中日和約簽訂後的這年夏天，翁同龢首次會見了康有為。他屈尊降貴，首先承認了自己的過失，接著虛心向康有為求教變法的相關事宜。康有為大膽地提出自己一貫的主張，變法必先變科舉。翁同龢表示讚成，隨後即令陳熾草擬十二道新政詔旨，征得光緒帝的同意後準備依次頒行。
為了減少新政推行的阻力，翁同龢決定借助恭親王的力量和威望。一天，翁同龢帶著十二道詔旨前往恭王府。奕訢依舊躺在病榻上看著奏報，精力已很不濟，每看一會兒就要歇好久，甚覺疲勞。見翁同龢已經來到了榻前，奕訢挪了挪身子，抱歉地笑著說：
“老了，不中用了，動一動就喘氣；老眼昏花，看折子也不行了；又年老多病，力不從心，該讓賢了。”
翁同龢說，當下局勢可不是恭王言退的時候，他勸告道：
“王爺宜權衡大勢，不要作進退之詞。這是陳熾草擬的十二道新政詔旨，已征得皇上的同意，現請王爺過目。若王爺沒意見，下官想請王爺領銜上奏，以王爺的威望和皇上的首肯，此詔必能得天下人認同。”說完，將詔旨呈遞給奕訢。
約半個時辰，奕訢看完十二道詔旨，他知道，這詔書的內容大多引用康有為的奏折。翁同龢此次前來，是想拉攏自己與太後抗衡，與天下反對變易的人相對抗。他已經感到，甲午戰後國內外形勢發展迅速，國內民族資本的發展也使變法維新的呼聲越來越強烈。然而他更加關注的是清廷之內，上層統治集團對改革問題分成了勢如水火的兩派——南派和北派，前者甲午戰後傾向維新，後者則一直趨於保守，兩派的支持者分別為光緒帝和慈禧太後。奕訢考慮最多的，是如何左右逢源。而對此，翁同龢認為，在皇族親郡王中，隻有行輩最尊、威望最高的恭親王最能團結兩派並為他們所接受。但這次，翁同龢與光緒帝仍然是過於天真了。
甲午一戰刺痛了奕訢。早在18世紀60年代初期，奕訢剛剛倡行洋務之時，一份條陳就曾深深地觸動過他：“聞日本近遣幼童分往俄美兩國，學習製造船炮鉛藥及一切軍械之法，期以十年而回。此事明確，日本必強，有明倭患，可為預慮”。從此奕訢更加積極地倡導洋務，時常關注日本的動向。日人在十年之後的七十年代經過明治維新，各項事業初見成效，1874年的侵台實際上是給中國人敲的一次警鍾：中日兩國之間已經有差距了！然而，中國人並沒有警覺起來，依然在老大帝國的道路上徘徊，認為對付日本這個島夷小國，隻要上下、內外同心，“外侮潛消”是自然而然的事。事過二十年，這一隱患不僅沒有消除，反而招致了更大的禍患，中日雙方的較量中，中國慘敗。奕訢能不痛心嗎？
從維護封建統治的角度出發，甲午之敗以後奕訢針對清廷弊端，也提出了諸如興辦學堂、修築鐵路、振興工商、改革武科考製等主張，但基本上仍然是洋務派主張的老調重彈，以不觸動清王朝的統治基礎——君主專製為底線。在親眼見到《上清帝第五書》之前，奕訢對於光緒帝和維新派所做的種種改革行為一直持“默然”態度，未表示過公開的反對。
1897年，作為“調停”中日戰爭的回報，德國占領膠州灣。德國獲得了中國重要港灣，其他各國毫不示弱，紛紛向中國提出各自覬覦已久的領土要求，一時瓜分狂潮蜂起。為應對這種局麵，光緒帝急召軍機大臣，表明“時移事異，變法宜矣”的想法，並征求諸位臣工的意見。奕訢知道這時的光緒帝麵對嚴峻的國內國際危機，隻知道要“求變”，自己不便說“不”，遂沉默不語。帝黨關鍵人物翁同龢見機行事，第二天，便發布百日維新前的第一道“新政”上諭，大意為裁綠營、撤局員、薦人才，並飭部院諸臣不得延宕。
看了諸項條款後，奕訢隻笑了笑。原來被翁同龢稱之為具有“內政根本”性質的上諭，無非也隻是對現有弊病的一點小變革而已。
接下來有一天，一份貴州學政嚴修請求開設經濟特科的奏折送到了總理衙門審議。翁同龢和張蔭桓表現出極高熱情，全力支持；在交由康有為代總理衙門草擬的具體章程中，有明顯的削弱甚至最後完全以新科取代八股的意圖。奕訢依然未置一辭。
在風雲突變的戊戌政變高潮來臨之前，康有為的又一份上書《上清帝第五書》讓沉默已久的奕訢再也無法容忍。在這份著名的“上書”中，康有為圍繞開國會、定憲法的主張，向皇上指明了救國的上、中、下三策：上策是皇帝仿效俄國彼得大帝和日本明治天皇，親自主持大計，“以俄國大彼得之心為心法，以日本明治之政為政法”，實行變法；中策為“大集群才而變政”，召集有才能的人，主要為六部九卿各大臣，共商變法具體方略，依次推行；下策乃“聽任疆臣各自變法”，權力下放到地方，讓各省官員自己主持變革實踐。康有為還情辭懇切地指出，行上策可以強國，行中策可維持局麵，行下策能使國家免於滅亡；若三策皆不實行，到時皇上“求為長安布衣而不可得矣”！