光緒讀完，心緒再也無法寧靜，急切地希望召見這位被兵部掌印給事中高燮推薦且譽為“學問淹長，才氣豪邁，熟諳西法，具有肝膽”的人物。而奕訢接到密告後，則極力表示反對。他的理由是：“本朝成例，非四品以上官員，皇上不能召見，免失身份。今康有為乃區區小臣，若皇上欲有所問，可命諸大臣傳語。”
無奈，改康有為首次麵聖為由總理衙門大臣問話。
這一天，奕訢並未到場，參加問話的五位大員分別為：翁同龢、李鴻章、榮祿、廖壽恒、張蔭桓。華麗大廳裏的問話一開始就氣氛緊張，隻有翁同龢偶爾緩解一下局麵。此次問話完畢，翁同龢更覺自己眼力沒錯，立即將康有為的觀點向光緒帝作了彙報。光緒帝又生召見意。
這一次，奕訢又加阻止。改康有為第二次麵聖為“遞送條陳”。
康有為按照光緒帝的旨意，用五天的時間奮筆疾書，他要把自己心中關於變法的構想全部呈現於這位開明的皇帝眼前。這就是後來的《應詔統籌全局折》，也稱《上清帝第六書》。書中請求光緒帝正式確定變法維新政策，選拔人才；開製度局，改革中央政權機構，建立具有立法職能的新政領導機構。這顯然觸動了封建政治體製，奕訢認為“立製度局，是廢我軍機也”，多方阻撓。結果康有為的這份上書在奕訢手中整整停留了四十多天，才最終到達光緒帝手中。這時離奕訢撒手人寰的大限已為時不遠了。
而這時，帝、後兩黨長期矛盾對立已經達到白日化，並最終走進決定鹿死誰手的境地。
慈禧無法容忍光緒帝不顧祖宗之法的改革，曾借載澍之母控告其子“不孝”的機會，強令光緒帝將載澍永遠圈禁。慈禧此舉，實際上是在警告光緒帝——聽話！若有忤逆行為，載澍就是你的前車之鑒！奕訢清楚慈禧是做得出來的，他也清楚，如果慈禧這樣做，不僅於事無補，還可能引起朝政新的動蕩，所以他也堅決抵製慈禧的廢立陰謀。在生命的最後時刻，作為皇室貴胄，奕訢通盤考慮：一方麵不許光緒帝違背祖製，實行變法；另一方麵又極力維護光緒帝的帝位，阻止慈禧的廢立之舉。
1898年5月29日，奕訢走完了人生的六十七載春秋，彌留之際，他把前來探視的光緒帝叫到床前，光緒帝俯耳傾聽：“聞有廣東舉人主張變法，請皇上慎思，不可輕信小人。”
在遺折中，他又鄭重叮囑光緒帝道：“伏願我皇上敬天法祖，保泰持盈，首重尊養慈闈，以隆聖治，況值強鄰環伺，諸切隱憂，尤宜經武整軍，力圖自強之策。至於用人行政，伏望恪遵成憲，維係人心，與二三大臣，維懷永圖。”文字間充滿了對朝局變更的憂慮和擔心：忠告皇上要搞好和慈禧的關係；“經武整軍”為自強禦侮之策，不要對朝政進行徹底的變革；要與二三大臣共議行政用人事宜。
喪禮和諡法在隆重的儀式中進行，慈禧和光緒帝都親自前往王府奠祭。翁同龢宣讀聖旨，聲淚俱下：
光緒二十四年四月初十諭軍機、內閣大臣：恭親王三十餘年恪恭奉職，殫竭忠忱，其間養疾家居，旋複起膺樞要，朝夕從事，力任其難，今日不幸薨，朕悲痛欲絕，呼天搶地。特賞陀羅經被，輟朝五日，朕素服十五日，賜諡曰“忠”，配享太廟，並入京師賢良祠，增加園寢守衛廠戶，四時祭祀。命其孫溥偉即日承襲親王，以示篤念宗親愴懷賢輔至意。欽此！
在奕訢死後的第十三天（6月11日），光緒帝正式詔告天下，宣布變法。之後，奕訢擔心的事接二連三地發生。變法失敗，光緒帝被囚禁於中南海瀛台，慈禧一手遮天，朝政更加昏暗。再過兩年，內憂外患又紛至遝來，義和團起義，八國聯軍侵華，慈禧、光緒帝西逃……。四十年前的一幕又在重演，但奕訢再也管不了了……
清王朝大勢已去、氣數已盡，在奕訢死後它又殘喘了十三年，終於淹沒在人民革命的熊熊烈火中。