水以求速死，一麵醮著傷口中不斷湧出的鮮血密寫肺腑之言以期死後“屍諫”聖上。但是魏忠賢卻不願如此便宜他，命令特務們加緊用刑，楊漣在七月二十四日被折磨而死。楊漣的千字血書，也被許顯純付之一炬。楊漣死後，許顯純奉命繼續追“贓”，抄楊漣一千兩銀子。楊漣的母親和妻子因家產被抄棲宿於城牆上的望樓之中，全家靠兩個兒子乞討得來的食物度日。
左光鬥這個曾經令貪官惡吏聞風喪膽的忠錚禦史在詔獄受刑之時竟然發出嬰兒哭叫之聲，所受刑罰酷烈！左光鬥有一得意門生名叫史可法。為恩師的安危擔心，一心想見恩師一麵，就冒著生命危險以重金買通一個獄卒以化裝成清潔工混入詔獄。來到左光鬥牢房後，史可法與恩師不敢相認，此時的左光鬥已是麵額焦爛，並且左腿自膝蓋以下已筋骨盡脫。盡管慘狀如此，左光鬥聞聽學生來探，還是用手指撥開覆蓋在雙眼上的爛肉，厲聲地對史可法說：“這地方你竟敢來送死！朝中已混亂，你輕視自己性命。如好人死絕，有誰做天下正事？”為防魏黨耳目加害愛徒，左光鬥竟以死相逼，趕走了史可法。左光鬥與楊漣同日被打死。當屍首交還家人時，已是臭不可聞，屍體腐爛。左光鬥死後，他的母親因哭子而死。
魏大中被打得無法進食，每日隻喝點涼水維持生命；兩條腿在受刑後，不能屈伸；死時也是屍潰甚慘。顧大章挨打後，大腿潰爛，竟有腐肉從中墜落；被送至刑部擬罪，待罪定之後還要送返錦衣獄，他已經受不了非人之刑，自殺身亡。袁化中本來體弱多病，入獄後被折磨的僵臥難起。他與周朝瑞受刑最少，最終難逃慘死在獄中。
許顯純還逐一將劉漣等六君子他們的喉骨剔下，用小盒封存後送至魏忠賢手中做信物，魏忠賢想要報複的人絕不止是前六君子。在六君子被打被殺的同時，他繼續“尋仇”；六君子血跡未幹，他便對東林黨高攀龍、繆昌期、周順昌、周宗建、黃尊素、李應升、周起元七人，時稱“後七君子”發動了第二次進攻。